Почти все северное побережье от советско-финской границы до Ханко оставалось под контролем Финляндии, союзницы Германии. Оно изобиловало большим количеством выходов из шхер, соединенных продольными шхерными фарватерами, позволяющими скрытую рокировку легких сил и подводных лодок противника. Финское побережье имело ряд сильно укрепленных районов, вооруженных дальнобойной артиллерией, простреливавшей акватории до середины Финского залива и даже северные подходы к главной базе — Таллину. Поэтому все судоходство в первые месяцы войны пришлось осуществлять вдоль южного побережья по малым глубинам для затруднения действий подводных лодок противника.
Линия наблюдательных постов и сеть финских аэродромов давали противнику возможность непрерывного наблюдения за нашими перевозками, особенно в светлое время суток. Таким образом, на всем протяжении наша основная коммуникация Кронштадт — Таллин — Ханко была под контролем и возможным ударом противника.
Новые ВМБ были совершенно не приспособлены для базирования военного флота. По существу, кроме акваторий и ограниченного причального фронта, почти ничего не было, ремонтные базы существовали только в Либаве и Таллине. Гавани, оставшиеся без изменений еще от царской России, а местами пришедшие в ветхость, не были рассчитаны на базирование таких кораблей, как эсминцы, не говоря уже о более крупных. Необходимо было выполнить большой объем строительных работ по созданию инфраструктур баз флота.
Увеличение протяженности береговой черты, количества портов и рейдов, удаленность новых ВМБ на большом расстоянии друг от друга (Либава, Таллин, Ханко, Рига), и в особенности от тыловой базы Кронштадта, для поддержания морских сообщений и рейдовой службы требовали наличия многочисленного, хорошего вспомогательного флота, а его не хватало даже до 1940 г., в условиях мирного времени. Например, нефтеналивных судов имелось всего четыре, водоналивных — два. Подавляющее число вспомогательных судов имело за плечами не один десяток лет службы. Нехватка вспомогательного флота приводила к перебоям в своевременном подвозе необходимых видов снабжения и ставила готовность соединений КБФ в зависимость от наличия свободного тоннажа. Между тем слабо развитая промышленность Прибалтийских республик, недостаточно развитая железнодорожная сеть, а также отсутствие возможности создавать в базах необходимые запасы (из-за отсутствия складов), начатое большое оборонительное строительство требовали постоянного и весьма оживленного морского сообщения между новыми базами и тылом КБФ.
ВМБ Ханко, по существу, имела связь с остальными базами только морским путем, т. к. железнодорожная связь была обусловлена специальным договором с Финляндией и перевозки секретными быть не могли.
Большое увеличение протяженности морской границы требовало развертывания береговой обороны в новых районах базирования флота. Такие пункты, как Либава, Виндава, Ирбенский пролив, острова Моонзундского архипелага, Ханко, Биорке, совершенно не имели обороны с моря.
К началу войны программа строительства береговой обороны не была закончена. Ряд батарей заканчивался строительством в ходе войны. Круговая оборона островов и батарей, которая понадобилась во время войны, не была предусмотрена.
Важнейшим был вопрос о создании сухопутной обороны. Таким образом, хотя флот и получил выгодные позиции на Балтийском море и в Финском заливе, эти позиции для действий флота оборудовать не успели.
По предвоенным документам, оборона военно-морских баз с суши возлагалась на армию, а флот должен был решать эту задачу с моря и воздуха. Ни одна из военно-морских баз КБФ, кроме Ханко, не имела заранее подготовленной сухопутной обороны.
Сухопутная оборона района Либава — Рига была возложена Генеральным штабом на Прибалтийский особый военный округ. Но к началу войны у Либавы ничего реально создано не было. К строительству сухопутной обороны на островах Эзель и Даго ПрибОВО приступил только перед началом войны, но с началом ее было свернуто вследствие ухода частей ПрибОВО.
К летней кампании 1941 г. работа в указанных направлениях была в полном разгаре, но для завершения ее требовалось время — около двух лет. Таким образом, начало войны, даже в отсутствие внезапного нападения противника, неизбежно ставило КБФ в невыгодные для него условия.
Командующий КБФ В.Ф. Трибуц.
К началу Великой Отечественной войны КБФ являлся самым сильным из флотов Советского Союза. Командующим КБФ в течение всей войны был вице-адмирал В.Ф. Трибуц; членами Военного совета — дивизионный комиссар М.Г. Яковенко, Н.К. Смирнов, А.Д. Вербицкий; начальником штаба — контр-адмирал Ю.А. Пантелеев, с 29.09.41 — вице-адмирал Ю.Ф. Ралль.
В составе флота находились 2 линкора, 2 крейсера, 2 лидера, 19 эсминцев, 7 сторожевых кораблей, 34 тральщика, 4 надводных заградителя, 2 канонерские лодки, 63 торпедных катера, 65 подводных лодок, 26 малых охотников, 4 бронекатера, 9 катеров-тральщиков, И посыльных судов, 133 вспомогательных плавсредства.
Организационно в эти силы входили: эскадра кораблей (командующий — контр-адмирал Д.Д. Вдовиченко), включавшая линкоры «Марат», «Октябрьская Революция; 3, 4, 5-й дивизионы эсминцев, дивизион сторожевых кораблей; отряд легких сил (командир — контр-адмирал В.П. Дрозд) в составе крейсеров «Киров» и «Максим Горький», 1-й, 2-й дивизионы эсминцев.