В районе Ленкорани против банд Джемал-паши численностью свыше 6000 человек были брошены 1-я кавалерийская дивизия и отряды азербайджанской милиции. Боевые действия шли на фронте от Козу-Булага через Ленкорань до персидской границы у Астары.
Для обеспечения действий кораблей в районе Ленкорани по приказу комфлота была создана плавучая база из двух барж: «Григориан» (угольная, 35 тыс. пудов угля) и «Астых» (водяная). С Управлением Мортраном было заключено соглашение о том, чтобы каждый пароход, идущий в Ленкорань, имел полный запас воды, излишек которой сдавал на эсминцы или «Астых».
21 декабря 1920 г. в Ленкорань на транспорте «Курск» прибыл сам врио комфлота Соболев. В тот же день пришли эсминец «Войсковой» и крейсер «Роза Люксембург».
В ночь на 23 декабря корабли флотилии высадили десанты в Астару. На рассвете, в 7 ч. 20 мин., «Курск», «Роза Люксембург», «Достойный» и головные транспорты «Тамара» и «Туркмен» подошли к Астаре. Эсминец «Прыткий» занял позицию в Шах-Агаче, а эсминец «Войсковой» — у Ленкорани.
Транспорт «Тамара», подойдя к берегу на 6 кабельтовых, направил на разведку два специально взятых киржима (плоскодонные лодки), так как не было заметно никаких признаков нахождения в Астаре неприятеля. Когда киржимы отошли от «Тамары», с берега по ним был открыт сильный ружейный огонь, и киржимы вынуждены были вернуться обратно. Тогда крейсер «Роза Люксембург» и эсминец «Достойный», подойдя под ружейным огнем на 8–10 кабельтовых, открыли огонь по берегу, обстреливая главным образом береговую полосу и первый ряд строений. Под прикрытием огня судов киржимы достигли берега, где высадившиеся десантники немедленно залегли, прикрывая место высадки. Заготовленные на всех судах шлюпки направились к берегу. В первых рядах десантников был и врио комфлота.
Десантники нашли Астару пустой, так как бандиты и мирные жители бежали на персидскую территорию. В 9 ч. 30 мин. Астара была занята, и с транспортов «Экватор», «Тамара», «Ван», «Туркмен» и «Або» началась планомерная высадка штаба бригады, 248-го, 249-го полков и их обозов. На судах потерь не было, а красноармейцев убито двое. К вечеру оба полка, развивая наступление, при поддержке огня «Достойного» заняли Гелякоран.
В районе Шах-Агача 245-й полк при поддержке огня «Прыткого» и двух конных орудий занял Пенсар. Северная группа заняла Сельфидор.
25 декабря 1920 г. побережье Ленкоранского уезда было полностью очищено от мусаватистских банд. Их остатки, потеряв в последнем бою своего главаря Джамал-пашу, бежали за пределы Советского Азербайджана.
Летом 1920 г. с Балтики на Каспий прибыли эсминцы «Войсковой», «Украина», сторожевые корабли «Выдра», «Горностай», «Куница», «Ласка», «Соболь» и «Хорек». Эсминец «Сторожевой» с 1 июля по 15 октября 1919 г. находился в составе Онежской флотилии, а 20 октября 1919 г. отправился с Онеги на Волгу. Зимовать ему пришлось на Верхней Волге, а до Астрахани «Сторожевой» добрался в начале лета 1920 г.
В мае — июне подводные лодки «Окунь», «Макрель», «Касатка» и «Минога» были переведены в Баку и несколько лет простояли у борта плавбазы против Девичьей банки. 21 ноября 1925 г. все четыре подводные лодки были сданы на лом.
5 июля 1920 г. Волжско-Каспийская флотилия и Красный флот Советского Азербайджана были слиты в Морские Силы Каспийского моря, которые, в свою очередь, 27 июня 1931 г. переименовали в Каспийскую флотилию. Так утверждается во всех советских официальных изданиях — «Морском атласе», «Боевом пути советского ВМФ» и др. Однако в ряде документов, датированных декабрем 1920 г., автор обнаружил титул Соболева: — «Врио начальника Морских Сил Каспийского моря и командующего Азербайджанским флотом». Мало того, «по постановлению Революционного комитета Азербайджанской Советской Социалистической Республики Каспийский военный флот награжден почетным Красным Знаменем за боевые подвиги в борьбе с деникинским и английским флотами и за очищение Каспийского моря от белогвардейщины.
По случаю вручения Красного Знамени 1 января (1921 г.) на площади Свободы состоялся большой парад. К 1 часу дня на площадь прибыли моряки всех судов и частей флота с оркестром и знаменами; вслед за моряками на площадь прибыло большинство частей гарнизона». Так что на самом деле Азербайджанский флот прекратил свое существование не ранее 1921 года.
Вопреки утверждениям советских историков, Гражданская война не закончилась в 1920 г., и в следующем, 1921-м, году суда красных продолжали вести боевые действия как на Волге, так и на Каспии.
В сентябре 1921 г. в Ленкоранском уезде вновь подняли мятеж мусаватисты. Морские Силы Каспийского моря приняли активное участие в ликвидации мятежа. Канонерская лодка «Троцкий» и эсминец «Туркменец Ставропольский» поддерживали артиллерийским огнем наступление 28-й стрелковой дивизии, завершившееся полным успехом. 13 сентября отряды националистов ушли в Персию.
21 сентября они вновь атаковали части Красной Армии. В это время на море разыгрался сильный шторм, и советские корабли покинули район Астары и Ленкорань из-за отсутствия там укрытых якорных стоянок. Под сильным давлением противника сухопутные красные части отступили. Националисты опять заняли Ге-лякеран, Шах-Агач и другие крупные населенные пункты. На следующий день к месту боевых действий подошли эсминец «Украина», канонерка «Ленин» и крейсер «Роза Люксембург». Начались затяжные бои, проходившие с переменным успехом. Корабельная артиллерия постоянно поддерживала сухопутные части, выбивавшие националистов из укрепленных позиций. Лишь в первых числах октября, получив подкрепление, красные смогли перейти в решительное наступление. В ходе боев с 5 по 8 октября националисты были разбиты, а остатки их банд бежали в Персию.