На «Самуиле» лопнула рулевая цепь, и он потерял управление. К нему на помощь подошел высланный из Киева пароход «Доротея». Командир «Самуила» Барышников спустился на шлюпку для завода буксирного троса, но течение в этом месте было слишком сильным, шлюпку понесло вниз, и она выбросилась на берег. Погибли все гребцы, в том числе и Барышников, подошедший «Курьер» спас лишь одного человека. «Курьер» взял «Самуила» на буксир, и бронепароходы ушли в Киев.
В этих же числах в районе Чернобыля начала действовать банда Струка. Его отряды располагались в Горностай поле, Ротичах и Чернобыле. 23–25 апреля разведка судами «Осетр» и «Атаман», на котором находился десантный отряд, направляемый в Межигорье, выяснила, что в Сваромье, кроме того, находится банда, называемая «Остерский отряд», и подтвердила сведения о банде Струка, который имел в своем распоряжении два парохода: «Соня» (буксир) и «Ретвизан» (пассажирский).
26 апреля к Глебовке был отправлен десантный отряд пехоты под прикрытием «Курьера», «Самуила» и бронекатера № 5. На следующий день десант был высажен в 3 верстах выше Глебовки. На судах остался лишь Черниговский отряд, который должен был высадиться после прибытия особого отряда с артиллерией. По дополнительным директивам, полученным 28 апреля, весь армейский отряд разбивался на две части — караульный полк и Черниговский отряд. Караульный полк тремя отрядами должен был наступать на Горностайполь с юга, а Черниговский отряд с двумя 76-мм пушками высаживался у Печек и наступал на Горностайполь с востока. Флотилии, произведя высадку, приказывалось поддерживать десант огнем своей артиллерии.
Разведка на пароходе «Осетр» выяснила силы банды Струка: 10 тысяч человек, до 40 пулеметов, 21 автоматическое ружье, 9 бомбометов, 2 орудия и 5 пароходов, один из которых находился в Рогичах, а четыре — в Чернобыле.
В этот же день «Курьер» был послан для наблюдения к Триполью. Бронепароход, обстреляв Триполье и Плюты зажигательными снарядами, вернулся в Киев.
1 мая судам флотилии была поставлена задача вывести в Киев суда, захваченные Струком в Чернобыле. 2 мая в 5 часов утра три боевых парохода отправились в Чернобыль. В 17 часов суда подошли к самому Чернобылю из-за мглы и дождя совершенно незамеченными.
Открыв огонь по городу и не получив ответа, бронепароходы зашли в затон и высадили десант из команд. Город оказался оставленным бандой Струка, и корабли флотилии благополучно вывели семь пароходов, некоторые из которых были без паров и с разобранными машинами. 3 мая все боевые суда вернулись в Киев. В районе Чернобыля для содействия сухопутным частям остался только «Самуил».
После упорных боев банда Струка была рассеяна, и Чернобыль окончательно перешел в руки большевиков. Сам же Струк, переодевшись, скрылся из города уже после занятия его красными частями.
3 мая по приказу Совнаркома Украины Днепровская флотилия начала операцию по уничтожению банды Зеленого в районе Три-полья. Наступление на Триполье велось по трем направлениям: отряд Толоконникова наступал с севера по берегу Днепра под прикрытием флотилии; отряд Киселя — с запада от Василькова; бригада Богунского — с юга от Ржищева. Из боевых судов был послан только «Адмирал» для связи и поддержки Толоконникова.
4 мая судам «Арнольд» и «Верный» было дано задание прорваться мимо Триполья, чтобы содействовать бригаде Богунского и не дать бандитам переправиться на левый берег Днепра. Суда с боем и без потерь выполнили задание и к 17 часам того же дня прибыли в Ржишев, где остались на ночь.
5 мая «Арнольд» получил приказание идти к Витачевскому мосту для уничтожения средств переправы банды Зеленого и для воспрепятствования переправы банды с правого берега. «Арнольд» пополнил запасы дров с «Верного», который затем пошел за дровами в Секирно. Однако из-за штормовой погоды поход «Арнольда» пришлось отменить. «Верный» же, пополнив запас дров, дошел до Черкасс, откуда доложил по телеграфу в штаб флотилии о положении дел.
7 мая «Верный» вышел в Триполье. По дороге он должен был взять десант в Ржищеве из бригады Богунского, но по прибытии узнал, что бригада ушла на Кагарлык и заняла его. «Верный» отправился в Триполье, только что занятое после непродолжительного артогня десантным отрядом моряков, высаженным с судов «Адмирал» и «Курьер» под личным руководством командующего флотилией. 8 мая в Триполье вступил 6-й полк 1-й Украинской армии. От перебежчика стало известно, что 5 мая, когда «Арнольд» не мог выйти к Витачевскому мосту, банда Зеленого и действовавшая совместно с ним банда Ангела переправились на левый берег Днепра и расположились на участке Койлов — Жеребятин.
Остатки банды Зеленого на правом берегу Днепра были ликвидированы, а перешедшие на левый берег присоединились к бандам Григорьева, в это время поднявшего восстание против советской власти и овладевшего Золотоношей. Против банды Григорьева были брошены бригада Богунского и отряд Толоконникова. Против банд в Жеребятине был оставлен небольшой отряд с бронепароходом «Адмирал». На правом берегу Днепра против банды Григорьева действовала группа Шафранского.