В Либаву были перебазированы отряд легких сил, 1-я бригада подводных лодок. И.В. Сталин предлагал перевести в Либаву и линкор, но наркому Н.Г. Кузнецову удалось отговорить вождя. По мнению наркома, такого количества кораблей для Либавы было слишком много.
В Либаве в апреле 1941 года было сформировано новое военно-морское училище — училище противовоздушной обороны ВМФ.
К началу войны для обороны базы были построены две 130-мм береговые батареи (№ 23 и № 27), защищавшие ее с севера и юга, и переведена 180-мм железнодорожная батарея.
ПВО базы осуществляли 43-й и 84-й отдельные зенитно-артиллерийские дивизионы — всего 24 76-мм орудий. В состав ЛВМБ входили следующие корабельные соединения: отдельный отряд торпедных катеров (5 единиц), 4 корабля охраны рейда, 4-й дивизион катеров морпогранохраны (9 вымпелов). В Либаве находились два дивизиона подводных лодок 1-й бригады: 3-й ДПЛ: «Л-3», «Калев», «Лембит», «Ронис», «Спидола», 4-й ДПЛ — семь «малюток». В ремонте на заводе «Тосмаре» стояли шесть подводных лодок и эсминец «Ленин». 21 июня в Либаву пришел на ремонт машин БТЩ «Фугас» (боеприпас с него был выгружен в Таллине). В порту стояли 10 транспортов.
Положение этой базы вызывало постоянную озабоченность у Военного совета флота. Оперативная игра, проводившаяся в Риге под руководством командующего Прибалтийским ОВО с участием высшего командования, наглядно подтвердила эти опасения. Поэтому по настоянию командующего флотом вскоре для обороны Либавы прибыла 67-я стрелковая дивизия. Ее укомплектованность к началу войны составляла около 75 %.
Однако никаких документов о взаимодействии ЛВМБ и 67-й дивизии к началу войны разработано не было, командир базы не знал планов армейского командования на случай возникновения необходимости обороны Либавы с суши.
Командир Либавской военноморской базы М.С. Клевенекий.
На военно-морскую базу Либава должен был базироваться передовой отряд КБФ, который имел задачу защищать Рижский залив и действовать в средней части Балтийского моря. Но неудачное расположение этой базы в непосредственной близости от границ с Германией и скученность кораблей в Либаве беспокоили командование ВМФ. Поэтому было признало более целесообразным базировать передовой отряд флота на Рижский залив в Усть-Двинске (Даугавгрива), что позволяло создать глубоко эшелонированную противовоздушную оборону, а также прикрыть район базирования береговой артиллерией с острова Сааремаа и южного побережья Ирбенского пролива. Кроме того, считалось, что базирование передового отряда на Рижский залив обеспечит ему большую скрытность развертывания при проведении активных действий в средней части Балтийского моря и сообщения с базами Финского залива через пролив Муху-Вяйн.
Благодаря выходам из Рижского залива на север через Моонзунд и на запад через Ирбенский пролив ВМБ была выгодной в оперативном отношении. Правда, она имела свои минусы: залив зимой замерзает, выход на север мелководен. Никогда ранее в Риге не базировались крупные корабли.
Для создания военно-морской базы в Даугавгрива в августе 1940 г. постановлением СНК за КБФ были закреплены гавань Мильгравис с причальной линией около 700 м, Зимняя гавань с судоремонтными мастерскими и крепость в Даугавгриве с минным складом. Зимой 1940/41 г. было начато строительство причалов, складов, топливных цистерн, мастерских и других объектов, необходимых для базирования кораблей. Устье Западной Двины было удобно для рассредоточения кораблей, вплоть до крейсеров.
Фактически эта база начала формироваться с середины июня 1941 г. В состав Прибалтийской военно-морской базы должны были войти Либавская ВМБ и Береговая оборона Рижского залива. Таким образом, Прибалтийская ВМБ включала порты Лиепаю и Вентспилс, Рижский залив, южную часть Моонзунда и остров Сааремаа.
Приказ о создании Прибалтийской ВМБ был подписан Народным комиссаром ВМФ 21 июня, т. е. за один день до начала войны. Поэтому с началом войны она оказалась не в состоянии обеспечить базирование на нее кораблей передового отряда КБФ и управление авиацией и береговой артиллерией.
До начала войны из Либавы в Усть-Двинск были переведены: отряд легких сил в составе крейсеров «Киров», «Максим Горький» и двух дивизионов эскадренных миноносцев в составе «Гневный», «Гордый», «Грозящий», «Стерегущий» и «Сметливый» (1-й дивизион); «Стойкий», «Сильный», «Сердитый» и «Сторожевой» (2-й дивизион).
1-я бригада подводных лодок в составе двух дивизионов (семь лодок типа «С»), эсминец «Энгельс» и плавучие базы «Иртыш» и «Смольный». Остальные 15 лодок бригады находились в Либаве.
Отряд торпедных катеров (6 единиц). Три тихоходных тральщика (бывших латвийских — «Вирсайтис», «Вистурс» и «Иманта»).
В распоряжении командира Прибалтийской военно-морской базы не было быстроходных тральщиков, столь необходимых для обеспечения деятельности ОЛСа, сторожевых кораблей и малых охотников, а также вспомогательных кораблей.
Большая часть кораблей Отряда легких сил перешла в Рижский залив, не имея полного запаса топлива. Прием топлива мог производиться только в Риге в гавани Мильгравис, которая не была полностью для этого оборудована, и в ней могли одновременно принимать топливо не более двух эсминцев.