Сталин продержал его в южной ссылке под домашним арестом целых шесть недель . Разумеется, это вызвало чрезвычайное раздражение Молотова по отношению к Ягоде, проявившему такую инициативу в деле надзора за опальным главою советского правительства. Принято считать, что причиною этого поступка Сталина стало отрицательное отношение Молотова к предстоящей судебной расправе над бывшими членами Политбюро . Видимо, руководствуясь инстинктом самосохранения, Молотов хотел бы получить гарантии личной неприкосновенности для членов Политбюро, одним из которых он являлся. Возможно, у Сталина действительно имелось намерение демонстративно проучить Молотова: даже после возвращения в Москву его фамилия так и не появилась в списке вождей Советского государства, которых якобы планировали убить зиновьевцы, хотя в нем фигурировало большинство остальных членов Политбюро и даже кандидаты в члены Политбюро . Версия сталинского гнева выглядела очевидной и оказалась настолько живучей, что высказывается и в наши дни .
Однако это был скорее всего отвлекающий маневр. Лишь со временем выяснилось, на что в действительности был направлен сталинский замысел и для чего именно Сталину понадобилось вызвать у председателя Совнаркома Молотова раздражение и неприязнь по отношению к Ягоде. А тот, ни о чем не подозревая, чувствовал себя хозяином положения.
Попытаемся реконструировать один день, прожитый Ягодой, а именно, 15 июля 1936 г. По степени важности первым докладом в тот день должно было стать сообщение ИНО о событиях в Испании, где со дня на день ожидалось начало гражданской войны. В этот день глава испанской компартии Х. Диас сделал провокационное заявление на этот счет в испанском парламенте, несомненно, согласованное с Коминтерном. Испанские события в июле 1936 г. находились в центре внимания Сталина и сводки об этом наверняка поступали Ягоде ежедневно.
В тот же день состоялось очередное заседание внесудебного карательного органа – Особого совещания при НКВД (Ягода должен был предварительно завизировать выносимые этим органом приговоры). Еще одно спецдонесение не могло не порадовать злое сердце главы НКВД – 15 июля в подмосковном селе Удельное (ныне поселок) перестало биться сердце первого президента Академии наук СССР, избранного на этот пост еще до Октябрьской революции, выдающегося российского геолога Александра Петровича Карпинского. Он принадлежал к старому, дореволюционному поколению академиков, которое с начала 30-х гг. при активном содействии НКВД начали усиленно вытравливать. Их подвергали публичной обструкции, запрещали публиковать свои труды за рубежом, изгоняли с преподавательской работы, закрывали перед ними двери научных учреждений и лабораторий, травили в печати. В конце 20-х гг. численность действительных членов Академии была удвоена, чтобы разбавить дореволюционное поколение ученых так называемой красной профессурой, наскоро подготовленной из агрессивно настроенного «пролетарского студенчества». Прямым решением Совнаркома без согласования с Академией в ее устав был внесен п. 24, предписавший ей лишать академического звания ученых, «приносящих вред СССР». Чтобы унизить А.П. Карпинского, ему разрешили обращаться в высшие партийные инстанции по любому вопросу только через председателя Госплана Глеба Кржижановского, известного тем, что он сочинил революционную песню «Варшавянка», чем его вклад в сокровищницу человеческой мысли и ограничился, навязанного Академии в качестве вице-президента.
В 1933 г. ведомство Ягоды начало разрабатывать в отношении большой группы ученых насквозь фальшивое дело «Об антисоветском Национально-фашистском центре». А.П. Карпинский умер в самый разгар публичной травли выдающегося математика с мировым именем, основоположника целой научной школы академика Н.Н. Лузина. В отношении него были получены бредовые показания, будто он лично встречался с Гитлером и получал от него какие-то «инструкции». Центральная печать пестрела злобными статьями на эту тему с названиями вроде «О врагах в советской маске», коллеги и ученики спешили отмежеваться от опального академика. Кстати, 15 июля Ягода мог прочитать в «Правде» очередную статью из этой серии: «Академик Губкин о так называемом академике Лузине». Кампания травли «так называемого» академика шла полным ходом: устраивались митинги в учебных и научных заведениях, где задавленные страхом перед всевидящим оком НКВД ученые единодушно клеймили одного из самых выдающихся представителей отечественной математики . Чтение «академических» материалов 15 июля должно было доставить желчному Ягоде несколько приятных минут. К слову сказать, новый президент Академии был избран лишь спустя полгода, после основательной «чистки» научно-академических кругов.
Наконец, так сказать, на десерт, Ягода вероятнее всего оставил самую приятную новость. К нему на прием явился посетитель, некто А.И. Преображенский, директор Художественного музея из города Горький (Нижний Новгород) и сообщил радостное известие: глава Горьковского УНКВД М. Погребинский, известный своими литературными увлечениями, пригласил его написать вдвоем книгу о героическом пути народного комиссара Г.Г. Ягоды. Примечательно, что Погребинский любил описывать преступный мир, среди коего едва ли не слыл за своего и даже имел, как и подобает уголовнику, звериную кличку; по воспоминаниям М.Горького, «он носит рыжую каракулевую шапку кубанских казаков, и «социально опасные» зовут его «Кубанка». Он говорит с ними на «блатном» языке тем же грубовато дружеским и шутливым тоном, как и они с ним» . Набив руку и отточив перо на описании быта и нравов криминального элемента, Погребинский посчитал, что дорос до описания Ягоды. Собственно, его соавтор прибыл к своему персонажу за биографическим материалом. Тщеславный Ягода не мог устоять перед соблазном таким способом обессмертить свое имя, ведь он считал себя уже фигурою до некоторой степени исторической. В стране немало было сделано для прославления органов НКВД и их руководителя.