Много перемен произошло в управлении «Абвер/Аусланд» ОКВ в течение 1943 г. в кадровом и в организационном плане. Уже весной ближайший сотрудник Канариса полковник Пикенброк принял фронтовую разведывательную команду. Несколько месяцев спустя начальник ОКВ провел еще одну «смену постов… якобы для того, чтобы отвлечь внимание Гитлера». Начальник отдела абвер-II полковник Лахузен ушел из военной разведки и принял полк на Восточном фронте. Предстояло заменить и начальника абвера-III полковника Бентивеньи, однако ему пришлось руководить своим отделом до весны 1944 г., т. к. его преемник полковник Хайнрих почти сразу после назначения попал в автомобильную катастрофу и был надолго отправлен в отпуск для поправки здоровья. В кругах разведчиков, конечно, никто тогда не сомневался в том, что во всех этих кадровых перестановках главную роль играли политические причины или же вообще нажим со стороны РСХА.
Канарису было очень неприятно терять своих многолетних сотрудников именно теперь, когда он чувствовал, как все теснее и теснее сжимается созданное вокруг него кольцо вражды и подозрений, и тем не менее ему удалось подобрать взамен уходящих начальников отделов достойных преемников из числа войсковых командиров разведывательных групп. Так, начальником абвера-I стал полковник Георг Хансен, ранее возглавлявший отдел «Иностранные армии — Запад» в генеральном штабе сухопутных войск и имевший почти такие же взгляды, как Канарис. Наряду с большими профессиональными навыками и знаниями разведывательного дела он обладал искусством вводить в заблуждение мнительных противников в РСХА относительно своих истинных взглядов, что позволило ему после падения шефа абвера занять пост начальника отдела МИЛ в РСХА. Новым начальником абвера-II был назначен полковник Фрайтаг-Лорингхофен, балтиец, выросший в Петербурге еще до Первой мировой войны и в 1919 г. воевавший с большевиками. Прослужив недолгое время в латвийской армии, он вступил в 1922 г. в рейхсвер. Канарис хорошо понимал этого очень чуткого человека, который в силу своего горького жизненного опыта тяжело страдал от разлада между совестью и долгом. Они оба — Хансен и Фрайтаг-Лорингхофен пали жертвой мести Гитлера после 20 июля 1944 г.
В течение 1943 г. централизованный комплекс отделов и подразделений абвера, располагавшихся в зданиях ОКВ, разрушился. На Тирпицуфер, 80, и в обоих соседних зданиях уже давно не хватало места для слишком разросшегося аппарата абвера. И часть управления была переведена в резервную «Заградзону Майбах-II» в районе Цоссена, где еще в мирное время были оборудованы бункеры для ОКВ на случай вынужденного перебазирования. Это местечко близ Берлина было известно еще и под наименованием «Цеппелин». Несколько групп абвера-III перебрались на Принц-Генрихштрассе в берлинском районе Тиргартена. После того как старое здание на Тирпицуфер было разбомблено, значительная часть управления вместе с шефом тоже оказалась в Цоссене. Основные подразделения абвера-III, временно дислоцированные в полицейской школе «Айхе» близ Потсдама, и группа абвер-I «Ви» (экономика) переехали на запасные квартиры у Бург-Лауэнштайна в Тюрингии.
Несмотря на тревожные события, связанные с арестом Донаньи и Мюллера и снятием с поста генерала Остера, Канарис продолжал свои поиски мира, какими бы безнадежными они ему ни казались, со свойственной ему последовательностью. И, как оказалось, он не был одинок в этих попытках. Вопреки всей их «верности» своему фюреру Шелленберг и несколько позже сам Кальтенбруннер тоже пошли по этому пути.
Поздней осенью 1943 г. Канарис вместе с германским послом в Анкаре фон Папеном и бароном фон Леснером обратились к военно-морскому атташе США в Стамбуле Джорджу Эрлу. В своих воспоминаниях фон Папен отмечает, что Эрл передал одобренное Канарисом предложение президенту Рузвельту. Согласно этому предложению, оппозиция в случае совершения государственного переворота должна была обратиться к западным союзникам с предложением о капитуляции. Единственным условием оппозиции было недопущение прорыва Советов в Центральную Европу объединенными усилиями немцев, британцев и американцев. Следовало добиться быстрого прекращения кровопролития на Западе и рассчитанным ударом оттеснить коммунизм от Центральной Европы. Ответ Рузвельта пришел после долгого молчания. В нем говорилось: «Все подобные просьбы о мирных переговорах следует направлять союзному главнокомандующему генералу Эйзенхауэру».
Джордж Эрл уже после войны в одном интервью откровенно заявил, что, если бы предложение фон Папена было принято, война, по-видимому, закончилась бы уже в 1943 г. «По всей вероятности, это спасло бы бесчисленное количество жизней и, что важнее всего, одна опасная идеология не была бы заменена такой же другой. Советские орды были бы остановлены у польской границы. И вся карта Европы выглядела бы не так, если бы территориальная целостность основных стран была бы сохранена на базе нормальных (западных) экономических, как и традиционных исторических условий».
Хотя персона Канариса не была упомянута в этой интимной беседе, однако будущий историк, а тогда начальник ВО абвера в Стамбуле полковник Леверкюн, которого фон Папен тоже пригласил на беседу, вызвал подозрения у гестапо. Да и в целом в РСХА усиливалось недоверие к абверу тем более, что некоторые события и признаки свидетельствовали о том, что, несмотря на уход Остера в отставку, в Абвере все еще велась скрытая борьба против СД и гестапо. В январе 1944 г. был арестован по доносу бывший генеральный консул в Нью-Йорке Отто-Карл Кип из круга людей, группировавшихся вокруг вдовы бывшего германского посла в США Зольфа. Одновременно гестапо получило сигнал, что члены «кружка» фрау Зольф были проинформированы о прослушивании их телефонных разговоров. Этими информаторами, как стало известно, были государственный военный советник граф Гельмут фон Мольтке, сотрудник управления «Абвер/Аусланд», и капитан Гере из отдела абвер-II. Но и тут ответственные лица в РСХА не начали фронтальную атаку на Канариса и абвер. Лишь несколько недель спустя, в феврале 1944 г., произошел некий вовсе не примечательный случай, но именно он и дал повод к решительной атаке.