С укрупнением полка «Бранденбург» и превращением его в дивизию в конце октября 1942 г. произошла и перегруппировка этого соединения на основе накопленного опыта и в силу серьезно увеличившейся численности. Было создано очень большое количество мелких и в основном легковооруженных боевых групп. Командиром дивизии был назначен полковник Хелинг фон Ланценауэр. Дивизия подчинялась напрямую управлению «Абвер/Аусланд». Во время действий на фронте части и подразделения дивизии подчинялись тем армиям и группам армий, в чьих полосах они действовали. После переформирования в дивизию теперь входили четыре полка, предназначенных для ведения спецопераций на фронте (это были 1 й, 2 й, 3 й и 4 й полки). Что касается 5 го полка, то он вскоре был назван «Курфюрст». Его задача состояла только в том, чтобы готовить и поставлять специалистов — офицеров и солдат — для планируемых абвером-II операций.
Недостатка в таких операциях не было даже в периоды тяжелых оперативных кризисов 1942 — начала 1943 г. Так, 5 декабря 1942 г. две полуроты 1 го батальона 4 го полка дивизии «Бранденбург» во главе с капитаном Кёненом направились в Тунис, а 26 декабря Кёнен с 30 солдатами вылетели на трех тяжелых планерах с аэродрома Бизерты. Они имели задачу разрушить железнодорожный мост через вади Эль-Кебир. Операция прошла успешно. В тот же день лейтенант Хагенауэр с 10 «бранденбуржцами» также на планерах совершили налет на мост севернее Кассерина, но операция не удалась: отряд был захвачен в плен французским разведбатальоном. 10 января группа лейтенанта Лухса выехала на грузовой автомашине из Кебили, чтобы взорвать мост через вади Меллег на юге Туниса, через который проходил важный путь снабжения войск западных союзников. Мост был разрушен. Здесь, на североафриканском ТВД (театре военных действий), использовались также немецко-арабские диверсионные группы, в частности — команда «бранденбуржцев» в составе 150 человек. Однако время для их более широкого и успешного применения уже ушло. В 1943 г. борьба в Северной Африке уже близилась к концу.
В начале 1943 г. из частей дивизии «Бранденбург», сильно потрепанных на Кавказе, на Балканах и в Северной Африке, была сформирована, по сути, новая дивизия. В это время умер полковник Ланценауэр, и Канарис искал ему в замену такого офицера, который имел бы богатый фронтовой опыт, был бы хорошим штабным офицером и политически «надежным» в плане оппозиции. По предложению Остера выбор пал на полковника (впоследствии — генерал-лейтенант) фон Пфульштайна, отличившегося в тяжелых боях под Демянском в России. Когда Пфульштайн прибыл в январе 1943 г. в штаб оперативного руководства вермахта (ОКВ) и представился генерал-полковнику Йодлю, тот ему сказал: «У штаба нет для театров ОКВ никаких собственных войск. Каждую дивизию приходится с трудом выпрашивать у возмущающихся штабников ОКХ. Всякая передача какой-либо дивизии из ОКХ в ОКВ — это повод для споров, решать которые приходится лично фюреру. Это недостойное и нетерпимое положение! Поэтому новая дивизия «Бранденбург» станет единственным соединением, подчиненным штабу ОКВ. А боевые задачи ей буду ставить я сам!». И с тех пор абвер и Канарис перестали оказывать какое-либо влияние на использование этой дивизии особого назначения.
