Оправдание Петра стало большой неудачей для Михаила — был серьезно подорван престиж великого князя, а главное, Михаил нажил себе смертельного врага.
Сразу же после собора Петр начал укреплять свою власть и вести интриги против великого князя владимирского. Естественно, что Петр провел основательную чистку среди иерархов церкви. В 1312 г. им был снят сарайский епископ Измаил и заменен подручником Варсонием. В результате Петр получил независимый канал связи и «агента влияния» при дворе хана. Ростовский епископ Симеон был отправлен в монастырь, а его место занял архимандрит ярославского Спасского монастыря Прохор. В 1316 г. был лишен сана тверской епископ Андрей и сослан в монастырь. Подобная участь постигла и других клириков, не желавших быть пешками в игре Петра Ратского и Юрия Московского.
А тем временем Юрий Московский жаждал всеми способами лишить Михаила влияния на Великий Новгород, князем которого Михаил стал после принятия владимирского престола.
Для отражения шведской экспансии новгородцы построили на севере Карельского перешейка крепость Корелу, обороной которой ведал служилый князь Борис Константинович, по-видимому, представитель младших ветвей тверских князей. В 1314 г. местные жители Корелы (чухонцы) вырезали русских и впустили в город шведов. (К этому времени Борис Константинович был уже отозван.)
В Новгороде тверской наместник Федор быстро собрал войско и пошел на Корелу. Теперь те же чухонцы без боя открыли ворота новгородцам и выдали им как шведский гарнизон, так и «заводчиков» резни 1314 г. Федор, не мудрствуя лукаво, пустил в расход и шведов, и «переветников».
Но пока Федор бил шведов, к Новгороду подошло войско князя Федора Ржевского, нанятого Москвой. Федор Ржевский арестовал остававшихся в Новгороде тверских чиновников и, пополнив свое войско новгородской вольницей, двинулся на Волгу грабить Тверское княжество. На перехват Ржевскому вышел Дмитрий (шестнадцатилетний сын великого князя владимирского Михаила) с тверской ратью. Но до битвы дело не дошло. Простояв 6 недель, до морозов, на разных берегах Волги, новгородцы заключили мир с Дмитрием. В договоре было зафиксировано старинное право Новгорода принимать к себе и высылать князей только по решению веча, без всяких разрешений со стороны великого князя владимирского.
Новгородцы взяли к себе князем Юрия Московского «по всей воле новгородской». Последнее означало, что брать надо по чину, а Михаил Тверской только весной 1312 г. собрал с Новгорода полторы тысячи гривен серебра.
Зимой 1314–1315 г. Юрий Московский приехал в Новгород со своим младшим братом Афанасием, которого он и оставил в Новгороде. Однако вылазка Юрия в Новгород вызвала жалобу хану Михаила, который в то время находился в Орде. Юрий был вызван в Орду, куда и прибыл летом 1315 г.
Хан Узбек, разобравшись в «Новгородской земле», принял сторону Михаила и отправил в Новгород татарское войско под началом «окаянного Таитемеря». Татары должны были помочь Михаилу утвердиться в Новгороде.
В конце 1315 г. тверичи и татары двинулись на Торжок, а оттуда собирались идти на Новгород. В Новгороде собралось вече, кончившееся дракой — богатые стояли за Москву, а бедные — за Тверь. В итоге московский князь Афанасий Данилович и его помощник Федор Ржевский выступили из Новгорода на помощь Торжку «с новгородскими бояры без черных людей».
Шесть недель стоял князь Афанасий с новгородцами в Торжке, ожидая подхода противника. 10 февраля 1316 г. у стен Торжка началось сражение. В Новгородской летописи о нем сказано: «Тогда же поиде князь Михаиле со всею Низовьскою землею и с татары к Торжуц; новгородци же с князем Афана-сьем и с новоторжци изидоша противу на поле. Бысть же то попущением Божием: съступившема бо ся полком обеима, бысть сеча зла, и створися немало зла, избиша много добрых муж и бояр новгородскых… и купец добрых много, а иных новгородцев и новоторжцев Бог весть; а инии остаток вбего-ша в город и затворишася в городе с князем Афанасьем».
Посланник Михаила заявил осажденным: «Выдайте мне Афанасия и Федора Ржевского, так я с вами мир заключу». На это новгородцы ответили: «Не выдаем Афанасия, но помрем все честно за святую Софию». Тогда Михаил потребовал выдать хотя бы одного Федора Ржевского. Новгородцы и на это не согласились поначалу, но потом были вынуждены выдать Федора, да еще заплатили Михаилу 50 тысяч гривен серебра и заключили мир.
Позже Михаилу удалось схватить Афанасия Даниловича и часть новгородских бояр и отправить их в Тверь заложниками. В Новгороде был выбран новый посадник из предложенных великим князем владимирским кандидатур.
А пока Михаил Тверской разбирался с новгородцами, Юрий Московский жил в Орде. Большие подношения хану и раболепство князя Юрия вызвали благосклонность Узбека. Хан предложил князю руку своей сестры Кончаки, Юрий немедленно согласился. Куда делась его первая жена, родившая ему дочь Софью, неизвестно. Скорей всего, ее отправили в монастырь. В субботу, 5 февраля 1317 г., Кончаку крестили и дали имя Агафья, а на следующий день, в «неделю мясопустную», обвенчали с князем Юрием.