Князь Михаил Борисович вынужден был отказаться от союза с Литвой и согласиться на «повиновение» великому князю Московскому, которому достались и все спорные пограничные земли. В такой ситуации Тверское княжество не могло долго оставаться независимым и не войти в состав централизованного Русского государства. Ивану III Васильевичу как искушенному политику требовался только предлог для ликвидации вооруженной рукой самостоятельного Тверского княжества.
Такой предлог вскоре появился. Московская стража перехватила тверского княжеского гонца в Литву: князь Михаил Борисович просил у короля Казимира IV полки с «великой» артиллерией, чтобы совместно с ним ударить по Москве. Такого вероломного шага своего супротивника великий князь Московский простить просто не мог — он решил его «наказать».
Второй тверской поход московской рати возглавил сам Иван III вместе с сыном Иваном. Великокняжеские полки обложили город, ремесленный и торговый посад которого сожгли. В походе участвовали родные братья великого князя с полками и новгородское ополчение. Затворившиеся в городе-крепости тверичи таких воинских сил просто иметь не могли.
Великий князь действовал не сколько силой, сколько уговорами и обещаниями. Он дал гарантии неприкосновенности владений тверских бояр, и те начали переходить к нему на службу. Это и решило участь князя Михаила Борисовича Тверского. Покинутый неверными боярами, он вместе с семьей и казной удачно бежал в Литву.
Великий князь Иван III Васильевич утвердил на тверском княжении своего наследника Ивана Ивановича Молодого. Таким образом Тверь со своими землями стала частью единого Московского государства.
Второй брак Ивана III сильно запутал династические отношения в Московском великом княжестве. Царевна Софья вступила в брак на невыгодных для нее условиях. Ее сыновья могли претендовать только на удельные княжества, но никак не на московский престол. Византийская царевна-гречанка не знала русского языка и не пользовалась популярностью среди подданных, в том числе и при великокняжеском дворе.
Московский государь, решая внешнеполитические проблемы, женил своего наследника, первенца Ивана Молодого Тверского на дочери православного правителя — господаря Молдавии Стефана Великого. В 1479 году Софья Палеолог родила сына Василия. Четыре года спустя Елена Волошанка родила Ивану III внука Дмитрия.
Княжичу Дмитрию исполнилось семь лет, когда умер его отец Иван Иванович Молодой. Тридцатидвухлетний наследник московского престола страдал легким недугом — «камчюгою в ногах», или подагрой. Вылечить его взялся «мистер Леон Жидовин», выписанный Софьей из Венеции. Несмотря на все старания иноземного врача, больной умер. Кончина наследника великокняжеского престола была выгодна «грекине», и по Москве пронесся слух, будто Ивана Молодого отравили итальянцы. Знаменитого венецианского врача вывели на площадь и отрубили голову.
Борьба за великокняжескую корону окончится только в конце жизни Ивана III Васильевича. А пока его внук Дмитрий в 1498 году, по достижении 15-летнего возраста, будет торжественно коронован на великое Московское княжение, но государем Русским ему не суждено будет стать.
При Иване III Васильевиче Русское государство претерпело значительные изменения. Удельные князья из года в год теряли влияние и роль как в политике, так и в экономической жизни. Великий князь запретил им иметь торги в столице, которая становилась крупным центром купеческой жизни, особенно после «погрома» торгового Новгорода. Удельные князья лишались права чеканить собственную монету.
Произошли серьезные изменения в правящем классе страны. Появляется многочисленное дворянство — служилые люди. Они являлись надежной опорой великого князя в его борьбе с боярством, поскольку получали за ратную службу небольшие земельные наделы с крестьянскими дворами. Поэтому дворянство было прямо заинтересовано в сильной великокняжеской власти.
Теперь основу русского войска составляли не княжеские и боярские дружины, а дворянское конное ополчение. Чтобы увеличить военную силу государства, Иван III широко проводил политику наделения дворян поместьями на вновь присоединенных землях, как это было, например, на Новгородщине.
Территория Русского государства административно делилась на уезды, границы которых восходили к рубежам бывших удельных княжеств, а уезды — на станы и волости. Правили в уездах великокняжеские наместники, в станах и волостях — волостели. Эти территории давались им в «кормление» — то есть они содержались за счет местного населения. В их законное вознаграждение шли судебные пошлины и часть собираемых налогов — «кормленичий доход».
Устанавливается новый законодательный порядок, для чего проводится судебная реформа. В 1497 году обнародуется Судебник — специальный законодательный сборник, что стало большим событием в Великом княжестве Московском.
При Иване III Васильевиче высшей судебной инстанцией был суд великого князя и его детей. Существовали суды бояр и окольничих, наместников и волостелей. По Судебнику, свидетели обязательно должны были быть очевидцами событий. В Судебнике сохранились и некоторые нормы старого права. Так, жалобщики могли решить судебный спор поединком на дубинах. В таком случае судьи должны были наблюдать, чтобы один противник не убил другого. Старики, женщины, дети и увечные могли выставить вместо себя наемного бойца. Победитель такого поединка признавался выигравшим судебную тяжбу.