Обогнув мыс Горн, эскадра графа фон Шпее встретилась у Фолклендских островов с превосходящими силами противника. Разыгралось сражение, в котором все германские корабли были потоплены. Только «Дрездену» удалось благодаря большой скорости хода укрыться в безлюдном архипелаге Огненной Земли. Там корабль, предоставленный самому себе, продержался, несмотря на большие трудности с провиантом и топливом, в течение нескольких месяцев во многом благодаря большой изобретательности Канариса. Лишь 9 марта 1915 г. «Дрезден» был обнаружен английским крейсером «Глазго» у Мас-а-Терра, где тот стоял из-за отсутствия угля, и взят под сильный обстрел. После короткого, но неудачного для «Дрездена» боя Канарис был отправлен парламентером на «Глазго» с поручением опротестовать обстрел чилийских территориальных вод. Ответ командира английского корабля был краток и ясен: «У меня приказ уничтожить «Дрезден», где бы я его ни встретил. А все остальное уладят дипломаты». Когда Канарис вернулся ни с чем на свой корабль, неравный бой возобновился. В конечном счете команда «Дрездена» открыла кингстоны под огнем с «Глазго». Раненые были переправлены в Вальпараисо, а остальной экипаж интернирован чилийскими властями на острове Кирикина в архипелаге Хуан-Фернандес.
Шли недели и месяцы, Канарис страдал от вынужденного безделья. Однажды ночью он с разрешения командира уплыл на гребной лодке к материку. В последующие недели августа 1915 г. он частично пешком, частично верхом пересек в одежде крестьянина Кордильеры. Рождество он встретил уже в Аргентине в доме немецких колонистов. Теперь оставалось только найти подходящий корабль, который шел бы в Европу. С чилийским паспортом на имя Риеда Розаса, под видом молодого вдовца, едущего в Голландию по делам наследства, Канарис взял билет на голландский пароход «Фризия» до Роттердама. По пути он завязал знакомство с несколькими английскими пассажирами. В Плимуте он без осложнений прошел проверку британской контрольной службы. И даже один чиновник придирчиво проверил, действительно ли молодой чилиец говорит на диалекте Вальпараисо. Приехав в Берлин через Роттердам, Канарис доложил командованию ВМФ о судьбе «Дрездена».
После короткого отпуска он в конце ноября 1915 г. был направлен в Мадрид помощником военно-морского атташе капитана II ранга Крона. Его задача состояла в том, чтобы разыскивать в испанских портах людей, согласных в интересах немцев наблюдать за судоходством союзных держав и нейтралов, а также выспрашивать разные сведения у моряков с иностранных судов. Кроме того, он должен был договариваться с испанскими фирмами о поставках угля, мазута и продовольствия немецким судам и подводным лодкам, заходившим ненадолго в испанские порты. Германский военно-морской атташе и его офицеры не могли лично выполнить такую задачу, тогда как «англо-чилиец» Риед Розас для этого вполне подходил. Благодаря умелому подходу к людям и превосходному знанию языка он сумел за год создать хорошо функционирующую организацию. Он проникся глубокой симпатией к испанскому народу, а пребывание в доме атташе позволило ему познакомиться с людьми — испанцами и немцами, которые очень пригодились ему через 20 лет.
Приступы малярии и большая усталость заставили Канариса просить о замене, на что Берлин дал согласие. И вот, в сопровождении испанского священника, выдавая себя за больного чахоткой, он беспрепятственно проник через южную Францию и север Италии в Швейцарию, где его арестовали на самой границе по подозрению, что он является германским шпионом. Все попытки бежать оказались тщетными, и петля была неизбежна. Тут подключился Мадрид и убедил итальянцев, что арестованный действительно чилиец. Канариса освободили, но с требованием вернуться в Испанию через Марсель на испанском пароходе. Убежденный, что в Марселе его схватит французская тайная полиция, Канарис открылся капитану корабля, что он немец. Испанец проявил себя как истый «кабальеро» и изменил маршрут, взяв курс на Картахену. В Испании он сумел отделаться от слежки, выйти на рыбачьей лодке к условленному через военную миссию в Мадриде месту встречи с немецкой подводной лодкой. Пройдя через все Средиземное море, эта лодка добралась до австрийского военного порта Пулы, и через несколько дней Канарис был в Берлине.
В сентябре 1917 г. Канарис, теперь уже капитан-лейтенант, после недолгой переподготовки на курсах подводников стал заместителем командира подводной лодки, на которой совершил дальний боевой поход. Затем он прибыл в Киль, где летом 1918 г. получил под командование новую подводную лодку «УВ-128». Выпущенная в свободное плавание, эта лодка пришла поздней осенью в Средиземное море. Но в начале октября окончательно рухнул австро-венгерский фронт, и немецкие подводные лодки, базировавшиеся на Каттаро, оказались без горючего и боеприпасов. Те, кто еще имел запас хода, прорвались через Гибралтар и Ла-Манш в родные порты. 8 ноября 1918 г. 11 таких лодок и «УВ-128» в их числе строем кильватера вошли в гавань Киля под старыми кайзеровскими флагами, а на стоявших там кораблях уже реяли красные флаги революции.