К 27 сентября положение под Ленинградом стабилизировалось, и план уничтожения кораблей был «сдан в архив».
С выходом противника на южное побережье Финского залива создалась реальная и непосредственная угроза активных десантных операций против острова Котлин. Создается сухопутная и противодесантная оборона по плану, утвержденному ВС КБФ 7 сентября 1941 г. Принимались меры по укреплению обороны Кронштадта с юго-восточного направления. Это должно было позволить более действенно поддерживать огнем войска на Ораниенбаумском плацдарме и успешнее вести контрбатарейную борьбу с настолово — беззаботинской группировкой артиллерии гитлеровцев. В течение сентября — ноября 1941 г. в Кронштадте установили десять батарей среднего и крупного калибров. Вошли также в строй несколько батарей среднего калибра в Ижорском УС.
После того как немецкие войска перерезали железные дороги, связывающие Ленинград с остальной страной, город, фронт, а также и флот стали испытывать недостаток в продовольствии, боезапасе и топливе.
4 сентября Главнокомандующий Северо-Западного направления подписал приказ, в котором говорилось: «В связи с тем что общие запасы боеприпасов для тяжелой морской артиллерии ограничены, а также во избежание преждевременного износа материальной части прекратить расточительный расход боезапаса». Теперь орудия 180-мм и большего калибра могли использоваться только по тяжелым батареям и скоплениям танков, 152-мм орудия — по батареям противника, группам танков и оборонительным сооружениям, 100–130-мм — по скоплениям пехоты. Приказом были также назначены нормы среднего расхода боезапаса при стрельбе морской артиллерии по сухопутным целям.
Стрельба морской артиллерии с полной скорострельностью могла вестись не более 2 минут. При необходимости длительного обстрела цели допускается следующая скорострельность орудий: 356-мм и 305-мм — 1 выстрел в 15 мин, 180-мм — 2–3 орудийных залпа в 15 мин, 100–130-мм — залп в 15 мин.
Уже с 10 сентября 1941 г. решением ВС КБФ среднесуточный отпуск бензина был ограничен и составлял для бригады торпедных катеров 2 т, для ОВРа — 10 т (полный запас топлива «малого охотника» типа МО 4–6 т).
7 сентября наступавший с юго-западного направления противник вошел в зону огня корабельной артиллерии. В этот день открыли огонь крейсера «Максим Горький» и «Петропавловск» (немецкие пушки обрушили на немецкие войска снаряды, изготовленные в Германии). С 7 по 17 сентября, в наиболее критические дни напряженных боев, они систематически обстреливали наступавшие вражеские войска в районе Красное Село, Тайцы. 9 сентября линкор «Марат» открыл огонь главным калибром, а через шесть дней — противоминным (120-мм). Стрельбы по наступающим войскам противника велись ежедневно, по нескольким целям, и ежесуточный расход 305-мм выстрелов достигал 177.
Особенно напряженным был день 11 сентября, когда главный калибр крейсера «Максим Горький» выполнил 10 стрельб, выпустив 285 180-мм снарядов по наступающим немецким войскам. 11 сентября, после того как было выпущено 124 снаряда главного калибра, разорвало среднее орудие первой башни «Марата». В тот же день произошел взрыв снаряда в стволе левого орудия первой башни «Петропавловска» (вот вам и хваленое немецкое качество). Теперь главный калибр крейсера состоял из трех 203-мм орудий. Всего за 10 дней корабль выполнил 40 стрельб, израсходовав 676 снарядов.
В то время как корабли, стоявшие в Ленинградском порту, вели огонь по районам на подступах к Ленинграду с юга и юго-запада, эсминцы «Стройный», «Строгий», канонерские лодки «Сестрорецк», «Зея», бронекатера отряда кораблей р. Невы, орудия НИМАПа своим огнем не допускали переправ противника через Неву и обороняли подступы к Ленинграду с юго-востока. Для усиления артиллерийской обороны по постановлению ВС Ленинградского фронта была оборудована Невская Укрепленная Морская позиция (Невский укрепленный сектор, Укрепленный сектор р. Невы). В сентябре в районе Невской Дубровки на правом берегу Невы была установлена батарея из четырех 180-мм орудий, восемь 130-мм орудий, шесть — 100-мм, а также восемь снятых с линкоров «Марат» и «Октябрьская Революция» 120-мм орудий. Был сформирован Невский укрепленный сектор, командир — генерал-майор И.А. Кустов.
Для борьбы с огнем нашей корабельной и береговой артиллерии противник перебросил с других участков фронта в район Красного Села тяжелую артиллерию. После выхода противника к побережью Финского залива его артиллерия приступила к интенсивному обстрелу кораблей, стоявших в Морском канале и Ленинградском торговом порту.
К середине сентября линия фронта настолько приблизилась к городу, что артиллерия противника получила возможность вести огонь прямой наводкой по неподвижным кораблям.
Наиболее интенсивный огонь батареи противника вели по территории торгового порта и по кораблям, стоящим на позициях в Морском канале с 13 по 17 сентября, выпустив более 900 тяжелых снарядов. Одновременно с артиллерийскими обстрелами немецкие самолеты бомбили корабли, стоявшие в порту и в Морском канале.
15 сентября снаряд попал в эсминец «Опытный», разрушив второе котельное отделение.