На вооружении большинства кораблей в качестве зенитных орудий находились уже устаревшие и малоэффективные 45-мм полуавтоматы. Новые скорострельные 37-мм автоматические пушки только начали поступать на флот. До начала войны их успели установить только на линкоры и на достраивающиеся эсминцы.
На советских кораблях отсутствовали современные приборы обнаружения противника — радиолокационные и гидроакустические станции.
Корабельный состав флота, особенно надводного, являлся весьма молодым. Так, крейсер «Максим Горький» вступил в строй в самом конце 1940 г. Из 14 находившихся в строю новых эсминцев только 5 вступили в строй до 1939 г., из числа остальных 4 — в мае 1941-го, 3 — в июне, 2 — в первые дни войны. К началу войны соединения кораблей только приступили к огневой подготовке и сколачиванию подразделений кораблей для совместных боевых действий.
Крейсер «Максим Горький».
Имелись пробелы в боевой, тактической и оперативной подготовке флота и отдельных соединений. Были недостаточно отработаны тактическое взаимодействие разнородных сил, новые способы и приемы войны на море. В частности, не практиковалось совместное плавание боевых кораблей с тральщиками, особенно в ночное время. Не изучались способы стрельбы по скоростным и особенно пикирующим самолетам.
Зенитные батареи в своем большинстве имели на вооружении 76-мм орудия образца 1931 г., перед самой войной стали поступать 85-мм обр. 1938 г., имелись пулеметы М-4 (счетверенный «максим»), но эффективность их была незначительна. Не было отработано безошибочное опознавание самолетов, не была освоена стрельба по пикирующим самолетам, хотя этот способ немецкие летчики применяли с самого начала Второй мировой войны — с сентября 1939 г.
Авиация ВВС КБФ базировалась на аэродромах, расположенных от Либавы и Ханко до Новой Ладоги, но в основном в районе Ленинграда. К началу войны на западных аэродромах было сосредоточено около 20 процентов общего состава авиации. Такая вынужденная дислокация ВВС привела к тому, что корабли, действовавшие в Рижском заливе, не имели авиационного прикрытия.
Не было закончено навигационное оборудование театра, особенно в новых районах, прилегающих к территориям Эстонской и Латвийской республик. К примеру, пролив Муху-Вейн, соединяющий Финский залив и Моонзунд, до войны изучен не был, и даже эсминцы до войны там не плавали.
Даже в главной базе флота не было флагманского командного пункта, из которого можно было бы осуществлять боевое управление флотом и который имел бы надлежащую живучесть и неуязвимость, мог бы выдержать попадания бомб и тяжелых снарядов.
После начала войны ВВС КБФ начали получать задачи из трех источников: штаба ВВС Северного фронта, командования КБФ и командования 8-й армии. ВВС флота со все возрастающей интенсивностью привлекались для действий на сухопутном фронте.
Обеспеченность КБФ основными видами вооружения и материально-технического снабжения не соответствовала задачам и дислокации флота. Так, наибольшее количество мин оказалось сосредоточено в Риге и Выборге, а не в Таллине, где базировались минные заградители и откуда планировалось создавать основную минно-артиллерийскую позицию. В главной базе совсем отсутствовали новые мины типа КБ.
Запасы топлива на складах флота обеспечивали потребность флота мазутом на 40 суток, соляром — на 50, бензином — на 30–50, маслом всех марок — на 45, углем — на 50. Но непродуманное распределение боеприпасов и топлива по пунктам базирования очень затруднило деятельность КБФ в начале войны. Наличие емкостей жидкого топлива в Таллине, Риге, Ханко совершенно не обеспечивало потребностей базировавшихся там кораблей. В самой западной, Расположенной возле границы Либаве к началу войны было сосредоточено около 12 тыс. т жидкого топлива и смазочных масел и более 23 тыс. т угля, в то время как в Таллине практически не было соляра. В то же время в Либаве к началу войны имелся только один боекомплект для артиллерии береговой обороны. Почти все запасы, завезенные в Либаву, попали в руки противника.
Летом 1940 г., разгромив Францию, Германия начала подготовку к нападению на СССР. Немецкий Генеральный штаб приступил к разработке плана очередной военной кампании — похода против Советского Союза. 18 декабря 1940 г. Гитлер утвердил директиву № 21, получившую условное название «план Барбаросса».
С осени 1940 г. немцы начали сосредотачивать свои войска вдоль западной границы Советского Союза, планируя одновременное наступление по фронту от Баренцева до Черного морей. Главные удары немцы рассчитывали нанести на трех стратегических направлениях: Московском, Ленинградском и Киевском; московское направление рассматривалось как основное и решающее.
Одновременно немцы учитывали огромное экономическое и политическое значение Ленинграда как крупнейшего индустриального и политического центра страны. Поэтому захват Ленинграда был одной из первостепенных задач немецкой армии. С этой целью в пограничной полосе в Восточной Пруссии немцы сосредоточили группу армий «Север» под командованием генерал-фельдмаршала фон Лееба в составе 16-й и 18-й полевых армий, 4-й танковой армии, 23-го армейского корпуса (резерв) и 1-го воздушного флота. Она насчитывала 29 дивизий, всего 725 тысяч солдат и офицеров, 1500 танков и 1070 боевых самолетов. По плану немецко-фашистского командования эта группа войск должна была перейти в наступление из района Клайпеда — Сувалки против наших армий, расположенных в Прибалтике, и, разгромив их, с ходу занять город Ленинград. Захватить Ленинград фашистское командование рассчитывало концентрическим ударом немецких войск с юго-запада и финских войск с севера. Финны развернули у границ Советского Союза на ленинградском направлении 12 дивизий и сосредоточили 330 самолетов.