Ни Иван, ни его бояре не понимали сложности ситуации. Они были уверены, что Казанский край окончательно присоединен к России. В разные волости Казанского края были посланы сборщики податей. В окрестностях Казани «ясаки собрали сполна», но в феврале 1553 г. выяснилось, что «казанские люди луговые ясаки не дали» и сборщиков убили.
Отряд казанских татар укрепил засеку на Высокой горе в 15 верстах от Казани. Видимо, это были остатки конников князя Япанчи. Они-то и послужили ядром организовавшейся армии. Казанцы разгромили и уничтожили два посланных из Казани русских отряда в 800 человек. По словам летописца: «Пришли на них люди арские и луговые, да их побили на голову и убили 350 стрельцов да 450 казаков». В верхнем течении реки Меши, в 70 верстах на восток от Казани, казанцы построили крепость.
Горная сторона Волги также была охвачена восстаниями против русских. Здесь действовали отряды казанцев под предводительством Зейзейта и богатыря Сары, пришедшие с луговой стороны. Они разбили посланный против них из Свияжска отряд под командованием Б.И. Салтыкова. Было убито 36 детей боярских, 170 чувашей, в плен попало 200 человек, а сам Салтыков был убит.
Ожесточенные боевые действия в Казанском крае прекратились лишь в конце 1556 г., после того как большая часть волостей края была опустошена карательными походами русских воевод.
Уже весной 1555 г. Иван IV принял решительные меры для русификации Казанского края. В Казань был отправлен первый архиепископ Гурий. Следует заметить, что в Казанский край были посланы наиболее ортодоксальные и жесткие иерархи церкви. Вместе с Гурием в Казань прибыл Герман Полев, архимандрит Свияжского монастыря, который после смерти Гурия занял его место. Видимо, вместе с Гурием в качестве попа в Казань прибыл и молодой Гермоген, который позже станет казанским архиепископом.
Из Пскова срочно доставили мастеров для сооружения в Казани каменного кремля. Главным строителем кремля был Постник Яковлев, более известный как строитель храма Василия Блаженного в Москве, сооруженного в память взятия Казани.
Казань стала русским городом в полном значении этого слова. Татарам было запрещено не только селиться внутри крепостной стены, но и входить внутрь города. За нарушение запрета была положена смертная казнь. Если до взятия Казани в ней с посадами проживало 65 тысяч жителей, то в 1557 г. внутри города жило около 7 тысяч русских, а в посадах — б тысяч татар.
На землях черемисов, чувашей и других народностей на правом берегу Волги были воздвигнуты города Чебоксары, Цывильск и Козьмодемьянск, а на левых притоках Волги Большой и Малый Кокшагах — города Кокшайск и Сан-чурек. На правом берегу нижней Камы был построен город Ланшев, а на правой стороне Волги в 40 верстах ниже Казани — город Тетюши. С конца 50-х — начала 60-х гг. XVI века начинается массовое переселение русских людей на «Казанскую землицу». С началом опричнины князья и дворяне целых районов России выселяются в Казанский край. Особенно это коснулось потомков ростовских, ярославских и стародубских князей.
Как часто бывало в нашей истории, второстепенные и третьестепенные герои одного акта драмы становились главными героями в следующем акте. Так, с историей взятия Казани неразрывно связана судьба удельных князей Стародубских и Пожарских. Первым независимым стародубским князем стал Иван (1198–1247), сын великого князя Всеволода Юрьевича Большое Гнездо. Он стал родоначальником династии независимых стародубских князей. Один из них, Андрей Федорович Стародубский, отличился в Куликовской битве. Второй сын Андрея Федоровича, Василий, получил в удел волость с городом Пожар (Погара) в составе Стародубского княжества. По названию этого города князь Василий Андреевич и его потомки получили прозвище князей Пожарских. В начале XV века стародубские князья становятся вассалами Москвы, но сохраняют свой удел.
Князья Пожарские верой и правдой служили московским правителям. Согласно записи в «Тысячной книге» за 1550 г., на царской службе состояли тринадцать стародубских князей. При взятии Казани отличился отец будущего полководца стольник Михаил Федорович Пожарский. Еще один князь Пожарский, Иван Федорович, был убит под Казанью.
В марте 1566 г. Иван Грозный согнал со своих уделов всех потомков стародубских князей. Причем беда эта приключилась не по их вине, а из-за «хитрых» интриг психически нездорового царя. Решив расправиться со своим двоюродным братом Владимиром Андреевичем Старицким, царь поменял ему удел, чтобы оторвать его от родных корней, лишить его верного дворянства и т. д. Взамен Владимиру было дано Стародубское княжество. Стародубских же князей скопом отправили в Казань и Свияжск. Среди них оказались Андрей Иванович Ря-половский, Никита Михайлович Сорока Стародубский, Федор Иванович Пожарский (дед героя) и другие.
Высылка стародубских князей была не только частью интриги Грозного против брата, но и элементом колонизации Казанского края. Стародубские князья приехали не одни, а со своими дружинами и дворней. Они получили довольно приличные вотчины и второстепенные должности в администрации Казанского края. К примеру, Михаил Борисович Пожарский был назначен воеводой в Свияжск. Стародубские князья беспощадно подавляли восстания татар и внесли большой вклад в колонизацию края.