Канарис в принципе не был хорошим организатором. Ему при всей его аккуратности и четкости претили проблемы расчетливой рациональной расстановки кадров и профессионального их тестирования, систематизации успехов и неудач, как и генштабистская пунктуальность. Он всецело передоверял организационно-штабную работу своим, к счастью, очень способным начальникам отделов, а сам отдавался задумыванию широких и сложных импровизаций, которые ввиду лихорадочно осуществляемой программы перевооружения часто оказывались бьющими мимо цели.
Берлинский центр абвера в ходе войны серьезно разросся, следствием чего неизбежно стало ухудшение качества личного состава. Сильное раздувание штатов наблюдалось также и во внешних отделениях абвера на местах. Многие неудачи, а зачастую и просто непредсказуемые последствия многочисленных интриг вокруг военной разведки и ее сотрудников становятся понятными только в свете чересчур поспешного строительства абвера, выросшего из небольшой профессиональной ячейки. Это касается прежде всего таких сфер деятельности, как, например, основательное и как можно более точное выявление военного и военно-промышленного потенциала противника, что могло бы позже стать серьезным предупредительным аргументом против порожденных манией величия амбиций Гитлера. Перманентный внутригерманский конфликт между вермахтом и нацистской партией вел к тому, что как раз указанные задачи и не могли выполняться в полном объеме. Решавшие их и отвечавшие за это офицеры абвера были изнурены этой борьбой или вовсе вытеснены со своих мест. Несмотря на это, организация тайной германской разведывательной и контрразведывательной службы была в своей основе достаточно жизнеспособной, в силу чего ей удалось добиться успехов, которые могут быть увековечены историей.
Своим превращением в современную тайную службу германская военная разведка обязана Канарису. Он вел ее дела твердой рукой. При этом основные его интересы были связаны с военной разведкой и контрразведкой, тогда как задачи внешней разведки, решаемые отделением «Аусланд», его беспокоили в меньшей степени. Несмотря на огромный объем работы, он с удовольствием координировал деятельность трех отделений абвера — абвер-I, абвер-II и абвер-III, — а также их внешних опорных пунктов (станций) в стране и за рубежом. К сожалению, при этом у него не хватало умения делегировать им ответственность. Нередко он оставлял за собой задачу принятия малозначащих решений, что, конечно, несло с собой дополнительную нагрузку и неизбежно усиливало беспокойство. Во время многочисленных поездок Канарис руководил делами с помощью постоянной телефонной и радиосвязи. В его отсутствие непосредственное руководство управлением в центре осуществлял обычно старший по званию начальник одного из отделов. Как правило, это был начальник отделения (отдела) «Аусланд» («Заграница»). В вопросах компетенции того или иного отдела абвера его замещал соответствующий начальник отдела. Этот метод позволял адмиралу иметь общий обзор деятельности управления. В то же время из-за такой чрезмерной загруженности начальника в работе нередко возникали неполадки. В противовес этому морально-этическое состояние личного состава абвера всегда было на большой высоте. Руководство следило за этим неукоснительно, что и определяло в значительной мере общий стиль борьбы на тайном фронте. Растрата казенных денег, воровство — даже в тех случаях, когда это маскировалось в оккупированных областях как конфискация, — а также вымогательство и преступления против нравственности незамедлительно карались по приговору военно-полевого суда. При совершении сотрудниками уголовных преступлений, в особенности с применением насилия, шеф абвера был беспощаден вплоть до крайних мер. Однако, в отличие от тайных служб других государств, сотрудники германского абвера, плохо или вовсе не присылавшие донесений, никогда не подвергались нажиму или угрозам с целью заставить их информировать руководство о своей деятельности. На то была серьезная причина: ведь если разведчик испытывает такое принуждение, он может передать в центр все, что угодно, выдать что-то, ему известное, противнику или вовсе перейти к нему на службу. Практика принуждения агентов, конечно, повредила бы абверу, так как он потерял бы свою репутацию службы, всегда и везде защищающей своих людей.
В целом поведение и моральный уровень сотрудников германского абвера были неизменно выше средних норм, фиксируемых международным правом. Это было признано и Нюрнбергским международным военным трибуналом. Великодушие Канариса и его заступничество в отношении своих подчиненных, как явствует из рассказов многих бывших вражеских агентов, далеко превосходили все то, что было свойственно тайным службам противостоящих стран. Однако при достаточно высокой морали и нравственности кадров абвера методика и интенсивность подготовки агентов и планирования тайных операций в абвере оставляли желать лучшего в сравнении с разведками англичан и русских. Но это сказано отнюдь не в упрек Канарису: это следствие бессмысленной политики Гитлера в строительстве вермахта, полностью противоречившей предупреждениям немецкого генералитета.