В ответ на него на следующий день истребители 13-го полка нанесли штурмовой удар по аэродрому Турку.
Для усиления противодесантной обороны Ханко были проведены минные постановки. Всего катерами и вспомогательными судами базы было выставлено 367 мин. Корабельные дозоры вели наблюдение за противником. Одновременно катера «малые охотники», несшие дозор, осуществляли противолодочную оборону на подходных фарватерах к Ханко.
С конца июня финская артиллерия вела интенсивный артиллерийский и минометный огонь по переднему краю обороны, позициям береговой и железнодорожной артиллерии, по городу, порту, аэродрому, расходуя за сутки от 2 до 6 тыс. снарядов. Наиболее тяжелым был день 29 июля, когда все финские батареи обрушили свой огонь на полуостров. Береговая и полевая артиллерия базы вела ответный огонь по батареям противника, переднему краю его обороны, железнодорожным станциям, уничтожала наблюдательные вышки.
29 июня и 1 июля финские войска предприняли две попытки прорвать оборону базы на перешейке. Части 8-й стрелковой бригады при поддержке артиллерии отбили эти атаки. Убедившись в возможностях советской обороны, финны более не пытались атаковать базу с суши. Перед перешейком они сосредоточили так называемую Ударную группу Ханко силой до двух дивизий.
В морском секторе обороны в первые месяцы войны основным противником были финские броненосцы береговой обороны «Ильмаринен» и «Вяйнемяйнен». 4 июля, находясь в районе острова Эрё, они обстреляли город и порт, выпустив 18 снарядов главного калибра (254 мм). В результате обстрела в базе были разрушения и пожары. 12 июля финские броненосцы повторили обстрел, ведя огонь по аэродрому и железнодорожной батарее, израсходовав 38 снарядов. Наиболее значительная операция с участием обоих броненосцев была проведена финнами 2 сентября, в этот день по разным целям они выпустили 68 254-мм снарядов.
Последний обстрел броненосец «Вяйнемяйнен» («Илмаринен» подорвался на мине и погиб 13 сентября) произвел 15 ноября, выпустив по железнодорожной батарее 32 снаряда. Во всех случаях береговые батареи Ханко броненосцев не видели и противодействия не оказывали. Самолеты, не раз вылетавшие на поиск броненосцев, не смогли их обнаружить в шхерах.
Уже в начале августа командование КБФ обратилось к наркому ВМФ с предложением об эвакуации базы с целью усиления обороны Таллина. В ответ Н.Г. Кузнецов 14 августа направил Военному совету КБФ директиву о ведении боевых действий на Ханко: «Переброска частей с Ханко признана неправильной, предложено обеспечить запасы продовольствия и боеприпасов и драться».
Вторично ВС КБФ 21 августа предложил снять войска с Ханко и Моонзундских островов и создать ударную группировку для прорыва по берегу Финского залива к Ленинграду. Но Ставка отклонила это предложение, приказав всем оставаться на месте.
В ночь на 28 августа с Ханко просматривалось зарево над Таллином, флот и войска покидали главную базу. После оставления Таллина и ухода флота в Кронштадт гарнизон Ханко остался без подвоза снабжения. В дальнейшем база жила и воевала за счет своих довоенных запасов.
В день оставления Таллина 28 августа командующий Северо-Западным направлением К.Е. Ворошилов и член Военного совета А.А. Жданов обратились к начальнику Генерального штаба с просьбой о необходимости эвакуации Моонзундских островов и Ханко. На этот раз Ставка согласилась, и в тот же день поздно вечером начальник Генерального штаба Б. Шапошников по поручению Ставки Верховного Главнокомандования направил директиву Военному совету Северо-Западного направлением об эвакуации войск с островов Сарема, Хиума и полуострова Ханко. Но в конце августа и сентябре командованию флота и фронта было не до островов и Ханко. Главной задачей становится отражение штурма Ленинграда. К тому же командование флота еще не отошло от шока после ужаса Таллинского перехода.
При эвакуации Таллина, 29 августа, транспорт № 510 «Вахур» доставил из Палдиски на Ханко 46-й отдельный инженерный батальон численностью 1100 чел. Вместе с транспортом на Ханко прибыла канонерская лодка «Лайне».
Это были последние корабли, пришедшие на Ханко. Защитники базы начали экономить на всем, в том числе и на питании. 1 сентября норма выдачи мяса была сокращена до 33 граммов в день на человека. Масло отпускалось только госпиталям и донорам. Труднее всего было экономить бензин.
В начале сентября была предпринята попытка доставить на Ханко грузы на подводной лодке. 9 сентября подводная лодка П-1, приняв 154 ящика консервов, 200 100-мм и по 100 76-мм и 45-мм снарядов, до 2 т медикаментов и другие грузы, всего 19,6 т, вышла из Кронштадта в сопровождении двух тральщиков, а от Гогланда продолжала движение самостоятельно. На Ханко лодка не прибыла, вероятно, она подорвалась на мине и погибла.
Отступление советских войск из Прибалтики, оставление ими Таллина и уход флота в Кронштадт резко изменили условия, в которых предстояло действовать гарнизону ВМБ Ханко.
Боевые задачи оставались прежними: находясь в глубоком тылу, в окружении, ее гарнизон должен не только продолжать оборону северного фланга минно-артиллерийской позиции, которую пока никто не атаковал, не пытался прорываться, хотя теоретически такая попытка не исключалась, но и оборонять полуостров Ханко.