Последующие попытки кораблей подойти к побережью для установления связи с десантными отрядами встречали сильное огневое противодействие противника. Наспех сформированные, не прошедшие соответствующей подготовки отряды, отрезанные противником от побережья, не имея связи и поддержки со стороны частей 8-й и 42-й армий, оказались в тяжелом положении. Малочисленные десанты не выполнили (да и не могли в данных условиях выполнить) возложенные на них задачи. Десантники сражались до последнего патрона, большинство из них пало смертью храбрых. Действия 8-й и 42-й армий по прорыву вражеской обороны успеха не имели.
С конца сентября противник непрерывно усиливал свою артиллерийскую группировку (увеличивалось количество орудий, подтягивалась крупнокалиберная железнодорожная артиллерия). После стабилизации линии фронта немцы начали систематически вести артиллерийский обстрел города. Обстрелу подвергались преимущественно районы расположения предприятий оборонной промышленности, стоянки кораблей, мосты, а к концу года фашисты начали подвергать обстрелу также наиболее густо населенные районы города.
Вражеская артиллерия обстреливает корабли на Неве.
На дальнобойную морскую артиллерию возлагались задачи борьбы с батареями противника, расположенными в глубине его обороны, на значительном удалении от переднего края. Отвод противником своей артиллерии в глубину обороны на расстояние 15–20 км от переднего края значительно затруднил контрбатарейную борьбу. Артиллерийские системы, бывшие в составе Ленинградского фронта, имели дальность стрельбы до 20 км (122-мм пушки, 152-мм пушки-гаубицы, 107-мм пушки). И только 152-мм пушка образца 1935 г. могла стрелять на 25 км. Немецкая 150-мм пушка обр. 1939 г. имела дальность стрельбы 24,7 км, 170-мм — 28 км, 240-мм пушка на железнодорожной платформе — 31 км.
В связи с этим резко возросла роль в контрбатарейной борьбе артиллерии флота. Дальность стрельбы у морских артиллерийских систем 130-мм калибра составляла 25 км, у 152-мм — 30 км, у 180-мм — 37 км и у 356-мм — 44 км. Задача флотской артиллерии заключалась в обстреле наиболее удаленных от города батарей противника, входивших в состав «группы нападения», непосредственно ведущих огонь по городу.
Противник старался подавить огонь кораблей. 6 октября 210-мм снаряд попал в эсминец «Стойкий», пробив насквозь оба борта. Корабль получил повреждения и перешел к заводу № 189 для ремонта. 12 октября 203-мм снаряд пробил корпус лидера «Ленинград», при этом через пробоину затопило две цистерны — топливную и питьевой воды. От осколков другого снаряда, разорвавшегося у борта, на палубе лидера загорелся заряд, приготовленный для стрельбы главным калибром. Взрыв заряда грозил гибелью корабля. Смертельно раненый осколками, командир орудия старшина 2-й статьи В.С. Кузнецов дотянулся до горящего заряда и пополз с ним к борту, чтобы сбросить в воду. Но силы оставили моряка, и заряд взорвался у него в руках. Пожар удалось ликвидировать силами экипажа. Приказом командующего флотом имя героя было навечно занесено в список экипажа лидера «Ленинград». Из-за полученных повреждений 14 октября лидер поставили на ремонт у стенки завода № 196. Различные повреждения получили и другие корабли.
До конца блокады Ленинграда артиллерия флота вела контрбатарейную борьбу.
С середины сентября связь Кронштадта и Ораниенбаумского плацдарма осуществлялась по Морскому каналу или через Лисий Нос. По этим коммуникациям проходили боевые корабли и шло снабжение войск. Противник выделил специальную группу артиллерии и неоднократно пытался уничтожить наши конвои.
Командование флота стало планировать и осуществлять переходы только в ночное время, когда артиллерия противника не могла вести прицельный огонь. Гитлеровцы разгадали нашу тактику и сосредоточили на южном берегу Финского залива группу прожекторов. С наступлением темноты они освещали фарватеры. Для борьбы с прожекторами и батареями врага использовались корабельная железнодорожная артиллерия и береговые батареи.
С 15 октября флот осуществлял перевозку из Ораниенбаума в Ленинград 191-й стрелковой дивизии, выделенной из состава 8-й армии для участия в операции по деблокаде Ленинграда под Синявином. Она производилась в темное время суток, так как наши морские сообщения на участке Урицк — Петергоф находились под наблюдением противника, который при обнаружении судов наносил по ним массированные удары артиллерией и авиацией. 18 октября перевозка 191-й дивизии была полностью и без потерь завершена. За эти дни на транспортах, самоходных баржах и буксирах было перевезено 5500 человек, 1200 лошадей, 15 автомашин, 36 орудий и другие грузы. Затем были перевезены в Ленинград и остальные войска 8-й армии, всего с плацдарма вывезены 6 дивизий и тылы армии. Они направлялись на самый угрожаемый участок на правом берегу Невы.
С 3 ноября в связи с образованием ледового покрова в Невской губе были сняты корабельные дозоры. Корабли могли ходить только Морским каналом по пристрелянному противником фарватеру. С 20 ноября суда могли ходить только за ледоколами. Из-за нехватки ледоколов суда и корабли, участвовавшие в перевозках, объединялись в отряды. Перевозки происходили под интенсивным артобстрелом тяжелой артиллерии противника, ему удалось потопить буксирный пароход «Ульянов» и две баржи, затертые льдом в открытой части канала. 20 декабря прошел последний конвой.