Германские и польские войска трактовались в приказах различно. В боевом приказе штаба Белорусского фронта от 15 сентября в директивах авиации подчеркивалось: «С авиацией германской армии в бой не вступать». В отношении польской армии рекомендовалось: «Действия авиации направлять на уничтожение живой силы, технических средств и авиации противника» (там же. Л.д. 17). В приказе № 05 Белорусского фронта от 22 сентября 1939 г. говорилось: «Во избежание возможных провокаций от польских банд, Германское командование принимает необходимые меры в городах и местечках, которые переходят к частям Красной Армии, к их сохранности». В этом же приказе, как и в приказах командующего Белорусским фронтом БП № 01 от 15 сентября 1939 г. и № 04 от 20 сентября 1939 г., речь идет о выдвижении «к разграничительной (демаркационной) линии междувойсками» к определенным датам. Этим подтверждается совместный характер действий Германии и СССР согласно секретному дополнительному протоколу. В приказе № 05 представителям Красной Армии предписывалось «связаться с делегатами отводимых германских частей и регулировать все возникающие вопросы…делегатов назначить первоначально Военным советам армий, проинструктировать и фамилии их сообщить мне (командующему Белорусским фронтом) для доклада народному комиссару.
При обращении германских представителей к частям Красной Армии об оказании помощи в деле уничтожения польских частей или банд, стоящих на пути движения мелких частей германской армии, командование Красной Армии (начальники колонн) в случае необходимости выделяют необходимые силы, обеспечивающие уничтожение препятствий, лежащих на пути движения»(там же. Л.д. 46). Сблизившиеся советские и немецкие части передислоцировались до 12 октября согласно демаркационной линии, установленной секретным протоколом 21 сентября, а затем — новому советско-германскому договору «о дружбе и границе» от 28 сентября 1939 г. (там же. Л.д. 43, 44, 46).
С польской стороны активные, организованные оборонительные действия велись преимущественно против наступавших немецких войск. Концентрация частей Красной Армии на границе оценивалась как вызванная продвижением германской армии и объективно способствовавшая интересам Польского государства. В советской ноте о вступлении на территорию Польши от 17 сентября 1939 г. не было речи о ведении войны с Польшей — самостоятельно или совместно с Германией.
17 сентября польские пограничные патрули оказывали сопротивление Красной Армии. Верховный главнокомандующий польских войск маршал Э. Рыдз-Смиглы дал войскам директиву продолжать сражаться с немцами, не развертывать боев с «Советами», вести с ними переговоры о выводе польских гарнизонов в Румынию и Венгрию, оказывать сопротивление частям Красной Армии только в случаях их нападения и попыток разоружить польские части. Невозможность довести до сведения всех частей приказа Рыдза-Смиглы, а прежде всего наступательные действия Красной Армии, направленные на ликвидацию польской армии, привели к ожесточенному, более чем двухнедельному противодействию части польских войск. Другие сложили оружие, тем более что на восточных территориях в основном были лагеря по обучению офицеров запаса или комплектованию частей. Командовавший обороной Львова генерал В.Лянгнер передал город Красной Армии на основе соглашения. Многие офицеры, полицейские, солдаты корпуса охраны пограничья были после взятия в плен расстреляны на месте, что являлось нарушением норм международного военного права.
Советское руководство, формально не объявляя Польше войны, на деле исходило из факта ее ведения и ликвидации Польского государства. Это отразилось в действиях СНК СССР и наркоматов. Еще в августе приказом Л.П. Берии за № 00931 был определен порядок оформления арестов военнопленных. В разгар военных действий, 19 сентября, аналогичным приказом за № 0308 было введено в действие Положение об управлении делами военнопленных при НКВД СССР, а 20 сентября 1939 г. Экономсоветом при СНК СССР было принято Положение о военнопленных. Оно четко определяло, что «военнопленными признаются лица, принадлежащие к составу вооруженных сил государств, находящихся в состоянии войны с СССР, захваченные при военных действиях, интернированные на территории СССР…».
Вопрос о судьбах Польского государства решался на двухсторонней советско-германской основе. Перед нападением на Польшу Гитлер предполагал после раздела ее территории создать в качестве буфера «остаточное Польское государство». Однако Сталин после вступления в военные действия решительно отвел эту идею — сначала 20 и 25 сентября, через Шуленбурга, а затем в ходе переговоров 28 сентября 1939 г., заявив, что это неизбежно вызовет стремление польского народа «к национальному единству, что может привести к трениям между СССР и Германией». Гитлер отказался от этой мысли .
28 сентября 1939 г. был заключен договор о дружбе и границе между СССР и Германией, к которому прилагались один конфиденциальный и два секретных протокола. Договор закрепил раздел территории Польши, ликвидацию Польского государства и его армии. Были определены, в частности, взаимные обязательства по недопущению обеими сторонами «польской агитации, направленной на территорию другой стороны», принятие «соответствующих мер» и взаимное информирование о принятых мерах.