Алексей Михайлович и его советники лучше разбирались в природе религиозных волнений, подрывавших и государственные устои. Еще по Уложению 1649 года за преступления против веры и церкви полагалась смертная казнь. Потом появились дополнительные указы о разыскивании раскольников и сжигании их в срубе, если «по трикратному вопросу» у места казни они не откажутся от раскола.
Еще три дня пытался запугать и уговорить Елагин пустозерских узников, а на четвертый зачитал царский указ. Аввакума снова пощадили, хоть и умерла уже его заступница, царица Мария Ильинична.
— Изволил государь и бояре приговорили: тебя, Аввакума, вместо смертной казни держать в земляной тюрьме и, сделав окошко, давать хлеб и воду, а прочим товарищам, кроме того, резать без милости языки и сечь руки…
— Я плюю на ево кормлю; умру, не евши, — сказал Аввакум.
И в самом деле, возвратившись с места казни, он выбросил в окошко все, что имел, вплоть до рубашки, и стал поститься, чтобы умереть. Десять дней Аввакум отказывается от пищи и прекратил голодовку лишь по просьбе товарищей.
Страшно казнили остальных. Палач был неопытный, не претерпевшийся еще к своему ремеслу. Трясущимися руками «выколупывал» он из горла остатки языков у троих мучеников. А потом отрубил Лазарю руку по запястье, Федору ударил топором поперек ладони, Епифанию отсек четыре пальца. Стрельцы сразу же повели их в новые тюрьмы. Прежние срубы сделали пониже, засыпали сверху землей, оставив по маленькому отверстию.
«…Запечатлен в живом аду плотно гораздо; ни очию возвести возможно, едина скажня, сиречь окошко. В него пищу подают, что собаке; в него же и ветхая измещем; тут же и отдыхаем. Сперва зело тяжко от дыму было: иногда на земли валяяся удушисься, насилу отдохнешь. А на полу том воды по колени, — все беда. От печали великия и туги… многажды и дух в телеси займется, яко мертв — насилу отдохнешь. А сежу наг, нет на мне ни рубашки, лише крест с гойтаном: нельзя мне, в грязи той сидя, носить одежды».
И в таких условиях узники прожили еще больше десяти лет.
Правда, потом окошки расширили немного, стрельцы стали помилостивее и даже опять появилась возможность писать на волю и получать письма. Первым делом Аввакум написал своей Марковне, чтобы не падала духом и чтобы сын Афанасий не чурался братьев, оказавшихся нестойкими. А вскоре протопопу пришлось утешать и своего «друга головного» боярыню Морозову.
Всё знали про нее власти, но не трогали старшей боярыни покойной царицы, пока она не прогневала царя. А случилось это во время женитьбы царя на юной красавице Наталье Нарышкиной. По придворному чину Морозовой надо было на свадьбе «титлу царскую говорить». Но боярыня даже не явилась на торжество.
— Тяжко ей будет тягаться со мной. Одному из нас придется уступить…
Что-то вроде этого сказал царь, когда услышал об ее отказе. Алексей Михайлович с годами становился болезнен, рыхл и злобен. Придворные и духовенство стали осаждать Морозову и требовать, чтобы она перестала противиться царю. «За учение Аввакума проклятого умереть хочешь», — говорил ее дядя Михаил Ртищев.
Почуяв беду, старица Меланья и монашки, наполнявшие дом Морозовой, скрылись. Только Евдокия Урусова и жена стрелецкого полковника Мария Данилова навещали опальную боярыню. Ночью 14 ноября 1671 года к ней в дом пришел чудовский архимандрит Иоаким. Он приказал своим подручным держать Морозову и Урусову под домашним арестом и наложить на них кандалы. Вскоре была арестована и Данилова.
Трех женщин допрашивали и уговаривали, заточали в монастырь и снова привозили. в Москву.
Их пытали на Ямском дворе. Их вздергивали на дыбу, бросали полунагими в снег, били плетьми. И все-таки, проезжая на дровнях по улицам Москвы, Морозова поднимала кверху окованную гремучей цепью руку с двумя вытянутыми перстами. Народ московский волновался и жалел бедную женщину.
Вдобавок Морозову постигло большое горе. Разлученный с матерью, ее единственный сын Иван разболелся с тоски. Царь прислал к своему юному стольнику лекаря, но, как писал автор жития Морозовой, «они его так улечили, что в малых днях к гробу предаша».
В 1674 году патриархом стал суровый и ревностный вояка Иоаким, когда-то сказавший царю, что для него свято лишь слово начальников.
«Ревя как медведь», он просил царя разрешить ему сжечь мятежницу. На Болоте уже готовили костер, но воспротивились бояре…
В России было всего шестнадцать родов, представители которых занимали боярские должности, минуя меньшие чины, — Воротынские, Черкасские, Трубецкие, Голицыны, Одоевские, Пронские, Шеины, Салтыковы, Репнины, Прозоровские, Буйносовы, Хилковы, Хованские, Шереметевы, Морозовы и Урусовы. И они отказались предать сожжению двух знатных женщин.
После трех дней пыток Морозову отвезли в Новодевичий монастырь. За нее вступилась сестра царя Ирина Михайловна, которая в свое время послала Аввакуму ризы в Тобольск.
— Почто, братец, некрасиво поступаешь и вдову бедную помыкаешь с места на место? Нехорошо, братец! Достойно было бы помнить заслуги Бориса и Глеба.
Но царь отказывался вспоминать заслуги Морозовых. Начав преследовать подругу покойной жены, он уже не мог остановиться и приказал отправить всех трех женщин в Боровск, где некогда сидел и Аввакум.