4 сентября личный состав Славяно-британского авиакорпуса был погружен на пароход, идущий в Англию. Британские летчики там и остались, а большинство русских летчиков отправилось дальше — на Черное море к генералу Деникину.
15 августа из Архангельска отправилась экспедиция под командованием капитана 1-го ранга Б. А. Валькицкого к бухте Находка в Обской губе. Оттуда группа офицеров рассчитывала пробиться к Колчаку.
С отводом вниз британских судов возникли серьезные проблемы в связи с временным обмелением Северной Двины. Так, у деревни Чамово уровень воды на фарватере упал до 2 футов (0,61 м). Чтобы облегчить свои суда, англичане сняли с них все, что могли, включая артиллерию.
С большим трудом британские суда преодолели Чамовский перекат, но два монитора (М-25 и М-27) стащить с мели так и не смогли и 16 сентября (по другим сведениям 17 сентября) взорвали их. Остальные суда английской флотилии встали на якорь у деревни Лявля, в 30 верстах от Архангельска.
Затем все суда благополучно достигли Англии. Мониторы типа «М» в 1920 г. были выведены из боевого состава флота, причем М-26 был обращен в танкер, а М-31 и М-33 стали минными заградителями «Мельпомена» и «Минерва». В качестве блокшива М-33 сохранился до начала XXI века.
На фронте у деревни Троицкой остались три канонерки, переделанные из колесных пароходов, и десять быстроходных моторных катеров, переданных англичанами белым.
4 сентября красные сухопутные части перешли в наступление. Суда Северодвинской флотилии должны были оказывать им огневую поддержку. Однако для этого надо было преодолеть несколько своих и английских минных заграждений на Северной Двине. Первое свое заграждение находилось у деревни Борисовское и Петропавловского переката. Туда отправился почти весь минный отряд Северодвинской флотилии. Всего во флотилии на тот момент числилось свыше десяти тральщиков, а к концу года их стало 17, с учетом колесных буксиров, перегнанных с Верхней Волги.
Траление у деревни Борисовское и Петропавловского переката шло из рук вон плохо. В течение дня 4 сентября удалось вытралить только две мины. Для ускорения тральных работ решили ограничиться протраливанием прохода, не удаляя всего минного заграждения. 6 сентября проход у деревни Борисовское и Петропавловского переката был протрален, и тральщики приступили к удалению минного заграждения, выставленного союзниками у деревни Пучуга. Белые установили батарею в деревне Слудка и обстреливали красные тральщики, препятствуя их работе. Прикрываемые огнем плавбатарей, тральщики все же убрали минное заграждение, и флотилия продвинулась дальше, к деревне Кодиме.
Сухопутные части красных, продолжая наступление, заняли деревню Тулгас. К этому времени суда Северодвинской флотилии уже не поддерживали их своим огнем, так как не могли продвигаться вперед из-за сложностей, возникших при удалении мин. Очистка и проверка фарватера от деревни Кодимы до деревни Нижнее Сельцо заняла более двух недель.
22 сентября Северодвинская флотилия подошла к деревне Сельцо. Красные части к этому времени заняли деревню Берез-ник в 14 верстах ниже устья Ваги. В штабе Северодвинской флотилии имелись сведения о применении союзниками «мин особой системы, взрывавшихся при действии железа на магнитный прибой, имеющийся в мине». Для проверки этих сведений 22 сентября в районе деревни Нижнее Сельцо на место предполагаемого минного заграждения был пущен тральщик «Перебор», имевший железный корпус. Тральщик благополучно прошел по предполагаемым минам у деревни Плес и вернулся обратно. Поэтому командование Северодвинской флотилии решило, что слухи о минах особой системы — просто провокация. К тому же красным было известно, что англичане одновременно с магнитными, минами применяли и шаровые мины обычного морского типа, и такое заграждение было обнаружено у деревни Плес. Это еще больше убедило красное командование в провокационности слухов об особых минах.
Для ускорения тральных работ командование Северодвинской флотилии выделило специальный отряд из 150 человек, который под руководством минеров обследовал фарватер при помощи обыкновенного троса, буксируемого шлюпками или заводимого с берега наподобие рыбачьего невода. Таким способом удалось вытащить на берег до 30 контактных мин.
После проверки района предполагаемого магнитного заграждения красные тральщики приступили к работе. Фарватер был тщательно обследован с помощью катерных тралов, но мины обнаружить не удалось. Тогда командование флотилии приказало канонерским лодкам после очистки фарватера у деревни Троицы двинуться за тральщиками, а окончательную очистку фарватера для судоходства произвести позднее. Такое решение было вызвано необходимостью скорейшего соединения с сухопутными частями, сильно страдавшими от белой флотилии.
23 сентября в районе предполагаемого магнитного заграждения от необычайно сильного взрыва погиб советский тральщик «Белогор», что стало полной неожиданностью для красного командования. Начальство решило, что раз накануне фарватер был тщательно исследован тральщиками, то взрыв произошел от мелко поставленной шаровой мины, и приказало продолжить тральные работы.