За два дня до вступления немецких войск в Австрию, 11 марта 1938 г., адмирал Канарис собрал у себя в кабинете всех руководителей отделов и внешних отделений и известил их о том, что фюрер «решил покончить с австрийским вопросом» при необходимости даже силой. Всем присутствовавшим была очевидна серьезность обстановки, тем более что они видели, как серьезно был озабочен адмирал. Все оставшиеся дни и ночи в подразделениях и службах абвера ждали сообщений. И они приходили во множестве и полностью подтверждали, что ни в Австрии, ни в соседних странах не предпринимают никаких существенных военных мер. В ходе оккупации Австрии отдел контрразведки абвера приобрел известный опыт, из которого были сделаны ценные организационные и практические выводы. Впрочем, Вена, считающаяся воротами на Балканы, уже давно была разведана абвером и выявлена как едва ли не главный опорный пункт всех европейских разведок. Теперь же стало известно, что здесь функционирует весьма оживленная «биржа разведданных», где наряду с важными и вполне достоверными сведениями ходит и огромное количество бесполезной и ложной информации. Поэтому успехи отдела абвер-III F при оккупации Австрии состояли не столько в добывании секретных материалов, сколько в разгроме агентурных сетей, которыми иностранные тайные службы покрыли из Вены всю Германию.
Сразу после вступления войск в Австрию адмирал Канарис встретился в разведотделе министерства обороны Австрии с подполковником (впоследствии — генерал-майором) Лахузеном, с которым абвер уже давно сотрудничал в вопросах разведки военных объектов в Польше и Чехословакии. Канарис сразу взял к себе в абвер этого хорошо знавшего проблемы Юго-Восточной Европы офицера и симпатичного ему человека, а когда речь зашла о том, кого еще из австрийских офицеров можно использовать в интересах и в кадрах абвера, Канарис в присутствии майора Гроскурта сказал: «Не присылайте мне, особенно в берлинский центр, никаких нацистов. Выбирайте австрийцев, но не подданных Остмарки». Пару недель спустя Лахузен прибыл к начальнику отдела «Зет» полковнику Остеру для представления по службе и был немало удивлен, когда тот, видя человека впервые, без обиняков заявил ему: «Вы должны сразу уяснить себе, что во главе рейха стоит преступник».
Приобретенный при аншлюсе Австрии опыт позволил абверу еще больше усовершенствовать немецкую агентурную сеть. Это оправдало себя уже в ходе судетского кризиса. На каждом этапе этого опасного политического инцидента абвер был полностью информирован о предпринимавшихся чехословацким правительством военных приготовлениях. Германской и мировой общественности этот кризис был представлен как якобы забота о трех миллионах судетских немцев. На самом же деле Гитлера интересовала в этом отнюдь не национальная сторона дела. Это был сугубо второстепенный вопрос. А интересовали и восхищали его в первую очередь экономический потенциал Богемии и Моравии, а также стратегическое положение этого региона, в котором он видел «угрожающий авианосец» Антанты. Диктатор полагал, что ему необходимо и то и другое. Правительствам в Лондоне и Париже уже в 1936–1937 гг. стало ясно, что в процессе ожидаемой ревизии территориальных и политических условий в Центральной Европе и Австрия и Чехословакия будут в какой-то форме включены в сферу власти Германии. Решающим вопросом этой политики «умиротворения», проводившейся с мая 1937 г. кабинетом Чемберлена, было лишь то, каким образом это будет сделано. В беседе Гитлера с лордом Галифаксом 19 ноября 1937 г. последний дал понять, что Великобритания согласится с «эволюционным решением» вопроса об Австрии и Чехословакии, но будет возражать «исключительно против насильственного решения». Это объясняет и отношение Англии к «вхождению» Австрии в рейх. Хотя Гитлер, поддерживаемый Риббентропом, и не осознал сущности британской политики, он поначалу хотел отказаться от своих планов в отношении Чехословакии. И только 28 мая 1938 г. он склонился к силовому решению проблемы Чехословакии, не позднее осени того же года.
Именно в дни судетского кризиса Канарис окончательно понял, что уже нет никаких легальных способов отвратить Гитлера от его захватнических устремлений и применения силы. К тому же он весьма скептически оценивал шансы на успешный государственный переворот, который втайне готовил сменивший фон Бека начальник генштаба сухопутных войск генерал Гальдер на тот случай, если Гитлер развяжет мировую войну. В то же время вряд ли он не понимал, что никакого иного способа устранить Гитлера нет.
Канарис предпринял несколько попыток вызвать отрицательную реакцию на планы Гитлера в отношении Чехословакии у венгров и итальянцев, а также у статс-секретаря МИДа фон Вайцзеккера, настаивая на мирном решении кризиса. Все это он делал на свой страх и риск, поскольку как начальник абвера он не имел на это ни внутриполитических, ни внешнеполитических официальных полномочий.
Между тем подготовка к государственному перевороту продолжалась. Подробности планируемой акции были в свое время хорошо освещены в протоколах Международного военного трибунала и многочисленных публикациях об этих процессах. При участии полковника Остера и командующего III армейским корпусом в Берлине генерала фон Вицлебена был разработан подробный план переворота, главной целью которого было любым способом не допустить новой мировой войны. Гитлера же предполагалось не убивать, а только арестовать и предать германскому суду, который должен был осудить его за совершенные преступления. Следовало разоблачить его как настоящего поджигателя войны и представить в глазах людей переворот как единственную возможность избежать фатальной угрозы, ибо только тогда можно было рассчитывать на то, что к ослепленному немецкому народу вернется зрение.