29 мая Корсак получил просьбу командира 106-го полка о содействии левому флангу по занятию им хутора Демидове и очистки от мятежников Ореховой Балки, а также указание уничтожить пулеметы, выставленные восставшими на правом берегу и обстреливающие красные части с фланга.
По приказу комфлота «флотилия пошла вниз и открыла огонь по засевшим в ущельях правого берега казакам и по левому берегу для очистки его от пулеметов. Заставив, после первых выстрелов, неприятеля убрать пулеметы с левого берега, флотилия перенесла огонь по наступающим на хутор Демидове казакам. Не видя последних, приходилось все время держать связь с высланными красноармейцами, которые указывали места скопления наступающих казаков. Оказав просимое содействие левому флангу, который занял хутор Демидове, флотилия открыла огонь химическими снарядами по хуторам Матюшинскому и Рубежному, с целью нащупать неприятельскую батарею, о которой имелись сведения еще накануне.
Дойдя до Демидова, ввиду наступления темноты, флотилия ошвартовалась к берегу, где предполагалось остаться на ночь. Через некоторое время неприятельская батарея открыла по флотилии огонь шрапнелью. Узкость реки в этом районе не позволяла маневрировать на месте, пришлось отступить вверх по течению, ввиду того, что флотилия оказалась в районе падения неприятельских снарядов. Все время идя вверх, флотилия продолжала вести огонь. Ночью флотилия пришла в Белую Горку, где стала на якорь. За истекшие сутки было выпущено 118 снарядов. В носовом орудии случилась вторичная поломка подъемной муфты, ввиду чего стрелять из этого орудия было небезопасно».
Не имея никаких сведений о положении на левом берегу, Корсак около 16 часов 30 мая послал паровой катер в Дедово. Вернувшись к вечеру, командир катера доложил, что, по собранным сведениям, как курсанты, так и отряд моряков ушли из Дедова в направлении Березняков. В 19 ч. 31 мин. Корсак получил по телефону просьбу командира 106-го полка очистить хутор Рубежный, где казаки поставили пулеметы и обстреливали оттуда красные части, находящиеся в районе Демидова. Флотилия снялась с якоря, спустилась вниз и обстреляла район хутора Рубежный, выпустив 32 снаряда. Казаки пулеметы убрали, и флотилия ушла обратно.
С рассветом 31 мая Корсак послал паровой катер к месту наводки моста, куда утром прибыл и сам с пароходом и баржой, оказав содействие командиру 106-го полка при выполнении заданной ему операции. Получив вечером распоряжение начальника Экспедиционных войск о передаче сухопутных орудий в 106-й полк, комфлот той же ночью передал их по назначению, а также семь пулеметов, 275 снарядов, 30 тыс. патронов и 68 пулеметных лент. Утром 2 июня, согласно приказанию начальника Экспедиционных войск, флотилия вышла в Богучар, оставив на фронте паровой катер. Описанным эпизодом и закончилась боевая деятельность флотилии.
В связи с наступлением Деникина 29 июня началось расформирование красной Донской флотилии. Канонерки ГВИУ № 3 и № 6 были отправлены по железной дороге в Саратов. 29 июня 1919 г. обе канонерки вновь вошли в состав Волжской флотилии.
К маю 1919 г. белая Донская флотилия («Морские и речные силы Дона») была фактически независимым соединением, но формально входила в состав Черноморского флота. Флотилия состояла из речного отряда и морского отряда. В речной состав сходили 1-й, 2-й и 4-й дивизионы, а в морской — 3-й и 5-й дивизионы.
В 1-й речной дивизион входили суда: № 1 (болиндер, одна 152/ 45-мм пушка Кане), № 2 (речной буксир «Донец», две 76-мм полевые пушки), № 3 (болиндер, одна 152/45-мм пушка Кане), № 4 (речной буксир «Кубанец», не вооружен).
Во 2-й речной дивизион входили суда: № 5 (болиндер, одна 152/45-мм пушка Кане), № 6 (речной буксир «Богатырь», две 76-мм полевые пушки), № 7 (болиндер, одна 152/45-мм пушка Кане), № 8 («Ростов», две 76-мм полевые пушки) и один буксирный пароход.
В 3-й морской дивизион входили суда: № 9 (ледокол «Каледин», одно 75/50-мм орудие), № 10 (морская шхуна «Ваня», одна 152/45-мм пушка Кане), № 11 (предполагалось вооружить шхуну «Гельвеция»), № 12 (морская шхуна «Амалия», одно 120/45-мм орудие).
В 4-й речной дивизион входили суда: № 14(речной буксир «Амур»), № 15 (самоходная баржа «Парамонов», две 152/45-мм пушки Кане), № 16 (болиндер, не вооружен), № 17 (болиндер, одна 152/45-мм пушка Кане) и один буксирный пароход.
В 5-й морской дивизион входили суда: № 18 («Колхида», три 75-мм орудия), № 19 (ледокол «Донские Гирла», одно 102/60-мм и одно 120/45-мм орудие).
Кроме того, для белой Донской флотилии строился речной монитор (по-видимому, его название К-20), проект которого был создан на базе проекта (1916 г.) самоходной плавбатареи Военного ведомства. Монитор должен был быть вооружен двумя 102/60-мм пушками в башнеподобных щитах и тремя пулеметами в башенках. Размеры монитора: длина 28 м; ширина 5,2 м; осадка 0,42 м. Толщина брони 6 мм. Ввести в строй монитор белым так и не удалось. Дальнейшая судьба его неизвестна.
В начале июня 1919 г. речные суда белой Донской флотилии с десантом, посаженным на баржи, совместно с сухопутными частями, действовавшими в этом районе на берегу, очистили занятый Красной Армией левый берег Дона от станицы Каргальской до Нижнее-Чирской. Позже белая флотилия принимала участие в боях у хуторов Скиты и у Демкина, а также у Рычковского железнодорожного моста.