Ранние серийные F.13 внешне отличались от прототипов (см. ИА № 5/2002) крылом несколько большего размаха (14,85 м против 14,47 м) и площади (38,7 м? против 38,2 м?) и в основном оснащались 180-сильными двигателями BMW.III, либо 185-сильными BMW.IIIa, хотя на часть машин ставились и 160/170-сильные «Мерседесы» D.IIIa. Вместимость пассажирской кабина осталась неизменной — четыре человека. Пятый пассажир мог дополнительно размещаться в открытой кабине рядом с пилотом.
Вероятно уже с 1920 г. начали выпускаться самолеты с крылом еще большего размаха (17,75 м) и площади (44 м?), а также с увеличенными треугольными килями (на ранних самолетах киль имел излом по передней кромке). Эти самолеты получили обозначение F.13a.
В следующей модификации F.13b, появившейся в 1924 г., был реализован целый ряд усилений конструкции, позволяющих оснащать самолеты различными вариантами более мощных двигателей: вариант «а» — «Юнкерс» L.2 мощностью 200/230/265 л.с.; вариант «е» — «Юнкерс» L.5 мощностью 280/310 л.с.; вариант «i» — BMW.IV мощностью 220/250/300/320 л.с. Обозначение варианта вводилось вторым индексом к обозначению модификации, в результате чего самолеты получали обозначения F.13ba, F.13be и F.13bi соответственно. Кроме того, начиная с варианта «Ье» (введен в эксплуатацию в 1926 г.), «Юнкерс» F.13 стали оснащаться стабилизаторами увеличенного размаха, рулями направления и высоты с роговой аэродинамической компенсацией, трапециевидными килями, а также спрямленными элеронами.
Модификации F.13c, F.13d и F.13f не несли «революционных» отличий от F.13b и также оснащались перечисленными выше двигателями. Только вариант F.13fe с двигателями «Юнкерс» L.5 имел увеличенную взлетную массу. Дополнительно в вариантах F.13co и F.13fo было предусмотрено оснащение двигателями BMW.Va мощностью 360 л.с., а для F.13fy и F.13fa — «Армстронг-Сиддли» «Пума» мощностью 230 л.с. и «Ягуар» мощностью 440 л.с. соответственно. По другим данным, самолеты варианта F.13fa оснащались звездообразными двигателями «Бристоль-Юпитер» VI мощностью 430/480 л.с. Хотя, вероятнее всего, такими двигателями были оснащены лишь считанное количество самолётов.
Британский «Юнкерс» F13ke выпуска 1930 г. с закрытой кабиной экипажа и двигателем «Юнкерс» L.5.
Один из ранних «Юнкерс» F13 выпуска 1920 г., но с доработанным трапециевидным килем, установленным в 1926 г.
У самолетов следующей модификации F.13g, появившихся в 1927 г. (по другим данным в 1928 г.), фюзеляж был незначительно удлинен, изменен профиль задней части крыла, а взлетная масса доведена до 2300 кг. Кроме того, они, скорее всего, оснащались только двигателями «Юнкерс» L.5, поэтому все имели обозначения F.13ge.
Последними модификациями самолетов этого типа стали F.13h и F.13k с новым крылом увеличенной площади. В отличие от F.13h самолеты модификации F.13k имели более обтекаемые основные опоры шасси, а в варианте F.13ku оснащались 450- сильными американскими двигателями «Пратт-Уитни» «Уосп». Кроме того, на самолетах последних выпусков за пассажирской кабиной было предусмотрено багажное отделение, доступ в которое осуществлялся через дверь или люк в левом борту, а часть машин, к тому же, была оснащена полностью закрытой кабиной пилотов.
Одним из конструктивных усовершенствований, внедренных «Юнкерс» в процессе производства F.13, но не нашедших отражение в обозначении модификаций и вариантов, стала замена двухлопастных деревянных пропеллеров металлическими (по разным данным начали устанавливаться в период с 1920 г. по 1922 г.). Для повышения эксплуатационной гибкости и привлекательности F.13 фирма с самого начала их серийного производства предусмотрела возможность использования самолетов с различными типами шасси: колесным, лыжным и поплавковым. При этом колесные самолеты получали дополнительные обозначения F.13L (Landfluazeug), лыжные — F.13S (Schneeflugzeug), а поплавковые — F.13W (Wasserflugzeug). Поплавковое шасси дорабатывалось и увеличивалось в размерах для самолетов модификаций F.13f, F.13g и F.13k, что приводило к увеличению и общей длины самолета.
Такое большое количество модификаций, вариантов, подвариантов (по разным оценкам 60–70) и просто усовершенствований F.13 явилось следствием стремления «Юнкерс» наиболее полно удовлетворить подчас противоречивым требованиям различных заказчиков. Этому, в свою очередь, способствовало обеспечение широких модернизационных возможностей базовой конструкции самолета, позволившей, в частности, поднять мощность устанавливаемых двигателей со 160 до 480 л.с., то есть в три раза — случай неординарный в практике коммерческой авиации. В результате постоянного поиска наиболее удачными были признаны варианты самолета с двигателями «Юнкерс» L.5, под которые впоследствии переоснастили значительную часть ранее выпущенных машин.
Однако, в процессе эксплуатации не только менялись двигатели, но и планер, системы самолетов дорабатывались по более поздним стандартам, хотя не всегда эти доработки приводили к повышению надежности конструкции самолета. В частности, 21 июля 1930 г. в графстве Кент (Англия) в плохую погоду потерпел катастрофу F.13ge (per. G-AAZK) авиакомпании «Вэлкот Эйрлайнз», унесший жизни двух членов экипажа и четырех пассажиров. Расследование причин этой катастрофы показало, что в сильной турбулентности у самолета разрушился правый стабилизатор, затем последовательно хвостовая часть фюзеляжа, правое крыло и кабина. Катастрофа произошла несмотря на то, что на этом самолете был реализован комплекс мероприятий по усилению стабилизатора подкосами и оснащению его рулями высоты с роговой компенсацией, в то время как с ранними машинами, оснащенными консольными стабилизаторами и рулями без компенсации, подобных происшествий отмечено не было. Тем не менее, в своем большинстве «Юнкерс» F.13 применялись долго и успешно. При этом подавляющее большинство самолетов эксплуатировалось в Германии и в странах, в образовании авиакомпаний которых «Юнкерс» принимала непосредственное участие.