16 августа хан Шах-Али прибыл в Казань. С ним прибыл гарнизон (300 касимовских татар и 200 русских стрельцов), который расположился вокруг дворца. На следующий день хан приказал собрать всех пленных у своего дворца и объявил им свободу. В первый день было освобождено 2700 человек. А всего в Свияжске было зарегистрировано 60 тысяч освобожденных невольников. Пленные являлись в Свияжск, а оттуда уже «все по своим местам, кому куда ближе, туды пошли».
Хан Шах-Али решил потребовать у Ивана IV возвращения горной стороны Казанскому ханству. То ли ему надоело быть московской марионеткой, то ли он понял, что без горной стороны ему не долго придется царствовать.
В октябре 1551 г. в Москву было отправлено посольство, и составе которого находилось много знатных казанцев — князь Нур-Али, ханский дворецкий князь Шах-Абас Шалов, бакши Абдулла и другие. Посольство просило Ивана IV уступить горную сторону, на что последовал категорический отказ царя. Тогда послы попросили хотя бы разрешить собирать подати на горной стороне в пользу Казани, то есть ввести там совместное правление. И на это последовал отказ. Мало того, бояре заявили послам, что те останутся в Москве в качестве заложников до полного освобождения всех русских невольников.
Естественно, эта акция вызвала недовольство в Казани. Князь Бибарс Растов с братьями возглавил заговор против Шаха-Али и вступил в переписку с ногайским ханом. О заговоре стало известно хану. Шах-Али поступил в лучших восточных традициях — пригласил заговорщиков на пир во дворец и велел верным мурзам перебить их всех за столом. Части заговорщиков удалось вырваться из дворца, но их уже поджидали сабли и бердышы русских стрельцов. Всего было убито 70 знатных татар. Несколько десятков заговорщиков бежало в Ногайскую орду.
Хан избавился от заговорщиков, но возбудил ненависть большинства жителей Казани. В Москве были хорошо осведомлены о ситуации в ханстве. Царь с боярами долго думали, как помочь хану, но в конце концов пришли к заключению, что его положение безнадежно. Было принято решение низложить Шаха-Али и назначить в Казань царского наместника.
В феврале 1552 г. в Казань прибыл царский посол Алексей Федорович Адашев с предложением Шаха-Али впустить в Казань русского наместника и сдать ему крепость. Хан категорически отказался, «и много о том речей спорных было». Шах-Али сказал: «Я мусульманин и не хочу восстать на свою веру», но дал согласие на отречение от престола.
5 марта Шах-Али объявил, что на следующий день он отправится на Дальний Кабан, где находилась крепость Касим, на подледный лов рыбы. На рыбалку были приглашены те князья и мурзы, которых Шах-Али подозревал во враждебном отношении к нему.
6 марта Шах-Али выехал из Казани в сопровождении 84 князей и мурз, а также 500 русских стрельцов. От Царских ворот кортеж двинулся к внешнему посаду Кураиш, а не повернул к Дальнему Кабану, как было объявлено. Недалеко от посада Кураиш кортеж остановился, князья и мурзы были окружены и разоружены русскими стрельцами. После этого Шах-Али обратился к ним со следующими словами: «Хотели вы меня убить, и просили великого князя низложить меня с престола, жаловались, что я вас притесняю, просили, чтобы вам дали наместника. Великий князь повелел мне выехать из Казани, и я еду к нему. Вас с собой повезу, чтобы там расправиться с вами». И увез их в Свияжск в качестве заложников. В тот же день в Казани была оглашена царская грамота, в которой говорилось, что «по казанских князей челобитью» государь низложил хана с престола и дал им своего наместника свияжского воеводу князя Семена Ивановича Микулинс-кого. Все казанские «лучшие люди» должны явиться в Свияжск и принести присягу наместнику. Таким образом, Казанское ханство присоединялось к Московскому государству. Известие это было встречено казанцами довольно спокойно.
На следующий день, 7 марта, Чапкун Отучев, Бурнаш и стрелецкий голова Иван Черемисинов прибыли в Казань и привели казанцев к присяге.
Царский наместник С.И. Микулинский должен был торжественно въехать в Казань 9 марта 1552 г. Вечером 8 марта в Казань прибыл его багаж с 70 русскими казаками.
Рано утром 9 марта наместник вместе с воеводами Иваном Васильевичем Шереметевым и князем Петром Серебряным и с довольно солидным войском двинулись к воротам Казани. Уже в черте нынешнего города Казани трое татар, сопровождавших наместника, — князь Ислам, князь Кебек и мурза Алике Нарыков — попросили у него разрешения ехать вперед. Микулинский разрешил, и татары уехали в город.
Достигнув Казани, Ислам, Кебек и Нарыков заперли крепостные ворота и распространили слух, будто русские едут с намерением устроить резню и перебить всех жителей. Горожан это встревожило, и многие кинулись вооружаться.
Когда наместник с боярами подъехал к воротам, их встретили выехавшие навстречу князь Кул-Али и И. Черемисинов. Последний доложил: «Лиха есмя по сесь час не видали; а те, перво как прибежали от вас князи, так лихие слова почали говорити, и люди замешались, иные на себя доспех кладут». Бояре подъехали к Царевым воротам, они оказались запертыми. Наместник и сопровождавшие его два дня стояли у ворот и пытались уговорить казанцев впустить их в город. Однако антирусски настроенная знать не только отказалась впустить князя Никулинского, но и не выпустила из города ранее прибывших туда русских стрельцов.