После этого московские сторожевые дозоры взяли город-крепость и особенно городские ворота в кольцо. Последовал еще один удар по вольным новгородцам: их князь-воевода В. Гребенка-Шуйский перешел на службу к Ивану III Васильевичу и был им весьма благосклонно принят. Тогда новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей.
Новгородская республика, насчитывавшая несколько веков, перестала существовать. Вечевой колокол и важные архивные документы увезли в Москву. Великий князь устроил суд над своими противниками из числа новгородского боярства. Шесть из них, наиболее влиятельных, заковали в цепи и отправили вслед за вечевым колоколом. Их вотчинные земли отписали в «отчину» Ивана III Васильевича, как и владения двух больших монастырей.
В следующем году великий князь приказал арестовать непримирившуюся боярыню Марфу Борецкую с внуком Василием, близких ей бояр, архиепископа Феофила. Назначенный в Новгород наместником боярин Яков Захарьин-Кошкин завершил искоренение древнего новгородского боярства: он обвинил в измене разом весь Новгород. Грандиозный процесс, организованный им, оказался последним, так как судить больше было некого. Одних бояр наместник «пересече» и перевешал, других отправил под стражей в Москву — они выселялись вместе с семействами. Московские власти присвоили богатства новгородских крупных землевладельцев.
Не успели «замирить» Новгород, как в Московском государстве против великого князя поднялся феодальный мятеж, на сей раз связанный с родными братьями Ивана III Васильевича — Андреем Большим, Борисом и Андреем Меньшим. Причем первые два оказались связанными с новгородцами. Братья, удельные князья, считали, что все новые территориальные приобретения Москвы должны делиться между великим князем и удельными князьями. Однако тот думал совсем иначе.
В ответ Иван III совершил в конце 1479 года еще один поход на Новгород с главными военными силами. Он осадил непокорный город и больше недели днем и ночью обстреливал город из пушек — «наряда». Горожане были вынуждены отдать себя «на всю государеву волю».
Затем последовал «грозный государев розыск» — казнили сотню изменников, а около пятнадцати тысяч боярских и купеческих семей в принудительном порядке выселили в Москву и окрестные районы. Конфискованные имения раздали служилым московским людям «двора» великого князя Московского.
Когда Иван III Васильевич в феврале 1480 года возвратился в Москву, Андрей Угличский и Борис Волоцкий открыто бросили вызов старшему брату. Непокорные удельные князья с семьями отъехали к литовскому рубежу и попросили военной помощи у короля Казимира IV. Тот войска мятежным братьям не дал, хотя и выделил их семьям для «кормления» город Витебск. Иван Васильевич через послов стал уговаривать родных братьев не рушить мир на Русской земле. Но те пока не шли на примирение.
Так в 1480 году Московское государство ожидала реальная угроза оказаться под ударом готовой оформиться вражеской коалиции: короля Казимира IV с его польскими и литовскими войсками; Ливонского ордена, выступавшего в военном союзе с немецкими городами в Лифляндии и Эстляндии — Ригой, Ревелем, Дерптом; и хана Большой Орды Ахмата, жаждавшего реванша.
Ордынское иго над Русью доживало последние годы. Орда переживала полный распад и внутренний хаос. На ее огромной территории образовались Крымская, Ногайская, Казанская, Астраханская и Сибирская орды, ставшие самостоятельными государствами — ханствами. Большая Орда владела землями от Волги до Днепра и претендовала на наследство всей Золотой Орды, в том числе и на дань с русских княжеств. Большеордынский хан Ахмат, почувствовавший силу после изгнания из столицы Крыма Бахчисарая своего врага хана Менгли-Гирея, решил вновь покорить Русь.
Свои действия хан Ахмат начал с угрозы. В Москву прибыло его посольство к великому князю с требованием уплаты дани «за прошлая лета» и приезда князя на поклон к хану Большой Орды. Однако внешнеполитическая ситуация уже давно была против наследников некогда могучей Золотой Орды.
Казанский летописец так описывает прием ханских послов Иваном III Васильевичем: «Великий же князь… приим басму (тонкая металлическая пластина с изображением хана, выдававшаяся монголо-татарскими ханами в XIII–XV веках как верительная грамота) его и плевав на ню, излома ее, и на землю поверне, и потоптп ногама своима, и гордых послов всех изымати повеле, а одного отпусти живе…»
После этого решающее военное столкновение Московского великого княжества и Большой Орды было не за горами. У хана Ахмата оставался только один путь восстановления верховной власти над непокорными русскими землями — победоносная война. В случае поражения он мог потерять у себя в степи все — и власть, и саму жизнь. Стороны стали без промедления готовиться к большой войне.
Летом 1480 года в Москву от порубежной стражи и купцов-лазутчиков стали приходить достоверные сведения о том, что военная машина Большой Орды пришла в движение. Ордынского нашествия уже ждали, и русские войска были собраны. Началось быстрое прикрытие всех переправ через реку Оку — в то время южную границу Московского государства.