Условия реки вынуждали вести бой с флотилией противника на близких дистанциях. Поэтому корабль должен был иметь преимущество в количестве артиллерии, скорострельности, живучести пушек, позволявшей выпускать большое количество снарядов. Возможность боя одновременно с флотилией и береговыми батареями, а также сравнительная узость реки, не допускавшего другого, кроме кильватерной колонны, строя, требовала вооружения группы судов дальнобойной артиллерией, которая могла бы стрелять сзади через головы передних кораблей.
В 1-й дивизион вошли четыре легкие канонерки (бывшие колесные буксирные пароходы), вооруженные четырьмя 76-мм пушками обр. 1902 г. на тубовых установках: «Малый» (бывший пароход «Триполье»), «Меткий» (бывший пароход «Черкассы»), «Молодецкий» («Любеч») и «Мудрый» («Канев»); а также три тяжелые канонерские лодки, вооруженные двумя 130/55-мм корабельными орудиями каждая: «Молниеносный» (бывший «Зинаида», бывший «III Интернационал»), «Мстительный» (бывший «Августина», бывший «Стенька Разин») и «Мощный» (бывший «Лебедин»).
На судах дивизиона крепления под пушки были сделаны деревянными по двум причинам. Во-первых, из-за отсутствия соответствующей стали и мастерских, способных изготовить стальные крепления, а во-вторых, из-за ветхости корпусов, которые могли не выдержать отдачу пушек в случае жестких металлических креплений.
Кроме того, орудия приходилось ставить как можно выше над палубой, чтобы увеличить горизонт у наводчиков, так как долина Днепра покрыта кустарником, а река, как уже говорилось, извилиста.
Кругом орудия и рубки ставилась броня для укрытия прислуги и лоцманов, а также щиты вокруг пулеметов, стоявших на треножниках с углом возвышения 90°. Из-за отсутствия хорошей стали броню приходилось делать из мягкой 10-мм стали, которая не пробивалась пулей со 100 саженей (213 м) по нормали и в упор при угле падения 15° от нормали. Дополнительно для усиления защиты судна вдоль бортов укладывались штабеля дров. Применять песок для этой цели было нельзя, поскольку от веса осадка увеличилась бы настолько, что в летнее время вообще бы не позволила использовать канонерку.
От установки зенитных пушек пришлось отказаться из-за отсутствия таковых в центре. Это отрицательно сказалось в летних операциях 1920 г. Аэропушки все же были установлены, но с большим опозданием.
2-й дивизион имел литеру «Г» — все его восемь канонерок начинались с этой буквы.
Четыре легкие канонерки этого дивизиона были вооружены двумя 76-мм пушками обр. 1902 г. каждая и четырьмя пулеметами. Канонерки получили названия: «Геройский» (бывший «Аполлон»), «Грозный» (бывший «Арнольд»), «Горячий» (бывший «Трактомиров») и «Громкий» (бывший «Бужин»).
Четыре канонерки 2-го дивизиона были вооружены разнородной артиллерией из-за отсутствия 130/55-мм пушек. Каждая канонерка имела по четыре пулемета. «Грозящий» (бывший «Мандельштам») нес две 107-мм полевые пушки обр. 1910 г. «Гордый» (бывший «Адмирал») и «Громовой» (бывший «Мукомол», бывший «Карл Либкнехт») имели по две 122-мм гаубицы, а «Гневный» (бывший «Верный») был вооружен двумя 120-мм пушками.
Во 2-м дивизионе подкрепления под пушки делались также деревянными. Броня ставилась однотипно с канонерками 1-го дивизиона. Для увеличения угла возвышения у армейских пушек был применен весьма остроумный способ установки банкетов (подставок под орудийные тумбы), заимствованный у деникинской флотилии, на которой пушки крепились за скобы, пропущенные под палубу.
Кроме канонерок было вооружено шесть сторожевых судов: «Коршун», «Кречет», «Ястреб», «Беркут», «Сокол» и «Орел». Их вооружили одной или двумя 47-мм пушками и одним пулеметом каждое. Эти маленькие суда почти без бронирования предназначались как для разведки, так и для охраны тыла и действий на притоках Днепра.
Минный дивизион состоял из базы и четырех тральщиков-заградителей «Патрон», «Мина», «Запал» и «Трал», вооруженных одной 37-мм пушкой и одним пулеметом каждый и принимавших по 15 речных мин типа «Р» — «Рыбка». (На Днепр были присланы мины типа «С», но они оказались непригодными, так как наименьшее углубление, на котором они начинали действовать, составляло 5,5 четверти (около метра), то есть было значительно больше наибольшего углубления судов.)
Осадка судов минного дивизиона (так же как и сторожевых судов) составляла 10 вершков (0,45 м), поэтому тральщики-заградители, когда им не было работы по специальности, часто использовались как сторожевые суда и разведчики. Тралы были самодельные из стального троса на стеклянных шарах, заводить такие тралы часто приходилось со шлюпок или с берега. Предполагалось вооружить две баржи 152-мм пушками (по одной на баржу), но орудия эти отправили на Черное море, и затея эта осталась неосуществленной.
Бронекатера, входившие в состав старой Днепровской флотилии, не могли быть использованы, так как из-за отсутствия запчастей и хорошего топлива их моторы не желали работать.
Единственным успехом красной флотилии в борьбе с деникинцами поздней осенью 1919 г. стал бой у села Печки. Командование Среднеднепровской флотилии 2 октября решило совершить рейд из Киева вверх по Днепру с целью уничтожить флотилию красных и высадить десант у Печек в тыл красной 58-й дивизии.