Морские форты — искусственные инженерные сооружения, построенные вокруг острова Котлин из насыпного грунта и железобетона, — по своей мощи были неодинаковы: «северные» и «южные» имели на вооружении орудия калибром от 45 до 120 мм, а так называемые литерные — «П», «О» и «Р» — от 45 до 254 мм.
Начальник ПВО КБФ, в сентябре — октябре 1941 г. комендант крепости Кронштадт Г.С. Зашихин.
Особенно мощными были форты Первомайский («П») и Обручев («О»), вошедшие в строй перед началом Первой мировой войны. Вся их боевая техника, боезапас, командные пункты, все складские и жилые помещения находились в железобетонных укрытиях, способных выдержать попадания крупных снарядов и авиабомб.
На южном берегу залива располагались форты Краснофлотский (Красная горка) и Красногвардейский (Серая лошадь), также вступившие в строй накануне Первой мировой. Красная Горка был самым мощным фортом в КУС, имевшем на вооружении 8 305-мм орудий — таких же, как на линкорах.
Средства ПВО базы включали 3 зенитно-артиллерийских полка (1, 2 и 6-й) и 4 отдельных дивизиона (156 76-мм орудий). Батареи 1 — го полка размещались на Котлине и морских фортах, 2-го — в районе фортов Красная горка и Серая лошадь, 6-й — в районе Петергоф — Ораниенбаум.
Береговая оборона островов и побережья Выборгского залива (Выборгский укрепленный сектор) состояла из двух артиллерийских дивизионов — 22-й и 32-й ОАД и 27-го отдельного зенитного дивизиона. Комендант ВУС — полковник В.Т. Румянцев.
На островах в средней части Финского залива было установлено пять батарей береговой обороны и 95-й ОЗАД, объединенных в Гогландский укрепленный сектор, комендант — полковник И.А. Большаков.
Немецко-фашистское командование должным образом оценивало значение Кронштадта и с первых дней войны решило изолировать его от передовых баз флота. В 2.40 22 июня Кронштадтская ВМБ была приведена в готовность № 1 и была готова немедленно отразить нападение противника. В начале четвертого утра 22 июня несколько наблюдателей на фортах и кораблях почти одновременно увидели группу чужих самолетов. 12 «юнкерсов» тремя группами на низкой высоте шли к Котлину со стороны финского берега. На фортах Обручев, Первомайский и линкоре «Марат» ударили зенитки.
Немецкие самолеты поставили на подходах к Кронштадту 16 магнитных мин. На одной из них 22 июня подорвался и затонул в районе Петергофа пароход «Рухно», шедший из Ленинграда. 23 июня в 00.50 16 самолетов произвели налет на Кронштадт и форты, сбросив мины в районе Красногорского рейда, Толбухина маяка, фортов «К» и «Р». 24 июня авиация противника вновь пыталась прорваться к Кронштадту. Зенитная артиллерия 1-го и 2-го полков, Голландского и Выборгского секторов 22,23 и 24 июня сбила 4 самолета. После налета 24 июня противник до 19 сентября налетов на Кронштадт не предпринимал.
Главная база — Таллин и передовые базы — Моонзунд и Ханко могли обеспечить действия боевых кораблей и авиации только при бесперебойном снабжении их топливом, боезапасом и другими видами снабжения. Поэтому по коммуникации Кронштадт — Таллин — Моонзунд — Ханко в 1941 году прошло более 800 транспортных судов, на которых было перевезено 89 тыс. человек и 193 тыс. т грузов.
Но недолго Кронштадт оставался глубоким тылом. Уже 26 июня привели изувеченный взрывом крейсер «Максим Горький», затем эсминцы «Сторожевой» с оторванным носом, «Карл Маркс» с разрушенной кормой. 2 июля в Кронштадт пришли из Таллина линкор «Октябрьская Революция», минный заградитель «Урал», несколько вспомогательных судов. Вскоре Кронштадт, бывший тыловой базой, окажется на переднем крае боевых действий.
В начале июля, неся значительные потери в живой силе и технике, войска группы армий «Север» захватили Литву, Латвию и часть Эстонии и вышли на линию Пярну — Выхма — Тарту — Псков — Опочка. Создалась угроза прорыва гитлеровцев к Ленинграду.
Силы флота включились в оборону Ленинграда с первых же дней войны. Для руководства подготовкой флота к обороне города 5 июля в соответствии с приказом наркома ВМФ на базе Управления военно-морскими учебными заведениями и частей флота, дислоцирующихся в Ленинграде, был сформирован штаб Морской обороны Ленинграда и Озерного района (МОЛ и ОР), который приступил к формированию Онежской, Чудской и Ильменской военных флотилий, бригад морской пехоты, отрядов моряков. Было начато строительство дополнительных береговых батарей. Командующим МОЛ и ОР был назначен контр-адмирал Ф.И. Челпанов.
Штаб МОЛ и ОР принимал энергичные меры к ускоренному вводу в боевой состав флота недостроенных кораблей для использования их в обороне города — крейсера «Петропавловск», эсминцев «Опытный», «Стройный», «Строгий».
Чтобы усилить морские и сухопутные подступы к городу, строились новые береговые батареи. За июль — август предполагалось построить 14 стационарных береговых батарей из 58 орудий и 44 транспортера для железнодорожных батарей. В районе Дудергоф, Пулково были построены две батареи специального назначения: на Вороньей горе — батарея «А» из девяти 130-мм орудий, снятых с крейсера «Аврора», и на Пулковских высотах — батарея «Б» из десяти 130-мм орудий. Был сформирован бронепоезд «Балтиец», на который было установлено орудие с крейсера «Аврора».