20 апреля 1920 г. были готовы суда «Грозящий», «Гордый», «Губительный», «Громовой», «Геройский», «Горячий», «Ястреб», «Беркут», «Мстительный», «Молодецкий», «Патрон», «Трал», «Меткий», «Мудрый» и «Малый» — за исключением окраски и установки орудий. «Гневный», «Мощный» и «Могучий» вошли в строй в середине мая.
Серьезной проблемой был недостаток личного состава и его недисциплинированность. Суда не были укомплектованы экипажами, несмотря на неоднократные приказания из Центра. Поэтому командованию флотилии пришлось мобилизовать моряков из Гомельской, Киевской и Черниговской губерний, отыскивать моряков в армии и в гражданских учреждениях и забирать их оттуда. Но, несмотря на активность командования, корабли флотилии были укомплектованы только к маю 1920 г.
По плану десантный отряд флотилии должен был состоять из 500 штыков, 150 сабель и четырех 76-мм горных пушек обр. 1909 г., а имелось лишь 100 штыков и около десятка сабель. Десантники якобы несли гарнизонную службу в Киеве, а на самом деле «пьянствовали с проститутками».
Радиосвязь флотилии также оставляла желать лучшего. Главная база флотилии — Киев — имела 5-киловатгную радиостанцию; Чернобыль — 0,5-киловаттную; Кременчуг — 0,8-кшюваттную; Черкассы — 0,6-киловаттную; Гомель — 1-киловаттную. Кроме того, на судах имелись радиостанции: на канонерках «Молниеносный» — мощностью 1 кВт, «Громкий» и «Грозящий» — 0,5 кВт, «Могучий» — 1 кВт; на посыльных судах «25 октября» (штаб) — 2 кВт, «Лев Троцкий» (походный штаб комфлота) — 0,5 кВт; «Верный» — 1 кВт.
25 апреля 1920 г. польские войска внезапно перешли в наступление на Юго-Западном фронте. Части красных обратились в бегство, а «красные галичане» вообще перешли на сторону поляков.
На Припяти поляки захватили несколько боевых судов Днепровской флотилии и пароходов, принадлежавших водному транспорту.
Так, 3 марта в Мозыре трофеями ляхов стали пароходы: «Перевал», который поляки зачислили в свою флотилию в качестве посыльного судна Д-2, переименовав его позже в «Генерал Сикорский». «Атаман» — обращен в военный транспорт, получил название Т-1. «Перекат» (сторожевое судно Днепровской флотилии «Кречет») зачислен в состав польской флотилии под названием Т-3. «Леон» зачислен в состав польской флотилии под названием Н-3. «Сокол» зачислен в состав польской флотилии под названием Т-5 (военный транспорт). «Ремесленник» зачислен в состав польской флотилии под названием Т-12 (военный транспорт). «Воюн» зачислен в состав польской флотилии под названием Т-13 (военный транспорт).
5–6 марта в Юрьевичах и Барбарове поляки захватили канонерки Днепровской флотилии «Горячий» (бывший «Трактомиров») и «Громкий» (бывший «Бужин»), Они были зачислены в польскую флотилию в качестве канонерских лодок под названиями Р-1 и Р-2.
Там же были захвачены: штабной корабль Днепровской флотилии «Головной» (до 6 октября 1919 г. «Звягель»), у поляков он получил название Д-! а затем «Генерал Шепгинский», и буксир «Усердный», переименованный поляками в Н-2. Видимо, там же был захвачен и буксир Днепровской флотилии «Мелитта».
Еще семь пароходов поляки захватили в марте в Наровле на Припяти: «Чемпион» (Н-1), «Ветка» (S-1), «Ворон» (Т-2), «Волга» (Н-4), «Леонида» (Т-7), «Мечта» (Т-10) и «Орел» (Т-11).
В 1920 г. ледоход на южной части Днепра начался 6 марта, а 22 марта Днепр и его притоки полностью очистились ото льда. К 25 марта все суда Днепровской флотилии как из Гомеля, так и из Чернобыля получили приказ перейти в Киев, где Варшавская верфь должна была закончить их вооружение.
С началом наступления поляков вошедшие в строй канонерки «Мстительный», «Мудрый», «Молодецкий», «Малый», «Громовой», «Губительный», «Геройский» и сторожевое судно «Ястреб» были посланы на Припять. Канонерки периодически обстреливали польские части, но за неимением десантных сил закрепить успех не могли. Связи с красными частями канонерки не имели.
На Березину в начале апреля были посланы канонерки «Молниеносный» и «Горячий», сторожевые суда «Орел» и «Беркут» и бронекатер № 4, где они должны были содействовать частям 16-й армии. Непрерывные бои на Березине и быстрый спад воды потребовали перегруппировки судов, и 24 апреля на Березину с Припяти вышли «Громовой» и «Громкий» под командованием начальника 2-го дивизиона военмора Дандре. «Молниеносный» и «Гордый» были отозваны на Припять в распоряжение начальника 1-го дивизиона военмора Степанова.
На Припяти в селе Наровля поляки установили две, а в селе Бар-барове — четыре 75-мм французские пушки обр. 1897 г. 22-й, 15-й, 38-й и 34-й польские пехотные полки расположились по обоим берегам Припяти вокруг Мозыря.
Начальник дивизиона Дьяченко взял с собой канонерки «Гордый», «Геройский» и «Губительный», а на вспомогательных судах — небольшой отряд военморов (около ста штыков), составленный из команд судов Чернобыльской базы. В ночь на 23 марта отряд вышел вверх по Припяти. Метким артиллерийским огнем корабли отряда заставили замолчать польскую батарею и подошли близко к Наровле. Но тут на «Гордом» внезапно вышла из строя машина, и отряд был вынужден повернуть обратно. Поляки, при проходе отрядом судов пристрелянного ими места на фарватере, открыли артиллерийский огонь. Ведя бой кормовыми орудиями, суда благополучно вернулись в базу.