Письма его содержат множество метких наблюдений. Он не чужд поэзии; деловые бумаги под его пером иной раз превращаются в лирические сочинения. «Красносмотрителен же и радостен высокова сокола лет… Избирайте дни, ездите часто, напускайте, добывайте, нелениво и безскучно, да не забудут птицы премудрую и красную свою добычу», — писал он начальнику соколиной охоты.
Тяга к красоте сочеталась в нем с деловитостью, аккуратностью, хозяйственностью. Он дотошно записывает свои расходы. В письмах управляющему хозяйством расспрашивает об именах крестьян, вникает в подробности. В государственных делах не спешит, выспрашивает мнение всех сторон и только потом принимает решение.
Эволюция царя как политика была весьма заметной. В 1652 году он признавал действия Ивана Грозного греховными, просил прощенья за него пред останками Филиппа, а в 1657 году Алексей Михайлович уже внимательно изучал политику своего предка и велел патриарху отслужить панихиду по царю Ивану. Окончательно вводится в титул царя слово «самодержец». При Михаиле Федоровиче земский собор созывался десять раз, а при Алексее Михайловиче — гораздо реже. Боярская дума слабеет, над армией чиновников вводится тайный и строгий надзор, и в конце концов создается Приказ тайных дел — всесильное учреждение, подчинявшееся только царю. Во главе его фактически становится не родовитый человек, а дьяк Дементий Башмаков, которого Аввакум ядовито называл «от тайных дел шишом антихриста».
Все чаще царь, по примеру Грозного, проявлял грубость и жестокость, все нетерпимее становился к тем, кто осмеливался проявлять самостоятельность в суждениях и делах.
Второму «великому государю» места рядом с Алексеем Михайловичем не оставалось. Обещание слушаться, данное Никону при вступлении того на патриарший престол, было забыто. Все реже приглашает его царь на совещания и даже на официальные приемы. Приближенные царя, которым Никон давно уже был не по нраву, не упускали возможности уколоть патриарха, подчеркнуть его «мужицкое» происхождение.
А пример им показал сам Алексей Михайлович. Когда Никон скрыл свои разногласия с антиохийским патриархом Макарием и с разрешения государя изменил обряд водосвятия, разразился скандал. Узнав про обман, царь пришел в ярость и в церкви кричал на патриарха:
— Мужик, сукин сын!
— Я твой духовный отец, как же ты можешь так унижать меня? — с достоинством сказал Никон. Но царь ответил, что не считает его своим «отцом».
6 июля 1658 года Алексей Михайлович давал во дворце обед прибывшему в Москву грузинскому царевичу Теймуразу. Никона на обед не пригласили. Он послал своего дворянина князя Димитрия Мещерского выяснить, в чем дело. Царский окольничий Богдан Матвеевич Хитрово, расчищавший царевичу путь в толпе любопытных, задел Мещерского палкой по голове.
— Напрасно бьешь меня, Богдан Матвеевич, — сказал князь, — я не просто пришел сюда, а с делом.
— Ты кто такой? — спросил окольничий.
— Патриарший человек и с делом послан, — гордо ответил Мещерский.
Но прошли уже времена, когда слова «патриарший человек» вызывали страх и трепет.
— А ты не чванься своим патриархом! — крикнул Хитрово и еще раз ударил его палкой по лбу.
Князь побежал жаловаться. Никон воспринял оскорбление своего дворянина как кровную обиду. Он тотчас написал царю письмо, требуя немедленного удовлетворения. Царь во время обеда собственноручно отписал ему, что расследует дело и лично увидится с Никоном. Патриарх снова написал письмо, и царь за обедом же снова ответил на него уклончиво. И тогда Никон сказал:
— Коли не хочет мне государь дать защиты от оскорблений, я с ним управлюсь как глава церкви…
Но это была пустая угроза. Царь перестал бывать на службах у патриарха, а вскоре князь Ромодановский пришел к Никону и сказал:
— Царское величество на тебя гневен. Ты пишешься великим государем, а у нас один великий государь — царь.
— Я не сам себя назвал великим государем, — ответил Никон. — Так захотел и повелел называть меня его царское величество. И вот свидетельство: грамоты, писанные его рукой.
— Царское величество почтил тебя как отца и пастыря, но ты этого не понял. А ныне царское величество повелел сказать тебе: отныне и впредь не пишись и не называйся великим государем. И почитать тебя впредь не будет…
Никон мог бы еще найти общий язык с Алексеем Михайловичем, если бы смирился, отказался от притязаний на высшую власть. Но патриарх был слишком горд, самолюбив и решил попугать царя драматической сценой, подобной той, какую он устроил при своем восшествии на патриарший престол.
10 июля, в праздник ризы господней, Никон велел принести в Успенский собор простую монашескую рясу, клобук и священническую палку. После службы он заявил, что больше патриархом не будет, снял с себя патриаршье облачение и стал надевать рясу. Этого ему сделать не дали и послали к царю крутицкого митрополита Питирима.
Царь не пришел к Никону, не стал его уговаривать, а послал к нему князя Трубецкого. Так и покинул Никон храм, сказав, что не быть ему больше главой русской церкви. И уехал в построенный им Воскресенский монастырь (Новый Иерусалим). С этих пор многие годы патриарший престол был пуст. Фактическим главой церкви стал сам Алексей Михайлович.