В мае 1943 г. новая дивизия была расквартирована совсем по-новому: 1 й полк (командиры — сначала майор Хольманн, затем — майор Вальтер) дислоцировался теперь в районе Салоники — Афины; 2 й полк — на юге Франции; 3 й (командир — майор Якоби) — на востоке в полосе группы армий «Центр». Поскольку весной 1943 г. серьезно активизировалась борьба с партизанами на Балканах, 4 й полк был переведен в Югославию. Впервые этот полк (командир — подполковник Хайнц) был введен в действие против партизан Тито во время серьезного сражения в Национальном парке Сутьеска. Исход сражения долго не был ясен: стороны несли большие потери, и тогда Хайнц, ознакомившись с ситуацией в Сербии, принял самостоятельное решение воспользоваться междоусобицей среди югославских партизан. Он выбрал союз с генералом Дражей Михайловичем, который возглавлял движение четников, придерживавшихся националистическо-монархической ориентации. Полк действовал тогда на юге Сербии в районе Косовска-Митровица. Здесь к «бранденбуржцам» примкнул и будущий албанский министр внутренних дел Джавер Дева, который после войны эмигрировал в Соединенные Штаты. Хайнцу удалось заключить с Михайловичем, враждовавшим с коммунистами, временный договор о взаимодействии. Он доложил об этом по команде в штаб ОКВ. Генерал-полковник Йодль возмутился таким самоуправством Хайнца и перевел его в другую часть. Командующий немецкими войсками на Юго-Востоке генерал-фельдмаршал барон фон унд цу Вейхсан дем Клон издал в связи с этим приказ, запрещающий всякое сотрудничество с Михайловичем.
Однако весной 1943 г. Хайнц по поручению генерала Ольбрихта, начальника общего управления военного министерства, встретился в Лётцене с генерал-лейтенантом Хойзингером, шефом оперативного отдела ОКХ. Они обсудили становящуюся все более критической обстановку на фронтах. По мнению Хойзингера, катастрофа была неминуема и ждать ее оставалось недолго, однако — и он подчеркнул это — «на генералов надеяться нечего… Они способны лишь на то, чтобы хоть как то смягчить последствия ошибок Гитлера при руководстве войной. Все должно прийти к концу… без всяких переворотов, без надежды на спасение». Пфульштайн немедленно дал отчет об этом разговоре Ольбрихту, Канарису и Остеру.
15 апреля 1944 г. Пфульштайн был по доносу гестапо снят с должности командира дивизии «Бранденбург». Его назначили командиром 50 й пехотной дивизии на Восточном фронте, а после 20 июля арестовали и до начала декабря держали в подвалах дома на Принц-Альбрехтштрассе. Потом перевели в военно-карательное учреждение в Кюстрине. В начале февраля 1945 г. он был разжалован в капитаны и отправлен в штрафной батальон. А тем временем полки дивизии «Бранденбург» были разбросаны по Восточному фронту, Балканам, островам Эгейского моря, Сардинии и Италии.
Трагедией этого крупного организационно-оперативного мероприятия стало то, что основная масса «бранденбуржцев» в дальнейшем использовалась как обычная пехота для «затыкания дыр» на разных фронтах. Тем самым это формирование лишили его первоначальных задач — ведения смелых разведывательных рейдов, внезапных тайных вылазок, установления связи с этническими группами, ждавшими (как в СССР или в британских колониях) помощи в борьбе с советским или британским господством. Ну а действуя «по-пехотному», эти части разделили судьбу «войск, выдаваемых напрокат» и оказывающихся в топках самых тяжелых сражений. И речь об их использовании по прямому назначению заходила крайне редко.
Этот последний этап пути дивизии «Бранденбург» был поистине горьким. Начав с ярких и многообещавших успехов, она в руках штаба ОКВ стала поставщиком отдельных частей и закончила свой путь в составе танкового корпуса СС «Гроссдойчланд» («Великая Германия»). В какой-то момент «Бранденбург» оказался в довольно неясном, двойственном положении: с одной стороны, им руководили Канарис и отдел абвер-II, а с другой — он попадал в руки какого-то фронтового командира, на чьем участке действовали части или подразделения «Бранденбурга». Высшее командование на фронтах, как правило, испытывало к ним недоверие. Нередко части «Бранденбурга» путали со штрафными — 500 м и 999 м батальонами, и были случаи, когда высшее командование (в армиях и группах армий) смотрело на них как на выпущенных из тюрем уголовников. Такую ошибку, кстати, допустил даже такой опытный начштаба 14 й армии генерал-майор, а позднее — генерал-фельдмаршал Модель. Он случайно наблюдал за действиями «бранденбуржцев» на одном из учений и решил, что перед ним штрафная рота.
