Для прикрытия кораблей в Усть-Двинске и островов Моонзундского архипелага необходимо было создать сильную противовоздушную оборону Рижского залива и Моонзунда. Острова Сааремаа и Хиума занимают очень выгодную позицию для эшелонированного расположения средств ПВО и базирования истребителей. Планировалось к 1942 году иметь на островах три полка зенитной артиллерии.
К началу войны на островах и побережье Рижского залива было установлено всего 10 зенитных батарей, из них в Усть-Двинске — две. Такое число зенитных батарей не обеспечивало противовоздушной обороны кораблей. К началу войны в Риге и Либаве базировались отдельные эскадрильи гидросамолетов. Часть самолетов-истребителей 13-го и 71-го авиаполков базировалась на аэродромах Таллина и Ханко. На аэродроме в Пярну находились бомбардировщики 73-го полка.
Таким образом, Прибалтийская и Либавская военно-морские базы, а также корабли, действующие в Балтийском море, Рижском заливе и в районе островов Моонзундского архипелага, не имели истребительного прикрытия.
Острова Моонзундского архипелага — Сааремаа (Эзель), Хиума (Даго), Муху (Моон) и Вормси — и большое число мелких островов расположены у западного побережья Эстонии на стыке вод центральной части Балтийского моря с водами Финского и Рижского заливов.
Выгодное военно-географическое положение Моонзундских островов определяет их значение для обороны входов в Финский и Рижский заливы и обеспечения активных действий в Балтийском море. Поэтому после начала Первой мировой войны Моонзунд использовался как район базирования миноносцев и подводных лодок. Именно здесь, в Моонзунде и Рижском заливе, развернулись самые ожесточенные бои между русским и германским флотами в годы Первой мировой войны.
Командованием КБФ район Моонзундских островов предполагалось использовать как базу для легких сил флота, он был удобен для базирования кораблей до крейсеров включительно. С этой целью в Рохукюля было начато строительство маневренной базы. В феврале 1941 г. был произведен промер и обвеховывание Моонзунда и написано наставление для плавания проливами Соэла-Вяйн и Муху-Вяйн, а также намечены дноуглубительные работы. В качестве маневренных баз могли быть использованы также порты Пярну и Курессааре. Силы, базирующиеся на порты Моонзундского архипелага и Рижского залива, могли выходить в Балтийское море через проливы Ирбенский и Соэла-Вяйн.
Однако до начала войны ничего сделано не было. Если бы часть средств, вложенных в Либаву и Ригу, были направлена в Моонзунд, события в Рижском заливе могли развиваться по другому сценарию.
Береговая оборона Моонзундских островов и Рижского залива строилась с расчетом на взаимодействие с береговой обороной военно-морских баз Ханко и Либава и прикрытие минных рубежей в устье Финского залива и в Ирбенском проливе.
Строительство батарей на Моонзундских островах началось с весны 1940 г. и было рассчитано до 1944 г. и шло усиленными темпами. Так, например, 180-мм башенная батарея на полуострове Сырве (мыс Церель), защищавшая вход в Ирбенский пролив, была построена менее чем за год.
Вся береговая оборона Моонзундских островов и острова Осмуссар входила в одно соединение — Береговую оборону Балтийского района (БОБР).
За полтора года КБФ сумел создать значительную по силе систему береговой обороны в устье Финского залива, на Моонзундских островах и в Ирбенском проливе.
Предполагалось также в 1942 г. на островах Сааремаа и Хиума оборудовать аэродромы для базирования торпедоносной, бомбардировочной и истребительной авиации. Выгодное стратегическое расположение островов на театре позволяло тяжелой минно-торпедной авиации действовать с их аэродромов на всем Балтийском море вплоть до проливной зоны. К началу войны строительство аэродромов находилось в полном разгаре.
Сухопутная оборона островов периодически переходила из ведения НКВМФ в ведение НКО. Такое неопределенное положение мешало созданию обороны, вносило неясность в вопросы управления и организации взаимодействия. С декабря 1940 г. оборона островов Хиума и Вормси была возложена на Ленинградский военный округ, а Сааремаа и Муху — на Прибалтийский. К строительству инженерных сооружений на островах части Красной Армии приступили только в мае 1941 г.
Ожидая нападения немецких надводных кораблей на Либаву и побережье, с утра 22 июня на подходах к базе были развернуты на позициях четыре подводные лодки: М-79, М-81, М-83 и Л-3, к Клайпеде была выслана С-4. Для действий в южной и средней частях Балтийского моря 23 июня были направлены подводные лодки С-6, С-10, Щ-309, Щ-310 и Щ-311.
В Ирбенском проливе были выставлены два дозора. К западу от линии полуостров Сырве — маяк Овиши несла дозор подводная лодка С-7, к востоку от этой линии — эсминец «Грозящий».
В 14 часов 22 июня была начата постановка мин у Либавы, БТЩ «Фугас» поставил в 10 милях к западу от Либавы 206 мин.
Военно-морская база Либава (командир — капитан 1 ранга М.С. Клевенский), расположенная близко от границы, первая приняла на себя удар немецко-фашистских войск. Приморская группировка войск противника — усиленная 291-я дивизия, имеющая в своем распоряжении значительное количество артиллерии и танков и поддерживаемая авиационной группой, наступавшая из района Клайпеды вдоль побережья на Либаву, около 8 часов заняла Палангу и к 12 часам 22 июня подошла к Руцава (40 км к югу от Либавы), где занимала оборону 67-я стрелковая дивизия. На этом рубеже все атаки были отбиты и продвижение его на север было остановлено. Ночью противник пытался прорваться в город с юго-востока, но был отбит.