На строительство бронированных артиллерийских и пулеметных точек под Ленинградом была использована вся броня, предназначавшаяся для новых кораблей. Из этой брони в 1941 году было изготовлено 600 дотов. Таким образом, в обороне Ленинграда «участвовали» недостроенные корабли.
Директивой Ставки Верховного Командования КБФ с 14 июля был подчинен главкому Северо-Западного направления.
Уже в начале войны в Ленинграде из курсантов военно-морских училищ была создана курсантская бригада (1750 человек), которая вела борьбу с воздушными десантами и диверсантами противника на территории Эстонии и в западных районах Ленинградской области. В июле началось формирование морских бригад из личного состава береговых частей, кораблей, учебных отрядов, школ и училищ. В течение июля — сентября были сформированы и направлены на фронт 2, 3, 4, 5, 6 и 7-я морские бригады. После эвакуации из Таллина была переформирована и пополнена 1-я бригада морской пехоты.
В июле началось создание Восточной минной позиции в районе островов Гогланд и Сескар, которая прикрыла восточную часть Финского залива от возможного прорыва кораблей противника, усиливая тем самым оборону Кронштадта — Ленинграда с моря.
В первый период войны в связи с наступлением немецко-фашистских армий возникла необходимость в обеспечении приозерных флангов наших войск и содействия им на озерах (огневая поддержка, обеспечение перевозок и переправ). По решению наркома ВМФ на основе учебных отрядов кораблей на Чудском, Ладожском, Онежском и Ильменском озерах были сформированы флотилии, которые оказали существенную помощь нашим войскам в обороне.
Ладожская военная флотилия начала формироваться 25 июня на базе учебных кораблей и личного состава ленинградской группы военно-морских учебных заведений. Командующий — капитан 2 ранга В.П. Барановский, капитан 2 ранга С.В. Земляниченко (с 30.6. 41), капитан 1 ранга В.П. Боголепов (с 24.07. 41), контр-адмирал Б.В. Хорошкин (с 8.08.41), капитан 1 ранга В.С. Чероков (с 13.10.41). В состав флотилий были переданы некоторые корабли КБФ, а также суда, полученные в порядке мобилизации. В связи с выходом неприятельских войск на побережье Ладожского озера флотилия оказывала артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, высаживала десанты, обороняла острова, занималась грузоперевозками.
Чудская военная флотилия была создана 3 июля на базе дивизиона учебных кораблей Высшего военно-морского инженерного училища им. Ф.Э. Дзержинского. Командующий — капитан 1 ранга Н.Ю. Авраамов. Поддерживая войска Красной Армии, она в течение июля — первой половины августа противодействовала переправам и десантам противника на Псковском и Чудском озерах и реке Нарове.
После оставления советскими войсками Гдова корабли флотилии перешли к р. Нарова и 13 августа были затоплены, а оставшийся личный состав прибыл в Ленинград.
Командующий Ладожской флотилией B.C. Чероков.
28 июля была сформирована Ильменская флотилия из судов речного пароходства. Командующий — капитан 3 ранга В.М. Древницкий. Ее корабли несли сторожевую службу с целью не допустить прорыва противника в Новгородском и Старорусском направлениях, участвовали в высадке тактических десантов. С 14 августа флотилия прикрывала артиллерийским огнем отход войск и эвакуацию населения из Новгорода, а затем действовала на р. Волхов. Выполнив свои задачи, корабли флотилии ушли в Ладожское озеро.
В начале августа была сформирована Онежская военная флотилия. Командующий — капитан 2 ранга А.П. Дьяконов. Ее корабли оказывали артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, перевозили войска и грузы. В сентябре 1941 г. флотилия препятствовала форсированию противником р. Свирь. С окончанием навигации в конце ноября Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переведены на Волгу.
Исходя из обстановки на сухопутном фронте в начале июля решением ВС КБФ Кронштадтский укрепленный сектор для более эффективного управления береговой артиллерией был разделен на три совершенно самостоятельных укрепленных сектора: Лужский, Ижорский и Кронштадтский.
В составе Кронштадтского УС остались батареи, расположенные на острове Котлин и дивизионы на фортах, вокруг него — 11-й (форт «П»), 12-й (форт «О»), 13-й (форт «Р»), 14-й (южные номерные форты) и 15-й (северные номерные форты) дивизионы. Комендант КУС — полковник Д.И. Терещенко.
В Ижорский УС отошли дивизионы, расположенные на южном берегу, — 31-й (Красная горка) и 33-й (Серая лошадь). Комендантом был назначен комбриг П.И. Лаковников, с сентября — генерал-майор Г.Т. Григорьев.
В Лужский ИУС передан 21-й дивизион. Командир сектора — генерал-майор Н.Ю Денисевич.
Была усилена оборона Выборгского и Гогландского укрепленных секторов. Особое внимание обращалось на совершенствование противодесантной обороны на островах Гогланд, Большой Тютерс, Бьёрке, Пийсари. В Гогландском укрепленном секторе береговая артиллерия пополнилась четырьмя батареями (15 орудий калибром 76-130 мм). Одна 76-мм и одна 130-мм батареи были установлены на острове Большой Тютерс и две 130-мм батареи — на острове Лавенсари. Оборона острова Бьёрке была усилена двумя 45-мм, а острова Пийсари — одной 45-мм батареями.