Не существует данных о том, что Кук принимал активное участие в этой операции, которая состояла в захвате мощной крепости Луисбург, охранявшей вход в реку Св.Лаврентия. Эта крепость пала под натиском войск генерала Вулфа, который впоследствии погиб при взятии Квебека. Но в Квебекской кампании у Кука была своя роль, быть может не самая главная, но очень важная для успеха всей операции.
Это произошло месяцев через десять после падения Луисбурга: армия Вулфа, хотя и одержала победу, была сильно измотана и ожидала пополнения из Англии, военно?морские силы были довольны представившейся возможностью отремонтировать свои корабли в Галифаксе в течение зимы. Но к маю 1759 года авангард британских сил вошел в реку Св.Лаврентия и приблизился на расстояние нескольких миль к Квебеку.
Здесь они столкнулись с большими, но ожидаемыми трудностями. Навигация по реке до этого пункта стала в некоторой степени затруднительной. С этой точки нормальный проход по глубокой воде проходил вдоль северного берега, затем переходил через всю реку на юг и приближался к бассейну самого Квебека. Этот участок получил название Преодоление, и с точки зрения навигационного риска мало существует равных ему в мире: это почти незаметный и крайне коварный лабиринт скал и мелких препятствий, перемещающихся песчаных отмелей — кошмар для лоцмана, если такового можно найти здесь. То есть проход через Преодоление не обозначен буями.
В мае 1759 года он не был обозначен, раньше там стояли буи, но французы, что вполне понятно, их убрали. На долю Кука и капитанов других кораблей выпало снова нанести на карту и отметить буями этот проход, что было трудным и опасным делом, длящимся не одну неделю. Задача усложнялась тем, что англичане должны были работать под градом французских снарядов, и всю работу приходилось выполнять ночью, а у французов появилась приводящая в ярость привычка отплывать от своего берега на лодках в темноте и ломать буи, которые снова приходилось ставить на следующий день, после того как поступал новый сигнал об этом.
К июню все было готово, и в том же месяце вся британская армада из более чем двух сотен кораблей благополучно совершила «преодоление» без единой потери.
К июню все было готово, и в том же месяце вся британская армада из более чем двух сотен кораблей благополучно совершила «преодоление» без единой потери. Излишне говорить, что большая часть заслуг принадлежала Куку: в официальных донесениях он теперь именовался Главным геодезистом. В качестве примера того уважения, которым он пользовался, можно упомянуть, что Вулф консультировался у него по поводу размещения кораблей перед Квебеком — генерал искал совета у человека, который даже не был офицером. Но Вулф, без сомнения, всегда узнавал эксперта с первого взгляда.
После осады и взятия Квебека — Кук в этом не принимал непосредственного участия — большинство военных кораблей были отправлены домой для ремонта, в том числе и «Пемброук». Но Куку пришлось ждать еще три года, прежде чем он снова увидел Англию, потому что он был переведен на «Нортумберленд» — флагманский корабль главнокомандующего лорда Колвилла — своего рода свидетельство того, что он отныне считался самым опытным капитаном флота.
Следующие три года по личному требованию адмирала Колвилла Кук продолжал наносить на карту реку Св.Лаврентия, а затем побережье Ньюфаундленда. То, что он преуспел в выполнении этой задачи, ясно по трем фактам. В январе 1761 года лорд Колвилл приказал «выплатить капитану «Нортумберленда» пятьдесят фунтов, учитывая его неустанное усердие в освоении лоцманского мастерства на реке Св.Лаврентия». На следующий год адмирал Колвилл отослал карты Кука в Адмиралтейство, настаивая на их публикации, и добавил при этом: «Зная по опыту одаренность мистера Кука и его способности, я считаю его достаточно квалифицированным для работы, которую он выполнил, и для крупнейших предприятий того же рода» — на удивление пророческое мнение. Наконец карты Кука появились в Северо?Американской лоции 1775 года и оставались стандартом для мореплавателей в тех водах более ста лет.
Кук вернулся на родину в ноябре 1762 года. В декабре он женился на некой Элизабет Беттс. Это вызывает некоторое недоумение историков разных периодов, потому что Кук не был лихим и импульсивным, и мысль об этом уравновешенном, спокойном и осторожном человеке, пускающемся в бурный роман, выглядит невероятной. С другой стороны, сказать то, что Кук не был склонен говорить о себе самом, — сказать слишком много, и из всего, что мы о нем знаем, следует заключить, что он был знаком с ней с детства. В любом случае все рассуждения не имеют смысла, потому что миссис Кук, к сожалению, не является частью рассказа о капитане Куке. К сожалению потому, что если бы мы знали о ней больше, то могли бы узнать больше и о нем. Но мы о ней ничего не знаем, точно так же, как ничего не знаем об их детях. Они остаются призрачными фигурами без лиц на самых дальних задворках жизни капитана Кука. Известны лишь их имена.
Следующие пять лет жизни Кука бедны событиями, они были посвящены бесконечному самообразованию и постоянному увеличению его и так обширных знаний и опыта. Весной 1763 года он вернулся в Канаду, где провел лето за геодезическими съемками и нанесением на карту восточного побережья; зимой он вернулся в Англию и провел там несколько месяцев, работая над картами и готовя их к публикации. Такой распорядок повторялся следующие четыре года, в ходе которых он получил командование шхуной, приданной для помощи в его работе, командование, но не офицерский чин.