Начиная с зимы 1942/43 г. каждый офицер абвера-II (за исключением уже действующих на фронте), обучавшийся еще в мирное время, должен был пройти курс переподготовки в Квенцгуте, чтобы иметь более четкое представление о взаимодействии агентов-диверсантов и доверенных лиц в новых условиях. Но когда, например, индийцы, арабы или украинцы приходили в учебный центр Квенцгут, они обнаруживали там весьма немногочисленный персонал инструкторов. С офицерами абвера-II, присылаемыми сюда на курсы, они не встречались. Полк вел свою жизнь, независимую от руководства абвера-II, и поэтому командир полка неизбежно должен был добиваться того, чтобы освобождать своих офицеров-специалистов от чисто войсковых обязанностей. В конце концов это привело к созданию отдела агентурной разведки (VMA), который лишь значился в составе полка, а в оперативном плане подчинялся руководству абвера-II. Из этого «Фау-эм-а» в середине 1943 г. возник 1000 й полк особого назначения. В отличие от «Бранденбурга» он состоял практически только из агентов разведки в военной форме. Это облегчало референтурам абвера (во всех трех отделах) выбирать нужных людей для планируемых ими операций и, наоборот, давать своим агентам возможность отбывать службу в данной части, не боясь, что их могут передать в другие части.
С укрупнением полка «Бранденбург» и превращением его в дивизию в конце октября 1942 г. произошла и перегруппировка этого соединения на основе накопленного опыта и в силу серьезно увеличившейся численности. Было создано очень большое количество мелких и в основном легковооруженных боевых групп. Командиром дивизии был назначен полковник Хелинг фон Ланценауэр. Дивизия подчинялась напрямую управлению «Абвер/Аусланд». Во время действий на фронте части и подразделения дивизии подчинялись тем армиям и группам армий, в чьих полосах они действовали. После переформирования в дивизию теперь входили четыре полка, предназначенных для ведения спецопераций на фронте (это были 1 й, 2 й, 3 й и 4 й полки). Что касается 5 го полка, то он вскоре был назван «Курфюрст». Его задача состояла только в том, чтобы готовить и поставлять специалистов — офицеров и солдат — для планируемых абвером-II операций.
Недостатка в таких операциях не было даже в периоды тяжелых оперативных кризисов 1942 — начала 1943 г. Так, 5 декабря 1942 г. две полуроты 1 го батальона 4 го полка дивизии «Бранденбург» во главе с капитаном Кёненом направились в Тунис, а 26 декабря Кёнен с 30 солдатами вылетели на трех тяжелых планерах с аэродрома Бизерты. Они имели задачу разрушить железнодорожный мост через вади Эль-Кебир. Операция прошла успешно. В тот же день лейтенант Хагенауэр с 10 «бранденбуржцами» также на планерах совершили налет на мост севернее Кассерина, но операция не удалась: отряд был захвачен в плен французским разведбатальоном. 10 января группа лейтенанта Лухса выехала на грузовой автомашине из Кебили, чтобы взорвать мост через вади Меллег на юге Туниса, через который проходил важный путь снабжения войск западных союзников. Мост был разрушен. Здесь, на североафриканском ТВД (театре военных действий), использовались также немецко-арабские диверсионные группы, в частности — команда «бранденбуржцев» в составе 150 человек. Однако время для их более широкого и успешного применения уже ушло. В 1943 г. борьба в Северной Африке уже близилась к концу.
В начале 1943 г. из частей дивизии «Бранденбург», сильно потрепанных на Кавказе, на Балканах и в Северной Африке, была сформирована, по сути, новая дивизия. В это время умер полковник Ланценауэр, и Канарис искал ему в замену такого офицера, который имел бы богатый фронтовой опыт, был бы хорошим штабным офицером и политически «надежным» в плане оппозиции. По предложению Остера выбор пал на полковника (впоследствии — генерал-лейтенант) фон Пфульштайна, отличившегося в тяжелых боях под Демянском в России. Когда Пфульштайн прибыл в январе 1943 г. в штаб оперативного руководства вермахта (ОКВ) и представился генерал-полковнику Йодлю, тот ему сказал: «У штаба нет для театров ОКВ никаких собственных войск. Каждую дивизию приходится с трудом выпрашивать у возмущающихся штабников ОКХ. Всякая передача какой-либо дивизии из ОКХ в ОКВ — это повод для споров, решать которые приходится лично фюреру. Это недостойное и нетерпимое положение! Поэтому новая дивизия «Бранденбург» станет единственным соединением, подчиненным штабу ОКВ. А боевые задачи ей буду ставить я сам!». И с тех пор абвер и Канарис перестали оказывать какое-либо влияние на использование этой дивизии особого назначения.
В мае 1943 г. новая дивизия была расквартирована совсем по-новому: 1 й полк (командиры — сначала майор Хольманн, затем — майор Вальтер) дислоцировался теперь в районе Салоники — Афины; 2 й полк — на юге Франции; 3 й (командир — майор Якоби) — на востоке в полосе группы армий «Центр». Поскольку весной 1943 г. серьезно активизировалась борьба с партизанами на Балканах, 4 й полк был переведен в Югославию. Впервые этот полк (командир — подполковник Хайнц) был введен в действие против партизан Тито во время серьезного сражения в Национальном парке Сутьеска. Исход сражения долго не был ясен: стороны несли большие потери, и тогда Хайнц, ознакомившись с ситуацией в Сербии, принял самостоятельное решение воспользоваться междоусобицей среди югославских партизан. Он выбрал союз с генералом Дражей Михайловичем, который возглавлял движение четников, придерживавшихся националистическо-монархической ориентации. Полк действовал тогда на юге Сербии в районе Косовска-Митровица. Здесь к «бранденбуржцам» примкнул и будущий албанский министр внутренних дел Джавер Дева, который после войны эмигрировал в Соединенные Штаты. Хайнцу удалось заключить с Михайловичем, враждовавшим с коммунистами, временный договор о взаимодействии. Он доложил об этом по команде в штаб ОКВ. Генерал-полковник Йодль возмутился таким самоуправством Хайнца и перевел его в другую часть. Командующий немецкими войсками на Юго-Востоке генерал-фельдмаршал барон фон унд цу Вейхсан дем Клон издал в связи с этим приказ, запрещающий всякое сотрудничество с Михайловичем.