При таких обстоятельствах англичане теперь могли свободно оказывать помощь грекам, что они и сделали, оккупировав Крит. Война расширялась, и было ясно, что скоро все Балканы будут вовлечены в конфликт. Не изменило положения и присоединение Югославии к Тройственному пакту под нажимом Берлина в большой спешке в марте 1941 г. Это привело к свержению правительства принца-регента Югославии Павла. Реакция Гитлера на это была быстрой, но непродуманной: Германия начала вторжение в эту страну. Известно, что Гитлер при этом воспользовался не данными абвера, а сведениями, собранными СД Гейдриха и оказавшимися неверными.
Продолжавшееся к этому времени уже около трех месяцев развертывание германских армий против России фактически даже облегчило Гитлеру к тому же быстро осуществить заранее не планировавшуюся кампанию на Балканах против Югославии и Греции. Надо признаться, что абвер при этом не оказал никакого влияния на ход и исход этих операций. Собственно, это не была его вина: ему просто было запрещено на том основании, что он вообще не должен был вмешиваться в политические вопросы в самом широком смысле, в том числе и в выяснение настроений народа в чужих странах. Этим ведала СД. Тем не менее шеф абвера все же попытался в эти критические недели вмешаться в политику. Дело в том, что премьер-министр Греции генерал Метаксас предпринял весной 1941 г. последнюю попытку избежать конфликта с рейхом, для чего он через своего посла в Берлине передал Риббентропу меморандум. Однако тот даже отказался его принять. Тогда греческий посол обратился к адмиралу Канарису, и тот сумел донести через шефа ОКВ Кейтеля этот злополучный документ до Гитлера. Вскоре Риббентроп возвратил его Канарису с такой припиской: «Г-н адмирал, впредь советую Вам держать руки подальше от дел, которые Вас не касаются».
Уже в феврале 1941 г. отделение абвера в Вене получило от отдела абвер-III приказ сформировать команду с целью поддержки действий референтуры абвер-III F. Эта собранная в большой спешке команда включала оперативный штаб во главе с заместителем командира команды, у которого были два переводчика и 15 штабных сотрудников; пункт сбора и анализа материалов с четырьмя переводчиками и пятью сотрудниками; группу исполнения в составе четырех сотрудников тайной полевой полиции; группу радистов из пяти человек. Начальнику этой команды были приданы из состава управления «Абвер/Аусланд» эксперт-переводчик и сотрудник для особых задач. Команда подчинялась непосредственно начальнику абвера-III, а в общевойсковом плане — начальнику разведотдела армии. Когда армия генерал-фельдмаршала Листа вошла в Болгарию, команда абвера вначале располагалась в Софии рядом со штаб-квартирой армии, но потом ее отделения были разосланы в корпуса, где, в свою очередь, были развернуты корпусные головные посты сбора донесений, и они располагались уже на болгарско-греческой границе. Несколько таких же подразделений абвера были переброшены также и на болгарско-югославскую границу. Эта команда абвера, позже названная «фронтовой разведкомандой», продвигалась вместе с войсками до окончательной оккупации Греции и Югославии.
После того как передовые части вермахта начали на рассвете 10 мая 1941 г. штурм оборонительной «линии Метаксаса» у северной границы Греции, подразделения абвера смогли уже через несколько часов доставить командованию первые донесения с описанием укреплений, сведения о прочности бункеров и численности их гарнизонов. Среди захваченных ими материалов было очень много дорожных карт обеих стран с указанием состояния дорог, грузоподъемности мостов, противотанковых заграждений, минных полей и т. п. Абверовским водолазам удалось даже обследовать подтопленные немецкой авиацией в гаванях военные корабли противника и извлечь из них важные документы — например планы всех минных полей в Эгейском море. В захвате Крита с воздуха абвер также принял активное участие, направив в ударную группировку своих лучших радистов, сумевших вовремя оповестить наши войска о подходе британских крейсеров. В результате немецкая авиация предприняла необходимые оборонительные меры.
Что касается разведывательных служб в Балканских странах, то абвер не стал заниматься их выявлением и уничтожением. Уже первые захваченные материалы в обеих странах показали, что их службы были ориентированы только на ближние, соседние страны. В ходе оценки этих материалов, однако, удалось установить те агентурные линии, с помощью которых внешняя разведка Греции и Югославии проникала в другие страны. Балканская кампания позволила приобрести практический опыт в разработке системы оценки данных, которая в основных моментах оказалась верной и в последующем. Обнаруженные каким-либо пунктом сбора по заблаговременным наводкам документы, которые могли оказаться важными для сражающихся войск, немедленно передавались наверх. Остальные нужные материалы быстро оценивались, тогда как все остальное направлялось в Берлин в центральное бюро оценки. В целом попытка решать разведывательные задачи в полном объеме непосредственно на фронте силами специализированных разведподразделений удалась как нельзя лучше.