В 1490 г. в союзе с русским и крымским правительством казанцы участвовали в войне против Сарайского ханства. В 1491 г. Мухаммед-Эмин присоединил к Казанскому царству территорию Большой Орды между Волгой и Яиком с городами Сарай-Бату и Сарай-Берке.
Промосковская политика Мухаммеда-Эмина не нравилась многим казанским феодалам. Юсуф вместе с князьями Ураком, Агишем и Садиром вступили в переговоры с сибирским ханом Ибаком (Айбеком) и попросили направить в Казань его сына Мамука (Мамыка).
Весной 1496 г. царевич Мамук с большим войском вышел к Казани. Узнав об этом, Мухаммед-Эмин обратился за помощью к Ивану III. Из Нижнего Новгорода на судах прибыли русские войска под командованием князя Семена Рябловско-го. Когда о прибытии в Казань русского войска стало известно Мамуку, он применил следующую военную хитрость: демонстративно развернул свое войско и отправился обратно домой. Тайные сторонники Юсуфа постарались убедить хана Мухаммеда-Эмина в том, что опасность миновала, тот поверил и отпустил русские войска. Об этом тотчас сообщили Мамуку, и тот быстро, но скрытно подошел к Казани. Сторонники Юсуфа открыли ворота и впустили отряды Мамука в город. Мухаммед-Эмин с женами и несколькими князьями бежал в Москву.
Став ханом, Мамук резко повысил налоги с казанских купцов и ремесленников, не стал считаться с мнением тех князей, которые привели его к власти. У его покровителя эмира Юсуфа были свои виды на него — Юсуф хотел использовать Мамука и его войска для уничтожения военной опоры своего сводного брата Бураша. Поэтому он велел хану захватить Эчке-Казан (Внутреннюю Казань, Арский город в русских летописях).
На помощь Бурашу пришел князь Урак, и они вместе наголову разбили Мамука. Когда побитый хан вернулся, у стен Казани он увидел большое войско. Как сказано в «Своде бул-гарских летописей», казанцы сказали ему: «Нам не нужен хан, грабящий свой народ!» и прогнали его из ханства. Относительно дальнейшей судьбы Мамука существуют разные версии. По одной из них будто бы Мамук направился в ногайские степи, а по другой — ушел к себе домой в Сибирь.
После отъезда Мамука Казанью завладел Бураш. Было создано Временное правительство во главе с князем Кул-Маме-том (Кель-Ахмед в русских летописях). В Москву было отправлено посольство, возглавляемое князем Кул-Маметом. Послы заявили Ивану III о желании казанского правительства возобновить прежние договора. Кроме того, от имени сеида Бураша князь Кул-Мамет попросил московского государя дать казанцам хана, но только не Мухаммед-Эмина. Иван III решил отправить в Казань Абдул-Латыфа (Гадель-Латыфа) — единоутробного младшего брата Мухаммед-Эмина, младшего сына хана Ибрагима и Нурсултан.
Абдул-Латыф родился в Казани около 1475 г. Когда его мать в 1480 г. вышла замуж за Менгли Гирея, царевич уехал вместе с ней в Бахчисарай, где и провел свое детство и юность. Дружественные отношения, в которых находилось Крымское ханство с Россией, побудили хана Менгли Гирея отправить Абдул-Латыфа, как только тот достиг совершеннолетия, на службу к Ивану III. В Москве хорошо приняли Абдул-Латыфа и дали ему в удел город Звенигород.
Абдул-Латыф выехал из Москвы в конце апреля 1497 г. в сопровождении русского войска под командованием князей Семена Холмского и Федора Палицкого, которые и посадили Абдул-Латыфа на царство, и привели к присяге (шерти) «за великого князя всех князей казанских, уланов и земских людей по их вере». А Мухаммед-Эмину Иван III вместо Казани дал на кормление Каширу, Серпухов и Хотунь со всеми пошлинами. Но и здесь Мухаммед-Эмин не угомонился, по словам летописца, «жил с насильством и алчно ко многим».
В 1499 г. сибирский царевич Агалак, брат Мамука, и князь Урак устроили поход на Казань. Узнав об этом, хан Абдул-Латыф обратился за помощью к Ивану III. Из Нижнего Новгорода срочно прибыли войска: пехота на судах под командованием воеводы Ивана Суздальского и конница посуху под началом Федора Бельского. Агалак и Урак не рискнули принять бой с объединенными русско-казанскими войсками и повернули назад.
В 1500 г. эмир Юсуф предпринял очередную попытку овладеть Казанью. В поход он отправил наемных ногайцев ак-мангытов под командованием мурз Мусы и Ямгурчи. Ногайцы ворвались в посад Кураиш, и князь Утяш с остатками своего отряда укрепился в районе мечети «Отуз» (на месте современной казанской мечети «Нурулла» на ул. Кирова). Вскоре ему на помощь пришли русские войска под командованием князей Михаила Курбского и Петра Лобана, размещенные в Ташаякском ураме. Русские ратники приставили лестницы и бревна к частоколу, отделявшему урам от посада, и перелезли через него. Оказавшись с двух сторон зажатыми русскими войсками и отрядом Утяша, ногайцы в панике бежали из посада и убрались восвояси.
В 1501 г. Абдул-Латыфу надоела опека со стороны эмира Бураша, и он вступил в контакт с эмиром Юсуфом. Вскоре Бурашу стало известно об этих переговорах, и он отправил кляузу в Москву.
В январе 1502 г. Иван III отправил в Казань князя Василия Ноздреватого и Ивана Телешова с приказом схватить Абдул-Латыфа «за его неправду». С помощью сеида Бураша и князя Кул-Мамета воеводы быстро справились с заданием и доставили Абдул-Латыфа в Москву. Через некоторое время его сослали в Белозерск.