Самой продуктивной и наиболее богатой по своим последствиям являлась его большая экспедиция на Каспий, которая продолжалась с небольшими перерывами четыре года (1853 1856).
Хищнический лов рыбы в устье Волги и на Каспии — районе, дававшем пятую часть всей рыбной продукции тогдашней России, — привел к катастрофическому падению улова рыбы и грозил потерей этой главнейшей рыболовецкой базы. Для исследования рыбных богатств Каспия была организована большая экспедиция, во главе которой встал шестидесятилетний К. М. Бэр. Он избороздил Каспий в нескольких направлениях от Астрахани до берегов Персии. Он установил, что причина падения улова вовсе не в оскудении природы, а в хищнических способах лова рыбы и нерациональных примитивных методах ее обработки, которые он назвал «безумным расточением даров природы». К. М. Бэр пришел к выводу, что причиной всех бедствий является непонимание того, что существующие способы лова не давали рыбе возможности размножаться, так как вылавливали ее до нереста (икрометания) и этим обрекали промысел на неизбежное падение. К. М. Бэр выступил с требованием введения государственного контроля за охраной рыбных запасов и их восстановления.
Практические выводы, основанные на работах этой экспедиции, К. М. Бэр изложил в своих известных «Предложениях для лучшего устройства каспийского рыболовства», в которых он разработал ряд правил к «выгоднейшему употреблению продуктов рыболовства». Стараниями К. М. Бэра новая каспийская сельдь пришла на смену «голландской» сельди, ввоз которой к нам прекратился из?за Крымской кампании. Научив заготовлять каспийскую сельдь, К. М. Бэр на миллионы рублей увеличил национальное богатство страны.
К. М. Бэр был одним из инициаторов и учредителей Русского географического общества, в котором он был выбран первым вице — президентом.
«Как можно продолжать требовать от образованного человека знать подряд всех семерых царей Рима, существование которых безусловно проблематично, и не считать позором, если он не имеет понятия о строении собственного тела… я не знаю задачи более достойной свободного и мыслящего человека, как исследование самого себя».
Помимо этого К. М. Бэр много работал в области краниологии — учения о черепе.
Он же положил начало краниологическому музею Академии наук, который является одной из богатейших коллекций этого рода в мире. Из всех остальных его работ мы остановимся только на его исследованиях, посвященных папуасам и альфурам, которые, в свою очередь, вдохновили нашего выдающегося исследователя и путешественника Миклухо — Маклая на изучение этих народов в Новой Гвинее.
К. М. Бэр читал лекции по анатомии в Медико — хирургической академии и организовал при ней для подготовки врачей Анатомический институт. В качестве руководителя его он привлек нашего знаменитого соотечественника, выдающегося хирурга и гениального анатома — Н. И. Пирогова. К. М. Бэр написал ряд блестящих статей для широкой публики по антропологии и зоологии.
К. М. Бэр был чрезвычайно жизнерадостный человек, очень любивший общение с людьми и сохранивший эту черту до самой смерти. Несмотря на всеобщее преклонение и восхищение перед его дарованием, он был чрезвычайно скромен и многие свои открытия, как, например, открытие яйца млекопитающих, приписывал исключительно острому зрению в годы своей юности. Внешние почести его не прельщали. Он был убежденным врагом титулов. За время его долгой жизни ему пришлось поневоле присутствовать на многих юбилеях и торжествах, организуемых в честь него, но всегда он был ими недоволен и чувствовал себя жертвой. «Гораздо лучше, когда тебя бранят, тогда, по крайней мере, можно возражать, а при похвалах это невозможно и приходится выносить все, что над вами делают», — сетовал К. М. Бэр. Зато он очень любил устраивать празднества и юбилеи другим.
Заботливое отношение к чужим нуждам, помощь в несчастье, участие в восстановлении приоритета забытого ученого, восстановление доброго имени несправедливо пострадавшего человека, вплоть до помощи из личных средств, были обычным явлением в жизни этого большого человека. Так, он взял под свою защиту Н. И. Пирогова от нападок прессы и личными средствами помог венгерскому ученому Регули закончить научные работы.
К. М. Бэр высоко ценил заслуги простого народа в деле научного исследования своей страны. В одном из своих писем к адмиралу Крузенштерну он писал: «Простонародье почти всегда пролагало путь научным изысканиям. Вся Сибирь с ее берегами открыта таким образом. Правительство всегда только присваивало себе то, что народ открывал. Таким образом присоединены Камчатка и Курильские острова. Только позже они были осмотрены правительством… Предприимчивые люди из простонародья впервые открыли всю цепь островов Берингова моря и весь русский берег Северо — Западной Америки. Смельчаки из простонародья впервые прошли морской пролив между Азией и Америкой, первыми нашли Ляховские острова и Много лет посещали пустыни Новой Сибири до того, как об их существовании что?либо знала Европа… Всюду со времен Беринга научное мореходство только следовало по их стопам…»