Концентрационный лагерь Флоссенбург располагался в мрачной, покрытой густыми лесами гористой местности неподалеку от Вайдена в Верхнепфальцском лесу. Почти весь год напролет здесь дуют резкие холодные ветры, бушуют бури. Это место и сегодня вызывает неприятную дрожь при воспоминании о тех актах тирании, что были совершены здесь. Когда Канариса привезли сюда и поместили в камеру № 22 в этом «бункере», кирпичном одноэтажном строении, надзиратель сообщил арестованному, сидевшему в камере № 21, что привезли «какую-то высокую птицу», причем сказал он это с презрением. А в этой камере сидел бывший шеф датской разведки полковник Ханс Матисен Лундинг. Он, конечно, хорошо знал, кто такой Канарис, хотя никогда с ним не встречался. Но когда он еще был на свободе, то из надежных источников узнал, что Канарис старался обеспечить защиту датскому генеральному штабу от происков гестапо. Лундинг все же видел Канариса однажды в фойе отеля «Англетер» в Копенгагене и узнал его по белым волосам и большим голубым глазам, когда в один из следующих дней увидел его в коридоре бункера. Дверь камеры № 21 перекосилась от времени, отчего образовалась узкая щель, позволявшая заглядывать в коридор, прижимаясь к ней вплотную. Лундинг смог убедиться, что Канарис был не в арестантской одежде, а в сером гражданском костюме, в котором и оставался до последнего допроса. Но он был постоянно в наручниках и с кандалами на ногах днем и ночью даже в своей камере. Полковнику было хорошо слышно, как побрякивают, волочась за ним, его цепи, когда сосед начинал ходить по камере взад и вперед. Оковы с него снимали только, когда вели на допрос или на время непродолжительных прогулок во дворе. К сожалению, соседи смогли только один раз поговорить с глазу на глаз в течение двух минут в подъезде бункера, когда Лундинг возвращался с прогулки во дворе, а Канарис ждал допроса в коридоре. Надзирателя в этот момент куда-то отозвали, и узники смогли переброситься парой слов. Зато в своих камерах они пользовались для общения обычным тюремным перестуком.
Примерно 7 или 8 апреля в лагерь Флоссенбург в сопровождении своих подручных прибыл Хуппенкотен, чтобы выполнить личное поручение Кальтенбруннера. В это время Германия уже почти вся стала фронтовым районом. Красная Армия стояла на Одере, западные союзники глубоко вклинились на западе и уже продвигались по территории Германии. Подготовка обвинения и слушание дел узников Флоссенбурга (сюда незадолго до этого привезли также Йозефа Мюллера и Зака), проводившиеся высшим имперским военным судом, оказались более невозможными: находившийся в начале 1945 г. в Торгау имперский суд вынужден был эвакуироваться из-за наступления русских. Поэтому был создан наспех полевой суд СС, хотя обвиняемые не были официально исключены или уволены из вооруженных сил (вермахта) и, следовательно, не были подсудны судебным инстанциям СС. Также и содержание в концентрационном лагере не могло быть оправдано юрисдикцией органов СС и полиции, так как она распространялась только на сотрудников СС и полиции. Состав полевого суда СС в Флоссенбурге был набран из сотрудников главного суда СС в Прине близ Мюнхена. Председательствовал на этом суде доктор Отто Торбек, в качестве обвинителя выступил сам Хуппенкотен. Заседателем взяли коменданта лагеря Кёгля. Имя второго заседателя осталось неизвестным: Хуппенкотен отказался назвать его даже на судебном процессе, состоявшемся над ним после войны (1956) по обвинению в незаконном убийстве Канариса и др. Скорее всего этим вторым заседателем был комиссар полиции Ставицки. Секретаря не было вообще, как и защитников. Все свелось к обязательному правовому предписанию.
Многочасовые заседания начались 8 апреля около 16.00, в Белое Воскресенье, через неделю после Пасхи. Сначала было заслушано дело Остера, а вслед за ним — Канариса. Разбирательство по делу Канариса приняло очень бурный характер после выступления Хуппенкотена, который заявил, что Канарис и Остер сами обвиняли друг друга в измене и что бывший шеф абвера якобы доказывал, будто он только для виду участвовал в подготовке к государственному перевороту. Разумеется, бывший шеф абвера уже в силу своей натуры не мог признать себя виновным. Но очень может быть, что он действительно пытался до конца изображать свое «участие» в заговоре как «игру разведки», но делал это отнюдь не потому, что всерьез верил, будто ему удастся запутать суд, а всего лишь из-за того, что хотел и надеялся выиграть время, пока войска западных союзников не подойдут к концентрационному лагерю Флоссенбург.
Приговор, вынесенный в ночь на 9 апреля всем обвиняемым, гласил — смертная казнь через повешение. Приговор опирался на обвинительное заключение, содержавшее 160 страниц (по сути, это было «представление фюрера», которое обычно писалось на так называемой «машинке фюрера» с чрезмерно крупными буквами). Доказательный материал был взят из того, что было найдено в Цоссене. До сих пор не установлено, спрятал ли подполковник Шрадер в сейфе государственного банка Пруссии вместе с материалами Остера также и первые пять папок дневников Канариса, а затем оттуда перевез их в запасной лагерь у Цоссена, и каким образом они попали туда. Но, как мы говорили, среди найденных в Цоссене 22 сентября 1944 г. материалов этих дневников не было. Тем не менее в начале апреля квартировавший в Цоссене генерал Буле обнаружил в одном из сейфов эти пять папок и еще шесть тетрадей с «имперскими докладами» и передал их командиру охранного полка фюрера штандартенфюреру СС Раттенхуберу. После возвращения Раттенхубера из русского плена в Мюнхен он отыскал доктора Йозефа Мюллера, которого знал раньше, и сообщил ему, что Кальтенбруннер тогда по приказу Гитлера организовал немедленное уничтожение заговорщиков».