11 мая отряд Толоконникова был переброшен в Канев. 13 мая у Канева находились суда «Адмирал», «Верный» и «Аполлон», которые должны были воспрепятствовать бандам Григорьева переправиться на правый берег. Банда Григорьева была хорошо организована, снабжена и имела артиллерию и бронепоезда.
В тот же день, 11 мая, в Прохоровку был высажен 1-й Золотоношский полк, переброшенный из Триполья, 2-й полк с кавалерией переправился через мост у Канева и присоединился к 1-му. К месту действий из Канева был направлен «Арнольд».
14 мая бригада Богунского выбила Григорьева из Золотоноши, банда его под давлением наступавших красных частей стала отступать на Черкассы. По приказанию командующего флотилией суда «Верный», «Адмирал» и «Арнольд» отправились к Черкассам для поддержки красных частей и воспрепятствования переправе банды Григорьева через мост.
16 мая днем суда флотилии, подойдя к Черкассам, обстреляли бронепоезда, оказавшиеся красными, но шли они без условленного белого флага. К вечеру Черкассы были заняты бандой Григорьева. 17 мая суда бомбардировали Черкассы, после чего «Адмирал» и «Верный» были отозваны в Киев. К 19 мая Григорьев, оставив у Черкасс сильный заслон с артиллерией, с главными силами отступил на Дубовку — Чигирин.
21 мая при поддержке судов флотилии бригада Богунского заняла Черкассы. Часть судов была оставлена на Южном Днепре для охраны и поддержания связи между армейскими частями и ликвидации мелких банд, а «Самуил» с бронекатером № 5 были отправлены на Припять, куда уже ранее ушел «Адмирал» и где поляки вместе с белогвардейскими отрядами без объявления войны повели наступление до линии Лунинец — Сарны. Советских войск на этом участке было мало. Местность, пересеченная болотами и рекой, требовала там присутствия судов красной флотилии. Поляки и белые вели себя сравнительно пассивно и стремились, пользуясь «мелкими речными силами (шесть вооруженных катеров и понтонов), занять рубежи для обеспечения развертывания своих сил при дальнейшем наступлении.
В середине июня 1919 г. началось наступление Добровольческой армии. 29 июня добровольцы взяли Екатеринослав. С юго-запада на Центральную Украину наступали остатки войск Петлюры. По всей Украине вновь стали плодиться большие и малые бандформирования. Вновь начались захваты пароходов на Днепре. Так, 29 июня банды анархистов захватили пароход Днепровской флотилии «Шарлотта».
Как говорится в «Боевых действиях…»,
…
«26 июня банда Зеленого, разбитая и разбежавшаяся в мае месяце, снова организуется, достигая примерно тех же размеров, пользуясь своим старым вооружением, спрятанным у крестьян. Банда имеет опять до 30–40 пулеметов и 2 орудия 76-мм калибра. К этому времени флотилия из подчинения 1-й армии и непосредственно Украинскому командованию переходит в подчинение командующему 12-й армией, причем на флотилию устанавливается, к сожалению часто встречаемый, упрошенный взгляд, как на пассивное оружие, как на плавучую батарею, которой указывается куда встать, как и куда стрелять. Этот губительный взгляд, вдохновителем которого являлся начштаба 12-й армии генштаба Гутырев, сводил флотилию на нет и лишал смысла ее существование, что вскоре и сказалось на боевых действиях.
В связи с реорганизацией армии Украины на новых началах (12-я армия только что была образована), было предположено увеличить и состав флотилии до 11 судов, вооружив часть из 42– и 48-линейными орудиями. Вооружение производилось по-прежнему образцу и тем же органом, не подчиненным командованию флотилии; реорганизация последней намечалась также, и в центре был поднят вопрос о передаче флотилии в Морской комиссариат…
Вооружение судов шло довольно быстро, причем главные работы производились Варшавской верфью в Киеве. Политическая работа велась слабо. Процент коммунистов был незначителен. Флотилия жила махновскими идеями, и было много таких, которые, побывав у Махно и попав во флотилию, не прочь были попасть к нему снова.
Снабжение продолжало ползти по всем швам. Бесформенность организации и отсутствие знаний и политической линии у руководителей флотилии способствовали укреплению партизанщины».
26 июня из Киева на борьбу с атаманом Зеленым отправился отряд судов Днепровской флотилии в составе бронекатера № 3 и парохода «Владимир Крахт». В районе деревни Халепье огнем 37-мм пушки и пулемета бронекатера удалось рассеять около 600 бандитов, отбить ранее захваченные пароходы «Днепровец» и «Санитарный». Моряки потеряли убитыми троих и ранеными двоих. 28 июня против Зеленого уже действовал пароход «Доротея», только что вооруженный на 1-й Киевской советской верфи.
17 июля части Красной Армии при огневой поддержке судов флотилии начали развернутое наступление на банду Зеленого. В операции под командованием начальника оперативной части штаба флотилии военмора О. С. Солонникова и политкома П. И. Гревцова участвовали бронепароходы «Курьер», «Трактомиров» и «Доктор Макс Мандельштам». На следующий день корабли артиллерийским огнем выбили из деревни Злодеевка 300 бандитов и уничтожили их батарею. 20 июля пала главная база атамана Зеленого — Триполье, а после часового обстрела бронепарохода «Верный» часть банды была выбита из Ржищева, причем моряки сумели отбить пароходы «Зевес» и «Шарлотта», ранее захваченные бандитами. На «Шарлотте» оказались штабные документы Зеленого, четыре пулемета и другое оружие, а также около четырех пудов серебра, снаряжение, обмундирование и продовольствие.