Древняя Вильна — эта подлинная колыбель литовской национальной культуры — была теснейшим образом связана с историей белорусского народа. В начале XVII столетия здесь печатал первые книги на церковнославянском и на своем родном языке Георгий (Франциск) Скорина, здесь же была издана одна из первых книг на латышском языке.
Название города Вильна (современное Вильнюс) напоминает литовское слово «вильнис» — «волна». Город расположен на реке Нерис, при впадении в нее реки Вильняле; появление первых замков связывают обычно с XIV столетием; по традиции годом основания города принято считать 1323 год. Много раз страдал город от нападений крестоносцев, войны и пожары опустошали его, страшная эпидемия чумы незадолго до прибытия туда молодого белоруса унесла десятки тысяч жизней.
Мрачно выглядел город после чумы, многие дома стояли заколоченными. Самуила поразила бедность обстановки в домах — не везде были даже постели, спали обычно на лавках, покрытых медвежьими шкурами. Но зато сказываласъ близость Польши. Жены виленских горожан были разодеты в пышные, дорогие платья, янтарные ожерелья так и переливались на солнце, мед, водка, брага и густое пиво продавались прямо на улицах. Жители были гостеприимны и приветливы.
Молодой студент прибыл в Вильну, как он писал в предисловии к сборнику стихов «Вертоград многоцветный», «пресладостные и душеполезные цветы услаждения душеживительного вкусить». Виленская иезуитская коллегия могла привлечь Полоцкого как одно из самых известных и знаменитых в то время высших учебных заведений на востоке Европы. К концу XVI века в ней преподавало около 90 профессоров и училось более 700 учащихся. В 1653 году Самуил составил сборник упражнений по риторике на польском и латинском языках, здесь же находятся и конспекты занятий его по арифметике и нравственной философии. Эта рукопись, судя по примечаниям студента на полях и по оглавлению, создавалась в Виленской иезуитской коллегии, что косвенно подтверждается и упоминанием в сборнике Казимира Кояловича, бывшего профессором Виленской иезуитской коллегии во второй половине XVII века. Братья Кояловичи были виднейшими профессорами коллегии в середине XVII века, и совершенно не случайно именно их лекции по теологии слушал и конспектировал Самуил. Некоторые современные исследователи полагают, что он поехал в Виленскую коллегию для того, чтобы изучить принципы и методы католической пропаганды для более успешной борьбы с ней в будущем. Однако едва ли у столь молодого человека, еще даже не избравшего профессии, могли возникнуть такие далеко идущие намерения.
Но не пришлось Самуилу надолго отвлечься от мирских забот и целиком отдаться науке: в октябре 1653 года земский собор в Москве принял решение о воссоединении Украины с Россией. Началась война с Польшей, которая продолжалась 13 лет и шла с переменным успехом, однако в начале войны преимущество было явно на стороне России.
В мае 1654 года стотысячное русское войско под командой Шереметева выступило к границам Речи Посполитой, как тогда называлась Польша. Русским противостояло около 60 тысяч поляков и 100 тысяч конницы крымского хана — союзника Польши. Пали Смоленск, Орша, Борисов, Минск. Русские войска, предводительствуемые боярином князем Яковом Куденетовичем Черкасским, в союзе с казацкими отрядами Золотаренко, присланными Богданом Хмельницким, подошли к Вильне.
Полоцкий мог наблюдать первую стычку с московскими войсками 29 июля 1654 года под самыми стенами города. Большая часть польских воинов при появлении казацкой конницы бросилась бежать врассыпную. Но Радзивил еще долго держался. Бой длился до самой ночи; жестокая и упорная схватка произошла при переправе через реку Вильняле у Зеленого моста, за который отступили польские войска. Радзивилу удалось задержать противника, разрушить мост и отступить за реку, но город был им оставлен.
Русские войска вошли в город. Были разрушены иезуитские костелы, католические монастыри, униатские церкви.
Перепуганный студент бежал из Вильны на другой же день.
Царь Алексей Михайлович находился в это время в 50 верстах от Вильны, в селении Крапивне, когда прискакал к нему гонец с радостным известием о взятии города. Уже 31 июля Алексей Михайлович въехал в литовскую столицу. Полоцк был занят русскими войсками 29 июня 1654 года. Вернувшись в свой родной город, Самуил встал перед дилеммой — или вступать в ряды войска (московские воеводы усиленно набирали новых воинов взамен выбывших — битвы еще продолжались!), или искать такую защиту, которая надежно охранит его от превратностей судьбы и даст возможность заняться своим любимым делом. Что делать, к кому обратиться за советом?
Самуил застал в Полоцке подлинное возрождение: обрадованные приходом русских войск, полочане дружно восстанавливали разрушенные оборонительные сооружения, уничтожали следы недавних боев и пожаров. Только и было разговоров, что вернулись их братья по крови и вере, что окончилось лихое время католического господства.
Взятие Полоцка, главного города Полоцкого воеводства, оказало существенное влияние на весь дальнейший ход военных действий, ибо русские войска перерезали коммуникации противника по Западной Двине. Русское правительство поспешило высказать свое милостивое отношение к полочанам. В грамоте царя Алексея Михайловича полоцким мещанам от 7 сентября 1654 года говорится о том, что когда русские войска под руководством боярина и воеводы Василия Петровича Шереметева пришли под Полоцк, то посадские люди Федор Сатковский, Василий Ульский, Козьма Федоров и другие помогли русским войскам войти в Полоцк и освободить его от польских захватчиков. Царь разрешает им за это беспошлинную торговлю в Полоцке, дарует ряд льгот и призывает верно служить Русскому государству. Узнав о таких милостях, игумен полоцкого Богоявленского монастыря Елисей обратился к царю с просьбой приписать к монастырю насильно отнятые у него католиками деревни и заодно отдать монастырю пустые дома сбежавших в Польшу «латинян» Каспара Глятвича и других. Грамотой от 3 марта 1655 года царь утвердил право монастыря «владети в век неподвижно» новыми землями и домами.