Хитрый Каганович, которому и было адресовано тревожное сталинское письмо, предложил ловкий выход: помочь Особому отделу НКВД в выявлении врагов и шпионов вплоть до выявления их в самом Особотделе. Ежов, креатура Кагановича, уже в январе 1936 г. стал подыскивать, кого бы ему «разоблачить». Подходящей кандидатурой показался Ю.И. Маковский, бывший резидент НКВД в Польше, ныне замначальника особотдела УНКВД по Омской области, незадолго до этого привлеченный к ответственности за растрату. Ссылаясь на информацию Коминтерна, Ежов объявил, что Маковский в Польше был перевербован и потребовал разработки его как двойного агента. 1 февраля Маковского этапировали в Москву. Ягода понимал, откуда ветер дует, и 3 февраля направил Сталину секретный доклад о том, что Маковский – растратчик, допустивший присвоение секретных фондов, но контрреволюционных связей не имел. 7 февраля Ежов подает свою докладную записку, где указывает, что дело в отношении Маковского ведут его бывшие сослуживцы по Особотделу, что может вызвать сомнения в объективности и полноте расследования. «Тов. Ягода не сообщает», утверждал Ежов, об основаниях подозревать Маковского в связях с польской разведкой. Ежов предлагал усилить контроль со стороны ЦК за ходом расследования этого и других дел в аппарате ГУГБ. Сталину именно это и требовалось.
Так началось то, что Ягода называл «влезанием в дела НКВД» со стороны Ежова. Ежов ответил не менее метким словцом – он докладывал Сталину, что в ГУГБ «что-то пружинят», «смазывают» дела. Ягода попытался воспрепятствовать Ежову вмешиваться в следственные дела. Сталин позвонил Ягоде и предупредил: «Смотрите, морду набьем» . Сталин блефовал: все члены советского правительства находились под постоянным «колпаком» НКВД, руководители этого ведомства в любой момент могли взять власть в свои руки. Но Ягода струсил. Ему казалось настолько незыблемым положение главы тайной полиции, он настолько привык к тому, что Сталин сквозь пальцы смотрит на его чудовищные растраты и кутежи, что ему не хотелось лезть в большую политику. Нарком решил ограничиться тем, что имел. Он не пошел против Сталина в тот момент, когда все мыслимые козыри были у него на руках. И этим погубил себя.
В то же время, как опытный интриган, он упорно, как говорят аппаратчики, держался за кресло. Почувствовав недоброжелательную интригу со стороны Ежова и стоящего за его спиною Кагановича, Ягода засуетился. 9 февраля он разослал всем республиканским наркомам внутренних дел, а также начальникам краевых и областных УНКВД директиву, требующую усилить репрессии против бывших оппозиционеров, ликвидировать без остатка «троцкистско-зиновьевское подполье». 25 марта 1936 г. он обращается с письмом к Сталину, предлагая провести массовые репрессии против «врагов народа» внесудебным порядком, тех же, кто будет «уличен» в участии в террористических организациях, провести через Военколлегию Верхсуда и поголовно расстрелять. Не дожидаясь ответа, уже 31 марта он рассылает по линии НКВД новую оперативную директиву, где поставил задачей «выявление, разоблачение и репрессирование всех троцкистов-двурушников» . Вскоре стало набирать стремительные обороты целиком сфальсифицированное и провокационное дело Каменева – Зиновьева. Молчанов, собрав у себя расширенное совещание руководящих работников ГУГБ, объявил, что нарком поручил ему расследовать дело о заговоре с целью государственного переворота и о том, что в его распоряжение до конца следствия откомандированы ведущие работники из других отделов .
Руководитель расследования инициативно ввел в число обвиняемых трех своих агентов (Ольберга, Фрица Давида и Бермана-Юрина), которым было обещано, что судить вместе с другими их будут только для виду, а после суда отправят на руководящую работу с новыми документами . Одним подследственным он грозил репрессиями против их семей, другим – тем, что в протоколе судебного заседания все равно запишут, что они во всем признались. Тексты показаний мнимых «заговорщиков» готовил Миронов. К расследованию присоединились Волович, Гай и Слуцкий со своими подчиненными. Всем обвиняемым обещали жизнь, если они во всем признаются. Молчанов придумал новый способ допроса – следственный конвейер, когда следователи, сменяя друг друга, несколько суток подряд без перерыва допрашивали арестанта до полного изнеможения, пока не даст требуемых показаний. По свидетельству Кривицкого, продолжительность такого допроса могла достигать 90 часов . Но и перерывы между допросами не приносили облегчения. В тюремных камерах, где содержались политзаключенные, круглосуточно горел свет. Это препятствовало производству мелатонина – гормона, вырабатываемого человеческим мозгом только во сне, нехватка которого приводит к переутомляемости, бессоннице, депрессивному синдрому; его выработка зависит от условий освещенности, поэтому его называют «гормоном темноты». Человек, длительное время вынужденный спать при ярком свете, теряет волю к сопротивлению, становится вялым и подавленным.
На совещании следователей Молчанов заявил: «Я вам говорю это официально, от имени наркома: идите к своим подследственным и задайте им жару! Навалитесь на них и не слезайте с них до тех пор, пока они не станут сознаваться!» . Уже в мае в распоряжении Молчанова имелись признательные показания пятнадцати обвиняемых .