Утверждение Агранова, будто начальник СПО пытался «это дело свернуть», не просто противоречит действительности. Оно противоположно реальным событиям. Еще 5 февраля 1936 г. Молчанов подал Ягоде докладную записку о существовании по всему СССР троцкистской подпольной организации «по принципу цепочной связи небольшими группами» с террористическими целями. Именно на основании его докладной 9 февраля была разослана директива НКВД о «ликвидации без остатка» этой созданной воображением Молчанова организации, о применении карательных мер ко всем бывшим участникам партийных оппозиций . Он лично (вместе с Воловичем) ездил на квартиру Зиновьева производить его арест, он упивался своими инквизиторскими способностями и постоянно их совершенствовал, он действовал с каким-то охотничьим азартом. Именно его усердие стало спусковым механизмом, открывшим шлюзы грандиозному процессу массовых репрессий 1936–1939 гг. То был прирожденный опричник. Думается, Аграновым двигала замешанная на страхе зависть к поистине дьявольской изобретательности слишком шустрого подчиненного, которая грозила самому Агранову смещением с должности, ведь Молчанов к лету 1936 г. и так стал фактически вторым лицом в НКВД. Сам прокурор Союза ССР Вышинский, по свидетельству Фельдбина-Орлова, «по первому вызову Молчанова являлся к нему с неизменной подхалимской улыбочкой на лице» . Кроме того, в центральном аппарате бытовало (вероятнее всего, обоснованное) мнение, что этот человек выступал «информатором наркома о настроениях, которые существуют у того или иного работника НКВД» .
Для иллюстрации приведем лишь один пример расследования по-молчановски, о котором в «Тайной истории сталинских преступлений» сообщает Фельдбин-Орлов. В руки начальника СПО попал И. Рейнгольд – родственник и сподвижник члена ЦК Г. Сокольникова, видный государственный чиновник (на момент ареста – председатель Комитета хлопковой промышленности), с которым Молчанов был в неплохих, почти приятельских отношениях до его ареста. Сначала он приказал своим подчиненным подвергнуть арестанта двухсуточному непрерывному допросу, при этом в присутствии допрашиваемого были выписаны ордера на арест его семьи. «Подготовив» своего знакомца тем самым к решающей беседе и изображая сочувствие старому приятелю, Молчанов среди ночи вызвал его в свой громадный кабинет с роскошной приемной, где, несмотря на ночное время, работал целый аппарат секретарей, и, произведя на того должное впечатление своей значительностью, сделав скорбное лицо, вручил ему фальшивое постановление Особого совещания НКВД, заверенное настоящей печатью и содержащее смертный приговор. При этом Молчанов пообещал добиться отмены этого приговора, если Рейнгольд даст убийственные показания в отношении самого себя и тех лиц, кого он ему укажет. Рейнгольд вынужден был согласиться (впоследствии его расстреляли уже на основании настоящего приговора) .
В показаниях Рейнгольда говорилось о том, что он и названные им «соучастники» планировали убить Сталина и председателя Совнаркома Молотова. Эти показания, полученные Молчановым и отредактированные Мироновым, Ягода с гордостью передал Сталину. Тот на следующий день (10 июля) вернул ему протокол с собственноручно вычеркнутой фамилией Молотова . Не исключено, что это произошло в присутствии самого Молотова: он находился в кабинете Генерального секретаря, когда в него в 14.55 вошли Ежов, Ягода, Агранов и Молчанов . Последний, торжествуя и красуясь, выложил на стол заседаний «специальную карту, наглядно представляющую, когда и через кого Троцкий участвовал в «террористическом заговоре». Паутина разноцветных линий на этой карте изображала связи Троцкого с главарями заговора, находившимися в СССР. Было показано также, кто из старых членов партии уже дал требуемые показания против Троцкого, а кому это еще предстоит. Карта выглядела внушительно, прочно связывая между собой Троцкого и главарей заговора в СССР». Это произведение искусства Молчанов еще с весны прихватывал с собою, направляясь в Кремль на прием к вождю .
Фельдбин-Орлов, работавший в то время заместителем Шанина, очень близкого к Ягоде, сообщает, что среди работников центрального аппарата НКВД пошли разговоры о скором смещении Молотова и даже его вероятном аресте, как это случилось с последним близким другом Сталина Енукидзе. Молотова в спешном порядке отправляют в отпуск, причем вождь впервые за много лет не пришел на вокзал проводить его, а Фельдбин-Орлов перед самым отъездом Молотова узнал от одного из своих подчиненных, что лично Ягода поручил ему под предлогом охраны сопровождать Молотова и при этом исключить всякую возможность для него совершить самоубийство. Нетрудно себе представить, какой вид приняла подобная охрана Молотова, которому ни на минуту не давали возможности остаться наедине.
Еще раньше зарубежная эмигрантская пресса обратила внимание на то, что в официальных публикациях главного партийного органа – газеты «Правда» – Молотова стали реже упоминать среди вождей – соратников Сталина, а если упоминали, то ставили после Кагановича и Ворошилова, иногда даже лишая инициалов . Поскольку эмигрантские издания рассылались для ознакомления членам ЦК, то вскоре опала Молотова перестала быть секретом и в кремлевских, и в лубянских кругах. Особое усердие Ягоды в этом деле тоже произвело впечатление, причем в первую очередь, думается, на самого Молотова.