1-я бригада подводных лодок (капитан 1 ранга Н.П. Египко) в составе 1, 2, 3 и 4-го дивизионов; 2-я бригада подводных лодок (капитан 2 ранга А.Е. Орел) в составе 6, 7 и 8-го дивизионов; учебная бригада подводных лодок (контр-адмирал А.Т. Заостровцев); 1-я бригада торпедных катеров (капитан 2 ранга В.С. Чероков) в составе 1-го и 2-го дивизионов, 2-я бригада торпедных катеров (капитан 2 ранга В.А. Саламатин) в составе 3-го и 4-го дивизионов; шхерный отряд кораблей; отряд минных заградителей; отдельный учебный дивизион подводных лодок; отряд вновь строящихся кораблей.
Тральные силы КБФ — 1-й и 2-й дивизионы БТЩ, 3-й и 5-й дивизионы ТЩ, 2-й дивизион КАТЩ. 25 июля была сформирована бригада траления.
Проходили испытания и вступили в строй уже после начала войны 4 эсминца, 1 БТЩ, два сетевых заградителя, 6 подводных лодок, 54 различных катера.
В первые дни войны из состава ВМУЗ, НКВД, различных гражданских ведомств были мобилизованы, вооружены и поступили в состав КБФ 70 тральщиков, 5 сторожевых кораблей, 16 канонерских лодок, 41 «малый охотник», 7 плавучих баз, военные транспорты и ледоколы.
К началу войны береговая оборона КБФ насчитывала 22 артиллерийских дивизиона, три железнодорожных дивизиона, восемь отдельных артиллерийских батарей, два бронепоезда и четыре отдельные железнодорожные батареи (всего 253 орудия, не считая 60 стволов калибров 45 и 76,2 мм). Около половины их находилось на вооружении батарей восточной части Финского залива. Морская пехота была представлена 1-й особой бригадой.
Противовоздушная оборона КБФ, организационно входившая в состав военно-морских баз, имела семь зенитно-артиллерийских полков, восемь отдельных дивизионов и три отдельные батареи (всего 91 батарею — 352 орудия). Общее руководство ПВО осуществлял начальник ПВО флота генерал-майор береговой службы Г.С. Зашихин.
Военно-воздушные силы флота (командующий — генерал-майор авиации В.В. Ермаченков, с 15.07.41 — генерал-майор авиации М.И. Самохин) в своем составе имели 8-ю бомбардировочную авиационную бригаду, 10-ю авиационную бригаду, 61-ю истребительную авиационную бригаду и отдельные эскадрильи — всего 656 самолетов. Авиация флота находилась в стадии перевооружения на новую технику и была укомплектована в основном самолетами устаревших типов. Серьезным недостатков флотской авиации было то, что она укомплектовывалась самолетами, которые создавались по заданию ВВС Красной Армии и не отвечали специфике флота. В частности, из-за малого радиуса действия истребителей наши корабли несли серьезные потери.
Система базирования флота включала главную военно-морскую базу (Таллин), военно-морские базы Ханко (генерал-майор С.И. Кабанов), Кронштадтскую (контр-адмирал В.И. Иванов), Прибалтийскую (контр-адмирал П.А. Трайнин), а в ее составе — Либавскую (капитан 1 ранга М.С. Клевенский). Каждая военно-морская база имела корабли и катера охраны водного района (ОВР), противовоздушную оборону, береговую оборону, части специального и тылового обеспечения.
Однако в строительстве флота и его подготовке к войне имелись и существенные недостатки. Большое количество кораблей, преимущественно подводных лодок и эсминцев, находилось в стадии достройки. В количественном отношении состав флота не соответствовал большим задачам, вставшим перед ним. Особенно остро чувствовался недостаток в тральщиках, особенно быстроходных (БТЩ), которые могли обеспечивать противоминную оборону кораблей эскадры и ОЛС; на вооружение флота не поступили тралы для борьбы с неконтактными минами. Не менее остро чувствовался недостаток в эсминцах, надводных минных заградителях, сторожевых кораблях, малых охотниках, мореходных торпедных катерах. Отсутствовали специальные десантные корабли. В составе КБФ имелись четыре минных заградителя. Из них два были переоборудованы из судов других классов, имели большое водоизмещение и осадку. Два других достались от бывшего эстонского флота и представляли собой скорее музейные экспонаты (бывшие озерно-речные пароходы с гребными колесами). Не было малых заградителей для действий в шхерах и на мелководье.
Начиная с 1927 г. строились практически однотипные торпедные катера, но в большом количестве. Они имели малый радиус действия, плохую мореходность, примитивные желобковые торпедные аппараты, скопированные с английских катеров времен Первой мировой.
Не хватало танкеров, водоналивных судов и других вспомогательных судов.
Одним из недостатков организации и планирования военного судостроения в предвоенные годы являлось то, что в постройке одновременно находилось большое количество кораблей, в результате усилия заводов распылялись на многих объектах, оставался большой процент незавершенного производства, срывались сроки сдачи кораблей. К началу войны в различных стадиях производства находились 219 кораблей. С началом Второй мировой войны продолжать строительство линкоров, тяжелых и легких крейсеров, находившихся еще на стапелях, стало бесперспективным, работы на них сворачивались. Одновременно ускорялась постройка эсминцев, подводных лодок, тральщиков.
Были допущены просчеты в вооружении кораблей и катеров. Если наши эсминцы и сторожевые корабли были сравнимы по мощи огня с аналогичными кораблями противника, то германские тральщики имели двойное преимущество (одно-два 105-мм орудия, три 37-мм пушки против одного 100-мм орудия и одной 45-мм пушки на нашем), немецкие торпедные катера имели две 47-мм или 37-мм пушки и одну 20-мм против одного-двух пулеметов на наших. Катера-тральщики у противника имели одну-две 37-мм автоматические пушки, а советские — один-два пулемета.