Упомянутый выше Леверкюн добился, чтобы к его ВО в Стамбуле прикомандировали сына его друга и коллеги Вермерена, который тогда был солдатом. Через некоторое время выяснилось, что молодой Вермерен вращается в обществе англичан. Но прежде чем Леверкюн попытался отправить его в Германию, Вермерен исчез вместе со своей гостившей в Стамбуле женой, родственницей фон Папена графиней фон Плеттенберг. Они улетели на английском самолете в Каир. Там эта пара объявила, что по соображениям религиозного характера она отказывается от службы гитлеровскому режиму. Примерно в то же время секретарша уполномоченного СД в Анкаре Мойзиша некая Ниле Капп перебежала к американцам.
Разумеется, это был тот самый случай, который доставил РСХА наибольшие неприятности, поскольку речь шла о сотруднице СД. Гиммлер нарочно раздул дело Вермерена и использовал его для расправы с начальником ненавистного ему абвера. При этом следует заметить, что подобные происшествия, свойственные любой войне, а тем более носящей откровенно идеологический характер, просто неизбежны. Не было никакой причины поднимать большой шум. Но Гитлер в припадке необычного бешенства набросился вначале на Леверкюна как начальника сбежавшего солдата, а затем и на адмирала Канариса. Доктор Геббельс придал этому случаю значение, «решающее исход войны», а Шелленберг, чуя поживу, назвал Вермерена «важным сотрудником германской тайной военной службы». Короче говоря, РСХА получило возможность добиться реализации своего давнего плана — разгрома абвера. Гиммлер направился к Гитлеру и поведал ему, что «профессиональные и кадровые просчеты в управлении «Абвер/Аусланд» стали при Канарисе совершенно нетерпимыми». Вслед за этим фельдмаршал Кейтель издал от имени фюрера приказ, по которому адмирал Канарис немедленно освобождался от своей должности, а его преемником назначался полковник Хансен. По указанию Гитлера адмирал был подвергнут домашнему аресту в крепости Лауэнштайн. Так была сломлена последняя преграда на пути к полному уничтожению абвера. Теперь РСХА могло свободно взять на себя выполнение его задач.
Еще весной 1944 г. Гитлер поручил начальнику ОКВ и рейхсфюреру СС принять меры для перевода абвера в тайную службу РСХА, чтобы создать наконец единую разведывательную систему. Приказ был оформлен официально несколько позже специальным указом. Его подготовил Кальтенбруннер, а визировали Кейтель и Йодль. Если верить материалам СД, он звучал примерно так: «1. Приказываю создать единую германскую разведывательную службу. 2. Руководство тайной службой поручаю рейхсфюреру СС. Он вместе с начальником ОКБ должен договориться о том, на каких условиях военная разведка передается в тайную разведывательную службу». Председателем на переговорах ОКВ и РСХА Кейтель назначил начальника центрального управления вермахта генерал-лейтенанта Винтера.
Абвер-I и абвер-II были сведены вместе в отдел МИЛ и включены в состав VI управления РСХА. Этот отдел МИЛ со всеми его группами и референтурами не зависел от соответствующей политической структуры VI управления. Лишь при самом Шелленберге существовала координирующая группа. Начальником МИЛ стал полковник Хансен. Разведцентры абвера внутри страны были реорганизованы и сведены в группы I и II, но сохранили прежние районы и сферы деятельности. Они стали называться «командными районами сбора донесений». Разведцентры в оккупированных областях свертывались ввиду предстоящей эвакуации. Их районами теперь оказывались фронтовые районы. Но фронтовым разведкомандам удалось сохранить за собой решение задач войсковой контрразведки (бывшая функция абвера-III) лишь после долгих и трудных переговоров с вермахтом. В конечном счете ФРК были выведены из подчинения РСХА и переданы группам армий. Начальником отдела фронтовой разведки и войсковой контрразведки в ОКХ стал полковник Бунтрок, а в ОКВ — полковник Зюскинд.
За остатки органов абвера-III и особенно абвера-III F (контршпионаж) спорили два соперника в РСХА — начальники IV и VI управлений, т. е. Мюллер и Шелленберг. Последний обосновывал свои претензии тем, что абвер-III F занимается внешней контрразведкой. Мюллер же ссылался на то, что у него уже есть свой аналог — группа IV-E (контршпионаж и исполнение приговора), но рассчитывал главным образом на передачу ему внешних опорных пунктов абвера-III F и его значительных валютных средств. В итоге Мюллер получил все группы абвера-III F, но от III F ему достались только тыловые органы внутренней слежки и ближней тайной связи. Шелленберг же забрал себе всю дальнюю связь (кроме фронтовых районов).
Жестокая борьба разгорелась и за бывшую группу «Аусланд» («Заграница») в ОКВ. В результате искусных переговоров ее шефа вице-адмирала Бюркнера ее удалось отстоять и передать штабу оперативного руководства войной. Та же судьба постигла и дивизию особого назначения «Бранденбург», которую с весны 1943 г. стали использовать на фронте как рядовое соединение.
Официальная передача абвера в РСХА состоялась в начале мая 1944 г. на специальном заседании военной верхушки в одном дворце близ Зальцбурга. Заседанием руководил лично Гиммлер. Наряду с фельдмаршалом Кейтелем присутствовали почти все высшие офицеры СС. Гиммлер выступил с речью, в которой подчеркнул «выдающиеся заслуги военной разведки».