13 декабря 1904 года Николая Васильевича не стало. Он был похоронен вблизи Полтавы.
Значение Н. В. Склифосовского в истории русской хирургии очень велико. Он жил в одну из самых интересных эпох хирургии: середина XIX века ознаменовалась важными открытиями — введением метода Листера, т. е. введением антисептики, и введением общего наркоза эфиром и хлороформом. Эти открытия разделили историю хирургии на два периода. Гнойные воспаления и гангрены (омертвления) приводили к высокой смертности среди пациентов. Отсутствие наркоза вело к значительному ограничению применения хирургических вмешательств: только кратковременные операции можно было перенести без тяжелых мучительных болей. Хирурги сделались техниками — виртуозами. Чтобы сократить время операции, они старались развить технику быстрого оперирования. Надо удивляться блестящей оперативной технике, которую приобрели хирурги того времени; продолжительность операции исчислялась минутами, а иногда и секундами.
Н. В. Склифосовскому принадлежит большая заслуга внедрения в хирургическую практику принципов антисептики, то есть обеззараживания. Как часто бывает, новые открытия не всегда входят в жизнь легко. Так было и с антисептикой. Даже крупные специалисты Европы и России долго не хотели признать метод, который открыл новую эпоху в хирургии.
Как хирург Н. В. Склифосовский пользовался заслуженной мировой славой. Можно сказать, что во второй половине XIX века среди хирургов он был наиболее крупной фигурой. Талантливый ученик и последователь Н. И. Пирогова, Н. В. Склифосовский тщательно изучал анатомию. Уже в начале своей работы в Одессе он обычно после занятий в операционной и палатах шел заниматься изучением анатомии и оперативной хирургии. Он засиживался за изучением анатомии иногда до полного изнеможения, так что однажды его нашли лежавшим около трупа в состоянии глубокого обморока.
Благодаря постоянному изучению основ хирургии, Н. В. Склифосовский блестяще владел оперативной техникой. Он шел не только в ногу с веком, но как ученый и хирург часто опережал его. Н. В. Склифосовский оперировал во всех областях хирургии; он был одинаково блестящим хирургом как в мирной, так и в военно — полевой хирургии. Это явилось следствием исключительной одаренности Н. В. Склифосовского и его неустанных занятий в операционной, на поле боя, в библиотеке, в заграничных и отечественных клиниках. Неудивительно, что даже крупнейшие хирурги называли Н. В. Склифосовского «золотыми руками».
Работа Н. В. Склифосовского в военно — полевых госпиталях стала настоящим подвигом, ведь через руки Н. В. Склифосовского прошло 10 000 раненых.
Занимаясь всю жизнь научной хирургией, Н. В. Склифосовский сделал много для организации науки в России.
Много сделал Н. В. Склифосовский для создания клинического городка на Девичьем поле в Москве, где в дальнейшем возникли клиники Московского университета (ныне 1–го Московского медицинского института).
Придавая большое значение усовершенствованию врачей, Н. В. Склифосовский с жаром взялся за дело организации Института усовершенствования врачей в Петербурге. Как из Одессы не хотели отпустить еще молодого хирурга Склифосовского и предлагали ему профессорское содержание «не в пример прочим», так неохотно отпускала Н. В. Склифосовского и Москва.
За семь лет заведования Институтом усовершенствования врачей Н. В. Склифосовский (в эту должность он вступил в 60 лет) построил новые здания, электрифицировал их, добился значительного увеличения ассигнований на институт, перестроил операционные, увеличил штаты, оклады и т. д. За это время институт вырос в учреждение, каким могла гордиться Европа. Неудивительно, что в день 25–летия профессорской деятельности среди сотен телеграмм, полученных Н. В. Склифосовским, была телеграмма из Лозанны от профессора Ларгье де Вексель: «Вы стоите во главе учреждения, которому другие народы Европы завидуют».
Мы видим в Н. В. Склифосовском не только блестящего врача, хирурга, профессора, оратора, но и гражданина своей страны, гордого успехами отечественной хирургии, смело потребовавшего от Европы и Америки на международном съезде признания за русской хирургией прав самостоятельности.
Международный съезд хирургов в Москве в 1897 году притек большое число участников. Немецкий ученый Р. Вирхов обратился от имени съезда к Н. В. Склифосовскому как организатору съезда:
«Мы встретили здесь человека, авторитет которого признается представителями всех отраслей медицинской науки, человека, который с полным знанием всех требований врачебной практики соединяет в себе также и качество врача, который обладает духом братства и чувством любви ко всему человечеству… Вы подняли знамя учителя хирургии из охладевшей руки великого Пирогова и высоко несете его впереди многочисленных учеников и соратников, как достойный преемник знаменитого наставника».
Накануне Международного съезда хирургов состоялось торжественное открытие памятника Н. И. Пирогову. Этот памятник был воздвигнут благодаря инициативе, энергии Н. В. Склифосовского, лично добившегося «высочайшего разрешения» на установку памятника, и сооружен на собранные частные пожертвования, а не на казенный счет. Это был первый памятник ученому в России.