Однако давление с целью политических перемен бурлило под поверхностью. Исламские реформаторы, местные учителя и маленькая элита, получившая образование в Англии, вносили вклад в рост «националистических чувств». Это же делала и новая прослойка профессиональных журналистов и газетчиков. Они привлекали внимание к наступлению английского языка и уничтожению малайской культуры: «Кровати сменяют циновки; у людей больше нет традиции сидеть, скрестив ноги, многие берут в аренду столы и стулья».
Радикальное влияние шло из Китая. Оно распространялось, и китайские коммунисты в Малайе сформировали Лигу против империализма. Экономическая конкуренция между крестьянами-малайцами и предприимчивыми китайцами подпитывала антагонизм по национальному признаку между группами населения.
Затем японская пехота на велосипедах покорила Малайю в 1941-42 гг. Так немецкие танки покорили Францию в 1940 г., одним ударом разбив легенду о европейском превосходстве. Солдаты Японии дали несравненный стимул азиатской гордости — не только своей смелостью и энергией, но и несравненной способностью к самопожертвованию. Один малаец писал: «Британцы сражались, чтобы жить, японцы — чтобы умереть».
Размышляя об огромном влиянии Японии на Британскую империю, Франклин Д. Рузвельт заявлял: «Почти кажется, что японцы были необходимым злом, чтобы сломать старую колониальную систему».
Однако, хотя японцы фатально подорвали положение британцев в Азии, они мало что сделали для продвижения Малайи к независимости, кроме недолгого покровительства Союзу молодых малайцев Ибрахима Якоба — грубого эквивалента Бирманской независимой армии Аун Сана. В действительности, основным достижением захватчиков, которые предсказуемо выставляли себя освободителями, оказалось уничтожение и разрушение. Они разрушили малайскую экономику, отрезали ее экспортные рынки и уничтожили валюту. Японцы монополизировали урожай риса, вызвав недоедание и болезни у большого числа людей. Оккупанты вели себя так жестоко по отношению к людям, которых заставляли принудительно трудиться, что почти треть из них умерла.
Захватчики разделили расы, относясь к малайцам и индусам менее жестоко, чем к китайцам, которых часто пытали и обезглавливали. Они украшали мосты через реку Сингапур отрубленными головами. Большинство представителей всех народов сотрудничали с новыми хозяевами под угрозой смерти, но большинство участников Сопротивления оказались китайцами. Оружие им поставляли союзники, а вдохновлялись они коммунистическими идеями. Им помогали горные племена аборигенов (оранг асли).
Сопротивление сформировало Антияпонскую армию малайского народа. Она вела яростную партизанскую войну в джунглях. Предвидя последующую британскую тактику, японцы пытались изолировать партизан от тех, кто мог им помочь. Они сгоняли китайских скваттеров — безработных рабочих и городских беженцев, пытавшихся раздобыть пропитание у кромки леса — в «деревни-крепости».
С поразительной внезапностью 15 августа 1945 г. император Хирохито объявил о капитуляции своей страны, сказав, что война «развивалась не в пользу Японии». Поскольку Япония капитулировала до того, как в Малайю смогли вторгнуться силы Маунтбаттена, коммунисты заявляли, что это они одержали победу. Они подняли флаг Антияпонской армии малайского народа с тремя звездами рядом с серпом и молотом.
В последовавшие за окончанием войны недели партизаны, изможденные и смертельно бледные после проведенных в джунглях нескольких лет, вышли, чтобы купаться в славе, наслаждаться победой и отомстить тем, кто помогал их врагам. Они казнили тысячи людей. Некоторым приговоры выносились в подобии суда, других, недолго думая, линчевали. А вообще без разбора убили еще большее количество людей. Борцы с оккупацией резали и рубили мужчин, насиловали женщин и протыкали штыками младенцев.
Сингапур содрогался от «шепчущего ужаса». Тихо произнесенные слова лишали жизни многих предполагаемых предателей, информаторов и коллаборационистов. Полицейских признали «собаками на побегушках у фашизма», их ждала особая жестокость — им выкалывали глаза и увечили тела.
Как сказал один сержант, «это был сошедший с ума мир, мир, перевернутый с ног на голову».
Малайцы, основные жертвы зверств, должным образом ответили. Они устроили бойни в деревнях, соответствуя своим преследователям в жестокости. Священные воины ислама с красными широкими поясами присоединялись к бойне, резали неверных пожирателей свинины — китайцев. Они использовали длинные ножи — крисы, лембинги, педанги и томбаки.
Во время ухудшения положения с продуктами питания, которое в некоторых районах привела к голоду, начались грабежи и спекуляция. Это еще больше усилило социальные проблемы страны, чьи этнические сообщества разделились. Началась борьба внутри них и между группами. Их разрывало соперничество за лидерство и идеологическая борьба, в ней участвовали гангстеры триад, воинственные суфии и столь же воинственно настроенные рабочие. Чтобы сдержать эту анархию, британцам вначале пришлось нанимать японские войска, откладывая их репатриацию. Это была огромная операция, включающая шесть миллионов человек по всей Юго-Восточной Азии, мудро названная «Удаление».