Летом 1936 г. Ежов представлял Сталину проекты резолюций ЦК, направленных на выявление скрытых троцкистов и изгнание их из аппарата госучреждений . О том, что к числу таких учреждений принадлежит и сам НКВД, его руководители до поры до времени не могли подумать и в страшном сне. При этом Ежов участвовал в проводимых Молчановым совещаниях в центральном аппарате НКВД. На словах он всячески поддерживал Молчанова и его мероприятия по расследуемому делу, на деле же внимательно следил за внутренними склоками среди руководства НКВД. Особое положение Молчанова вызывало недовольство и зависть остальных руководителей госбезопасности. На совещаниях говорили о том, что наиболее упорных подследственных, не желающих давать нужных показаний, он передавал работникам других отделов, временно командированным в его оперативное подчинение, а своим сотрудникам передавал тех обвиняемых, кто уже во всем признался. Ревниво относясь к своим инквизиторским «изобретениям», он запрещал их использовать другим, не менее рьяным карьеристам. «Методы такого рода, – поучал Молчанов, – могут применяться только в виде исключения по отношению к особо важным обвиняемым, да и то лишь по специальному разрешению товарища Ежова. А вам необходимо вести следствие так, чтобы арестованный ни на секунду не усомнился, что вы действительно считаете его виновным. Можете играть на его любви к семье, на специальном постановлении, касающемся детей, в общем, на чем хотите, но соглашаться с арестованным, что он лично не виновен, и такой ценой получать его признание – абсолютно недопустимо!» Подобная исключительность положения Молчанова крайне раздражала остальных. Эти вроде бы малозначительные аппаратные склоки, внимательно отслеживаемые Ежовым, впоследствии были им использованы, когда отчаянный фаталист Молчанов исчерпал милости Фортуны.
Молчанов понимал не хуже других, какую игру задумал против него Ежов. Он и его помощник И.В. Штейн начали скрывать от Ежова некоторые материалы следствия, распорядились при появлении Ежова не вести между сотрудниками разговоров на служебные темы, допросы прекращать. Узнав об этом, Ежов избрал тактику внезапных приездов из здания ЦК на Лубянку, без предупреждения требовал выдать ему из Внутренней тюрьмы заключенных и сам их допрашивал, стал запрашивать информацию от различных сотрудников НКВД в обход Молчанова и Штейна . Те регулярно докладывали об этом Ягоде, который старался дискредитировать Ежова, постоянно напоминая Сталину о некомпетентности партаппаратчика Ежова в оперативной работе. Ежов со своей стороны подавал это как «смазывание и сворачивание дел».
Представляется, что Сталин не верил ни Ягоде, ни Ежову. Ему важно было вбить клин в руководство НКВД, противопоставив Ягоде двух его заместителей – Агранова и Прокофьева. Агранов был уже задет тем, что его подчиненный Молчанов стал к лету 1936 г. второй по значимости (после наркома) фигурой в наркомате. Ежов нарочно подогревал это раздражение, общаясь напрямую не с Аграновым, а с Молчановым. Георгий Прокофьев некогда являлся ключевой фигурой в органах госбезопасности и до 1931 г. возглавлял Экономическое управление, а затем стал начальником Особотдела ГПУ. Но после дела «Весна» Ягода, избавившись от «пятерки», решил заодно сплавить и Прокофьева: его перевели в рабоче-крестьянскую инспекцию. Потом, правда, он стал заместителем Ягоды, но тот держал его на второстепенных участках; сначала Прокофьев курировал работу милиции, а затем стал председателем спортобщества «Динамо». Естественно, положение почетного «динамовца» не могло его устраивать. И он, конечно, не мог любить Ягоду. 23 февраля 1935 г., пользуясь, видимо, тем, что Ягода отмечал день Красной Армии, Прокофьев за его спиной направил непосредственно Сталину секретное донесение о том, что у одного из арестованных при обыске изъят личный архив Троцкого за 1927 г. Именно это донесение Прокофьева послужило непосредственным поводом для сталинской резолюции: «Чрезвычайно важное дело, предлагаю передать архив Ежову, во-вторых, назначить Ежова наблюдать за следствием, чтобы следствие вела ЧК совместно с ЦК» . Спустя год «наблюдения за следствием» Ежов приступил, как уже было сказано, к ловле «шпионов» в самом аппарате НКВД.
Сталин запомнил готовность Прокофьева предать своего шефа Ягоду и, словно опытный шахматист, к середине лета 1936 г. продумал изящную комбинацию, позволившую ему разыграть обе фигуры – Агранова и Прокофьева – против Ягоды. Раздражение их в отношении слишком ретивого начальника отдела – Молчанова – было удачно использовано Ежовым для того, чтобы вступить летом 1936 г. втайне от Ягоды в переговоры с Аграновым.
Впоследствии Агранов рассказал на одном из совещаний работников центрального аппарата НКВД о том, как именно происходил его контакт с Ежовым: «Ежов вызвал меня к себе на дачу. Надо сказать, что это свидание носило конспиративный характер. Ежов передал указание Сталина на ошибки, допускаемые следствием по делу троцкистского центра, и поручил принять меры, чтобы вскрыть троцкистский центр, выявить явно невскрытую террористическую банду и личную роль Троцкого в этом деле. Ежов поставил вопрос таким образом, что либо он сам созовет оперативное совещание, либо мне вмешаться в это дело. Указания Ежова были конкретны и дали правильную исходную нить к раскрытию дела.