20 марта 1940 г. нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов приказал командующему КБФ сформировать военно-морскую базу Ханко в составе: управление базы (командование и штаб, политотдел), 3-й дивизион эскадренных миноносцев («Артем», «Володарский», «Карл Маркс», «Энгельс»), 2-й дивизион базовых тральщиков (Т-208, Т-210, Т-213), 26-й дивизион подводных лодок (М-90, М-95, М-96, М-97), 2-й отряд торпедных катеров (три звена), звено сторожевых катеров (три катера типа МО-4), отдельный артиллерийский дивизион (10 батарей: 9 130-мм, 3 100-мм и 18 45-мм орудий), участок ПВО (61-й и 93-й артиллерийские зенитные дивизионы), 8-я отдельная стрелковая бригада, смешанный авиаполк, охрана рейдов, военный порт 2-го разряда, ряд других частей и подразделений.
Спустя всего два дня после приказа, 22 марта, на полуостров прибыл первый сводный отряд, состоявший из моряков и бойцов-пехотинцев.
Военно-морская база занимала выгодное положение, контролируя вход в Финский залив. Тяжелые артиллерийские батареи, установленные на полуострове Ханко, а также на острове Хиума (Даго) и небольшом островке Осмуссаар у противоположного берега залива, вместе с минными заграждениями и во взаимодействии с кораблями и авиацией могли преградить вход в Финский залив всем кораблям и транспортам противника. База должна была обеспечивать и базирование кораблей. Основную ударную силу базы составляли береговые батареи. К началу войны на Ханко были передислоцированы две крупнокалиберные железнодорожные батареи калибра 305 и 180 миллиметров, построены и введены в строй два артиллерийских дивизиона береговой обороны. На острове Руссааре строилась 305-мм башенная четырехорудийная батарея, которая после ввода в строй должна была стать основой артиллерийской обороны базы в морском секторе. Но к июню 1941 г. были готовы только котлованы под башни.
На перешейке, соединявшем полуостров с материком, была создана надежная система сухопутной и противодесантной обороны, опирающаяся на доты, дзоты и надолбы, плотно расположенные по фронту и эшелонированные в глубину. До войны только дотов и дзотов было построено 190, прорыт противотанковый ров, установлены проволочные заграждения. Ханко была единственная советская военно-морская база, имевшая до начала войны полноценную сухопутную оборону.
У побережья Ханко имелись три рейда, доступные для самых больших кораблей и судов, они могли вместить целый флот. Гавани порта были оснащены кранами, а набережные облицованы гранитом. К причалам подходили железнодорожные ветки.
Финны также еще до войны построили в северной части полуострова несколько рубежей обороны глубиной до 12 км. На побережье и на островах в районе Ханко ими было установлено большое число артиллерийских батарей — около 150 орудий калибра от 76 до 254 мм, а также множество наблюдательных вышек.
Незадолго до войны командиром ВМБ был назначен генерал-майор (с сентября — генерал-лейтенант) береговой службы С.И. Кабанов. Военный комиссар базы — дивизионный комиссар А.Л. Расскин, начальник штаба — капитан 1 ранга П.Г. Максимов.
Слева направо: командир 8-й стрелковой бригады Н.П. Симоняк, командир военно-морской базы Ханко С.И. Кабанов, начальник политотдела бригады Г.П. Романов.
Несмотря на стратегически выгодное расположение базы, ни эсминцы, ни тральщики до войны так и не прибыли на постоянное базирование. На Ханко базировался 8-й дивизион 2-й бригады подводных лодок — 9 лодок типа «М». К началу войны в базе находилось только четыре лодки: одна находилась в дозоре, остальные ремонтировались в Таллине. В июне последние четыре лодки покинули Ханко, уйдя на позиции или в Палдиски. Торпедные катера 1-й бригады (14 ед.) с началом войны также перебазировались. На Ханко остались только береговые базы подплава и бригады торпедных катеров.
Охрана водного района (ОВР) базы имела в своем составе всего три катера «малых охотника» МО — 311, 312, 313. Кроме того, в Ханко находился и морпогранотряд, имевший четыре таких же катера типа «МО» — ПК-236, 237, 238, 239. После начала войны катера погранотряда были переданы в ОВР и сформирован 3-й дивизион сторожевых катеров (7 катеров типа «МО»). Таким образом, на военно-морской базе Ханко из кораблей осталось всего 7 катеров «малых охотников», гидрографические суда (ГИСУ) «Волна» и «Веха» и 13 малых катеров охраны рейда.
На полуострове базировался 13-й истребительный полк, насчитывающий 60 самолетов. В июне 1941 г. на Ханко осталась только одна эскадрилья «чаек» (И-153), остальные три эскадрильи под Ленинградом получали новые машины. Кроме того, на Ханко размещалась 81-я отдельная авиационная эскадрилья (ОАЭ) гидросамолетов МБР-2.
Боевые задачи базы во время войны: оборона северного фланга минно-артиллерийской позиции, оборона базы с моря, с суши и с воздуха. Располагаясь на основном шхерном фарватере, база не позволяла кораблям и судам противника переходить из Ботнического залива в Финский и обратно. Поэтому понятно стремление финнов как можно быстрее захватить Ханко.
В первый же день войны, 22 июня 1941 г., в 22.30 бомбардировочная авиация противника произвела налет на Ханко.