23 сентября члены Политбюро опросом приняли решение № П3166: «разрешить т. Ежову выехать в Сочи» . Однако и эта информация не насторожила наркома: за несколько часов перед тем поступило спецдонесение из Западносибирского края о происшедшем ночью взрыве метана на шахте «Центральная» в Кемерове; за это событие местные чекисты сразу ухватились: новый начальник управления НКВД по Западной Сибири Курский старался оправдать оказанное доверие и провести у себя собственный «открытый процесс» по образу и подобию процесса Каменева – Зиновьева в Москве. Поглощенный этой новостью Ягода просто проглядел, какая опасность угрожала ему от предстоящей встречи Ежова со Сталиным. Шли своим чередом и другие события, отвлекавшие внимание Ягоды. Одно из них – раздувание «дела астрономов», известного также как «Пулковское дело» (по названию старейшей в нашей стране Пулковской астрономической обсерватории). Суть его состояла в том, что арестованного директора Астрономического института Б.В. Нумерова обвинили в создании из числа видных советских ученых-астрономов «троцкистско-зиновьевской организации», путем вредительства в области наблюдательной астрономии, «ставившей своей целью свержение Советской Власти и установление на территории СССР фашистской диктатуры» .
Дело при всей немыслимой бредовости обвинений достигло поистине космического масштаба, и руководство НКВД решило придать ему соответствующий размах, привлекая к делу помимо астрономов также представителей смежных научных дисциплин: геофизиков, метеорологов, климатологов. Выйдя за пределы Ленинграда, следствие приступило к арестам по всей стране. В частности, 20 сентября был взят под стражу в Зыряновске на Алтае геофизик, сотрудник Центрального научно-исследовательского геологоразведочного института (ЦНИГРИ) Ю.Н. Лепешинский. К их показаниям следовало отнестись внимательно, не допуская в этом деле халтуры: первый секретарь Ленинградского обкома А.А. Жданов неплохо разбирался в вопросах метеорологии и климатологии, сохраняя к ним интерес еще со студенческой скамьи , для Сталина метеорология вообще являлась единственной специальностью: в юности после отчисления из семинарии он около года работал на Тифлисской метеостанции, после чего на много лет ушел в революционную деятельность. Поэтому погром в этих научных областях следовало начинать с оглядкою, дабы не вызвать вмешательства Сталина и Жданова: не случайно расследование приобрело особый размах, пока оба они отдыхали на юге.
24 сентября, управившись с этими делами, по всей видимости, Ягода провел выходной день на своей даче в привычной обстановке пьянства и лести со стороны приближенных. Они аппетитно вкушали деликатесы с коллекционной антикварной посуды, благоприобретенной щедрым хозяином из конфиската . Если это так, то был поистине Валтасаров пир. Тучи над головой этих пока всемогущих людей начали сгущаться и в тот же день разразились грозой. Сталин в те самые часы в «Зеленой роще» обсуждал с Ежовым проект своего обращения в Политбюро с требованием сместить Ягоду. Это было очень важное решение. Если Ягода перехватит сообщение, он легко может изолировать членов Политбюро в Москве и дальше ситуация станет непредсказуемой. Как быть?
25 сентября сытый, довольный своим положением Ягода появляется на работе в наркомате. В этот же день он подписывает приказ по недостаткам, выявленным им при инспектировании Бутырского следственного изолятора; по тексту приказа видно, что он намерен контролировать его исполнение, для чего создал специальную комиссию в составе Миронова, Шанина и Островского . В тот же день Особотдел доложил ему об аресте на Украине комдива Юрия Саблина, в прошлом левоэсера, который, перебежав на сторону большевиков, крепко отличился, участвуя в подавлении Кронштадтского восстания своих бывших товарищей по партии. И после этого он верой и правдой служил большевистскому режиму, пока тот не решил от него избавиться. Дело о «военно-фашистском заговоре» приобретало размах. Удовлетворенно выслушивая рапорт об этом, Ягода не знал, что в тот роковой день решилась не только судьба старого перебежчика Саблина, но и его собственная. Судьба Саблина – последняя кость, брошенная Сталиным «цепному псу», как называл себя Ягода, чтобы одновременно затянуть поводок на его шее. Зашифрованная средствами партийной курьерской фельдсвязи (единственный вид коммуникации, не подконтрольный Ягоде), вечером Кагановичу в Москву (вероятнее всего, лично Ежовым, возвращавшимся скорым поездом в столицу) доставлена депеша Сталина № 1360ш со словами: «Первое. Считаем абсолютно необходимым и срочным делом назначение тов. Ежова на пост наркомвнудела. Ягода явным образом оказался не на высоте своей задачи в деле разоблачения троцкистско-зиновьевского блока. ОГПУ опоздал в этом деле на 4 года. Об этом говорят все партработники и большинство областных представителей Наркомвнудела. Замом Ежова в Наркомвнуделе можно оставить Агранова. Второе. Считаем необходимым и срочным делом снять Рыкова по Наркомсвязи и назначить на пост Наркомсвязи Ягоду. Мы думаем, что дело это не нуждается в мотивировке, так как оно и так ясно… Ежов согласен с нашими предложениями… Само собой разумеется, что Ежов остается секретарем ЦК». Возглавлявший всю систему правительственной охраны Паукер находился в это время со Сталиным в Сочи, где обеспечивал его безопасность, а в его отсутствие Ягода попросту проглядел доставление шифротелеграммы. Вероятнее всего, одновременно с ее вручением Каганович получил устные инструкции о том, как ему действовать дальше.